SNP标志物在II型糖尿病诊断中的应用制造技术

本发明专利技术公开了SNP标志物在II型糖尿病诊断中的应用。本发明专利技术首次发现了肠道微生物B.coprocola菌株EDV01869.1基因SNP位点基因型与II型糖尿病有关，通过检测粪便基因组中EDV01869.1基因424位的SNP的基因型，可以判断患者是否患有II型糖尿病，提示可将上述SNP位点应用于II型糖尿病的早期临床诊断。

【技术实现步骤摘要】
SNP标志物在II型糖尿病诊断中的应用
本专利技术属于生物医药领域，具体涉及SNP标志物在II型糖尿病诊断中的应用，具体的涉及EDV01869.1基因的SNP标志物
技术介绍
糖尿病是一种常见的代谢性疾病,发病率与遗传因素、生活方式、饮食结构及年龄等因素有关。根据患者显示的病理学特点，糖尿病可分为两类:I型糖尿病，亦称胰岛素依赖性糖尿病和II型糖尿病(Diabetesmellitustype2，T2DM)，亦称非胰岛素依赖性糖尿病,其中后者占90％以上。II型糖尿病的主要特征为:胰腺β细胞的胰岛素分泌量下降和胰岛素作用下降，即胰岛素抵抗(insulinresistance，IR)。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)，即染色体基因组中单个核苷酸的突变而引起的DNA序列的多态性，它以单个碱基的颠换、转换、插入和缺失等形式存在。作为第三代分子标记，SNP标记具有很大的发展潜力，被广泛应用于生物、农学、医学、生物进化等众多领域域，在分子遗传学、药物遗传学、法医学以及疾病的诊断和治疗等方面发挥着重要作用。目前，II型糖尿病的诊断主要依靠尿糖、尿酮、尿白蛋白、血电解质、血尿素氮和肌酐等实验室检查和各种辅助检查，但是目前基于血糖检测来诊断II型糖尿病费用高且不适于普遍筛查，基于现有技术对II型糖尿病早期诊断的局限性，研发一种用于通过易感位点检测II型糖尿病的产品对于II型糖尿病的早期诊断具有重要的意义。
技术实现思路
为了弥补现有技术的不足，本专利技术的目的在于提供一种可用于诊断II型糖尿病易感性的SNP位点。通过检测SNP基因型来诊断II型糖尿病具有预警性。为了实现上述目的，本专利技术采用了如下技术方案：本专利技术提供了一种SNP标志物，所述SNP位点为肠道B.coprocola菌株EDV01869.1基因的第424位。进一步，所述SNP标志物的突变为c.A424G。本专利技术提供了SNP标志物在制备诊断II型糖尿病易感性的产品中的应用，所述SNP位点为B.coprocola菌株EDV01869.1基因的第424位。进一步，在II型糖尿病患者中，EDV01869.1基因的第424位由A突变为G。进一步，所述产品包括检测SNP标志物的第424位基因型的试剂。进一步，所述试剂包括特异性扩增EDV01869.1的引物，和/或非特异性扩增EDV01869.1的引物。进一步，所述特异性扩增EDV01869.1基因的引物序列如SEQIDNO.1～6所示，非特异性扩增EDV01869.1基因的引物序列如SEQIDNO.7～8所示。本专利技术提供了一种诊断II型糖尿病的产品，所述产品包括检测SNP标志物的试剂，所述试剂能够检测B.coprocola菌株EDV01869.1基因的第424位的基因型。进一步，所述产品包括芯片、试剂盒或核酸膜条。进一步，所述试剂选自：识别所述SNP标志物的寡核苷酸探针；或扩增所述SNP标志物的引物。进一步，所述引物包括特异性扩增引物，和/或非特异性扩增引物。进一步，所述特异性扩增引物序列如SEQIDNO.1～6所示，非特异性扩增引物序列如SEQIDNO.7～8所示。本专利技术提供了上述产品在制备诊断II型糖尿病的工具中的应用。在本专利技术中，NCBI提供的EDV01869.1基因参考基因序列如SEQIDNO.9所示。