一种人类痛风相关基因突变位点的检测方法及试剂盒技术

本发明专利技术涉及一种人类痛风相关基因突变位点的检测方法及试剂盒。所述检测方法包括(1)针对ABCG2和SLC2A9基因设计特异性引物；(2)利用特异性PCR扩增出包含ABCG2和SLC2A9基因的目的片段；(3)利用限制性内切酶消化PCR产物片段；(4)进行单碱基延伸反应；(5)进行脱盐纯化处理；(6)通过核酸质谱仪检测分析目标基因ABCG2和SLC2A9基因的序列。上述人类痛风相关基因突变位点的检测方法，检测准确性高、实验可重性高、通量大、成本低。本发明专利技术还提供了一种人类痛风相关基因突变位点的检测试剂盒，包括用于扩增ABCG2和SLC2A9基因基因的特异性引物对。上述人类痛风相关基因突变位点的检测试剂盒，简化了实验流程，人员操作时间短、难度小，实验自动化程度高。

【技术实现步骤摘要】
一种人类痛风相关基因突变位点的检测方法及试剂盒
本专利技术涉及生物检测
，特别是涉及一种人类痛风相关基因突变位点的检测方法及试剂盒。
技术介绍
痛风(Gout)是由嘌呤代谢紊乱和肾小管源性的尿酸排泄障碍而引起关节及某些器官损害的一种代谢疾病，与嘌呤代谢紊乱和(或)尿酸排泄不畅所致的高尿酸血症直接相关，特指急性特征性关节炎和慢性痛风石疾病，主要包括急性发作性关节炎、痛风石形成、痛风石性慢性关节炎、尿酸盐肾病和尿酸性尿路结石，重者可出现关节残疾和肾功能不全。痛风常伴腹型肥胖、高脂血症、高血压、2型糖尿病及心血管病等表现。由于生活水平的提高和饮食结构的改变，痛风发病率呈逐年上升趋势，欧美等痛风患病率有1.4-3.9％，中国的发病率为0.15-1.14％。痛风早期的临床表现为间断发作性急性关节炎，主要为单关节受累，肿痛一般持续7-10天，可通过药物或自发缓解，间歇期无症状。随着病程的延长，痛风发作次数、受累关节数逐渐增加，间歇期也开始出现症状，同时关节或皮肤软组织中痛风石形成，严重者出现关节毁损或致残，出现肾脏结石、慢性肾损伤等，最终可能发展成慢性肾功能衰竭。ABCG2为ABC转运蛋白超家族G亚家族第2成员，是一种ATP结合转运蛋白，在人的正常细胞和肿瘤组织中均有表达，具有抑制消化道吸收某些外源性物质，参与形成血脑、胎血屏障等生理功能。同时ABCG2也是新的药物排出泵，是肿瘤多药耐药的重要机制之一。ABCG2基因的单核苷酸多态性可能影响ABCG2蛋白的表达与功能，与疾病的易感性及药动学等相关。人类ABCG2基因位于4q22～23，编码655个氨基酸残基。ABCG2全长66kb，由16个外显子和15个内含子组成，外显子为60～332bp不等。研究表明，其126位氨基酸如果从谷酰胺(glnQ)突变为其他氨基酸(X)，即Q126X，其第141位氨基酸如果从谷酰胺(glnQ)突变为赖氨酸(lysK)，即Q141K，就会造成ABCG2蛋白的功能失调，从而造成机体高尿酸血症，从而引起痛风。所以检测ABCG2基因Q126X，Q141K突变可以为痛风的早期诊断提供参考依据。SLC2A9基因位于人常染色体4p15.3-16，包括12个外显子和11个内含子，长195kb，编码由540个氨基酸组成的葡糖糖转运蛋白，参与维持体内葡糖糖代谢的相对稳定和平衡，也有多个研究发现该蛋白与尿酸代谢也密切相关。SLC2A9是一种高亲和力、高容量、电压敏感性和pH依赖性的尿酸盐/己糖转运体，在肾脏主要发挥对尿酸的重吸收作用，基因功能丧失将导致特发性肾性低尿酸血症。欧洲、美国、日本、非洲等多个人群的血尿酸水平与SLC2A9基因的SNP有关。目前检测ABCG2和SLC2A9突变的方法还是DNA直接测序法，然而直接测序法灵敏度低，只有20-30％，检测步骤繁琐，效率低下，至少需要2-3天时间才能出结果；并且如果样本基因组DNA含量稀少时，直接测序法会导致大量的漏检和假阴性。所以特别要一种高灵敏度和高特异性的检测方法来实现基因突变的检测。
技术实现思路
基于此，有必要针对上述现有技术中的不足，提供一种人类痛风相关基因突变位点的检测方法及试剂盒。一种人类痛风相关基因突变位点的检测方法，所述检测方法包括如下步骤：(1)针对ABCG2和SLC2A9基因设计特异性引物；(2)利用特异性PCR扩增出包含ABCG2和SLC2A9基因的目的片段；(3)利用限制性内切酶消化PCR产物片段；(4)进行单碱基延伸反应；(5)进行脱盐纯化处理；(6)通过核酸质谱仪检测分析目标基因ABCG2和SLC2A9基因的序列。上述人类痛风相关基因突变位点的检测方法，检测准确性高，同金标准Sanger测序法的结果相比，准确率超过99.7％，同时可以直接检测DNA质谱，能检测出样本中的三等位SNP位点的存在，实验可重性高。该方法在检测通量上面比起传统的SNP位点其他检测技术要大很多，一张芯片上可以完成384个生物样本的多重实验，成本折算后单位点成本比其他同类检测SNP位点的技术方法花费少，适合多种用户和批量检测的需求，是检测SNP位点的理想工具。在其中一个实施例中，所述步骤(1)中设计的特异性引物包括用于扩增ABCG2和SLC2A9基因基因的特异性引物对，所述特异性引物对包含三条ABCG2基因的正向引物SEQIDNos：1、SEQIDNos：3、SEQIDNos：5，和三条ABCG2基因的反向引物SEQIDNos：2、SEQIDNos：4、SEQIDNos：6，以及一条SLC2A9基因的正向引物SEQIDNos：7，和一条SLC2A9基因的反向引物SEQIDNos：8，ABCG2基因的正向引物SEQIDNos：1的序列为：CCACATCAATAACTTTTCCTGTAA，ABCG2基因的反向引物SEQIDNos：2的序列为：CCCAAAAAAGCAGCACTGTGG，ABCG2基因的正向引物SEQIDNos：3的序列为：GATAGATCACATGTAATGCCAT，ABCG2基因的反向引物SEQIDNos：4的序列为：GTTTCCAAAGTTCTTCCTGTTABCG2基因的正向引物SEQIDNos：5的序列为：CCACTGTGCCCGGCCTATTGAA，ABCG2基因的反向引物SEQIDNos：6的序列为：TCAGGCCATTCATGGAATGSLC2A9基因的正向引物SEQIDNos：7的序列为：GACACCAGGCGGATGCTCCT，SLC2A9基因的反向引物SEQIDNos：8的序列为：GTTTGCAGCCTTCCAAACGTTC。在其中一个实施例中，所述步骤(2)中特异性PCR扩增的反应程序为：98℃热启动，10分钟；95℃变性，30秒；55℃退火，30秒；72℃延伸，30秒；扩增40个循环；72℃终延伸，5分钟。在其中一个实施例中，所述步骤(3)中的限制性内切酶进行消化处理条件为：37℃消化处理45分钟，85℃加热变性5分钟，冰浴10分钟。在其中一个实施例中，所述步骤(3)中的限制性内切酶为虾碱性磷酸酶。在其中一个实施例中，所述步骤(4)中单碱基延伸反应包括ABCG2和SLC2A9基因的单碱基延伸引物，所述ABCG2基因的单碱基延伸引物包含四条单碱基延伸引物SEQIDNos：9，SEQIDNos：10，SEQIDNos：11，SEQIDNos：12，ABCG2基因单碱基延伸引物SEQIDNos：9的序列为：TTCCCTAAATTAACATATCCTA，ABCG2基因单碱基延伸引物SEQIDNos：10的序列为：ACAGGTTTCTGATTAAATAAC，ABCG2基因单碱基延伸引物SEQIDNos：11的序列为：GAAATTATATCAAGTGTCTTTTCTCTC，ABCG2基因单碱基延伸引物SEQIDNos：12的序列为：CAGGTACTCTACATTTTGATGGC，所述SLC2A9基因的单碱基延伸引物包含一条单碱基延伸引物SEQIDNos：13，SLC2A9基因单碱基延伸引物SEQIDNos：13的序列为：GACCTCCTCTACCTCTTGGGAAA。在其中一个实施例中，所述步骤(4)中单碱基延伸反应的反应程序为：95℃热启动，1分钟；95℃变性，5秒；本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种人类痛风相关基因突变位点的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括如下步骤：(1)针对ABCG2和SLC2A9基因设计特异性引物；(2)利用特异性PCR扩增出包含ABCG2和SLC2A9基因的目的片段；(3)利用限制性内切酶消化PCR产物片段；(4)进行单碱基延伸反应；(5)进行脱盐纯化处理；(6)通过核酸质谱仪检测分析目标基因ABCG2和SLC2A9基因的序列。

【技术特征摘要】
1.一种人类痛风相关基因突变位点的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括如下步骤：(1)针对ABCG2和SLC2A9基因设计特异性引物；(2)利用特异性PCR扩增出包含ABCG2和SLC2A9基因的目的片段；(3)利用限制性内切酶消化PCR产物片段；(4)进行单碱基延伸反应；(5)进行脱盐纯化处理；(6)通过核酸质谱仪检测分析目标基因ABCG2和SLC2A9基因的序列。2.根据权利要求1所述的人类痛风相关基因突变位点的检测方法，其特征在于，所述步骤(1)中设计的特异性引物包括用于扩增ABCG2和SLC2A9基因基因的特异性引物对，所述特异性引物对包含三条ABCG2基因的正向引物SEQIDNos：1、SEQIDNos：3、SEQIDNos：5，和三条ABCG2基因的反向引物SEQIDNos：2、SEQIDNos：4、SEQIDNos：6，以及一条SLC2A9基因的正向引物SEQIDNos：7，和一条SLC2A9基因的反向引物SEQIDNos：8。3.根据权利要求1所述的人类痛风相关基因突变位点的检测方法，其特征在于，所述步骤(2)中特异性PCR扩增的反应程序为：98℃热启动，10分钟；95℃变性，30秒；55℃退火，30秒；72℃延伸，30秒；扩增40个循环；72℃终延伸，5分钟。4.根据权利要求1所述的人类痛风相关基因突变位点的检测方法，其特征在于，所述步骤(3)中的限制性内切酶进行消化处理条件为：37℃消化处理45分钟，85℃加热变性5分钟，冰浴10分钟。5.根据权利要求1所述的人类痛风相关基因突变位点的检测方法，其特征在于，所述步骤(3)中的限制性内切酶为虾碱性磷酸酶。6.根据权利要求1所述的人类痛风相关基因突变位点的检测方法，其特征在于，所述步骤(4)中单碱基延伸反应包括ABCG2和SLC2A9基因的单碱基延伸引物，所述ABCG2基因的单碱基延伸引物包含四条单碱基延伸引物SEQIDNos：9，SEQIDNos：10，SEQIDNos：11，SE...

【专利技术属性】
技术研发人员：王文忠，胡军，田军龙，陈苏平，卜云璇，
申请(专利权)人：苏州道尔盾基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32