在本专利技术中，本领域技术人员能通过检测SNP位点的任何方法或技术来检测EDV01869.1基因的SNP位点。所述方法包括但不限于以单链构象多态性(SSCP)、变性梯度凝胶电泳(DDGE)、酶切扩增多态性序列(CAPS)、等位基因特异性PCR(allele-specificPCR，AS-PCR)等为代表的以凝胶电泳为基础的检测方法以及以直接测序、DNA芯片、变性高效液相色谱(DHPLC)、质谱检测技术、高分辨率溶解曲线(HRM)等为代表的高通量、自动化程度较高的检测方法。SSCP是指单链DNA由于碱基序列不同可引起空间构象差异，这种差异会导致相同或相近长度单链DNA电泳迁移率的不同，从而可以通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行有效地检测。PCR-SSCP是将SSCP用于PCR扩增产物的基因突变检测的方法，PCR扩增的DNA片段在变性剂条件下，通过高温处理使双链DNA扩增片段解旋并且维持单链状态，进一步进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。目前，PCR-SSCP技术被广泛应用于分子生物学的各个领域。DEEG利用双链DNA分子在含有一定浓度梯度变性剂的凝胶中进行电泳时，由于存在突变的双链DNA分子和不存在突变的双链DNA分子在不同的部位解旋而区分。DGGE能够检测长达1kb的DNA片段，若SNP恰好出现在发生部分解旋的DNA区域内，其检出率可以高达100％。CAPS又称为PCR-RFLP。CAPS是将PCR技术与RFLP技术相结合，利用DNA片段在酶切位点上碱基的变异，采用相应的限制性内切酶，对该DNA片段的PCR扩增产物进行酶切，因而产生多态性。衍生酶切扩增多态性(derivedcleavedamplifiedpolymorphicsequence，dCAPS)是在CAPS技术的基础上，通过在引物上引入错配碱基、创造酶切位点，进而实现多态性检测。CAPS和dCAPS结合应用，实际上可以用于检测任何SNP。AS-PCR的原理是由于TaqDNA聚合酶对位于引物3'末端的单个碱基的错配无法修复，当引物3'末端的碱基与SNP位点的等位基因互补配对时，才能发生扩增反应；当引物3'末端的碱基与SNP位点的等位基因不互补配对时，则扩增反应不能发生。目前，已出现了基于AS-PCR改良的一些方法，如四引物扩增受阻突变体系PCR(tetra-primeramplificationrefractorymutationsystemPCR,Tetra-primerARMS-PCR)、片段长度差异等位基因特异PCR(fragmentlengthdiscrepantallelespecificPCR,FLDAS-PCR)、多等位基因特异扩增(PCRamplificationofmultiplespecificalleles,PMASA)等。直接测序检测SNP是最直接可靠的方法，检出率高达100％，代表测序技术有焦磷酸测序(Pyrosequencing)、taqman技术、微测序(SNaPshot)等。该方法通过比对不同样本中的同一基因或是基因片段的PCR扩增产物的测序结果，或是重测序分析已定位的序列标签位点(STS)及表达序列标签(EST)来检测SNP。可以将PCR产物纯化回收后通过连接到载体上进行测序，也可以对PCR产物直接进行测序。通过序列的比对，就能够准确地检测SNP的突变类型和位置。DNA芯片又被称为基因芯片、生物芯片。该方法根据已知的SNP位点设计两种或者多种探针，将设计好的探针固定在特殊的载体上；待测DNA经荧光染料标记后，与已固定好的探针进行杂交；依据碱基互补配对，存在单个错配碱基的序列不能与探针杂交，通过杂交分子之间的洗脱差异性即荧光强弱来检测SNP位点。DHPLC是在DGGE和SSCP的基础上发展起来了一种新的SNP检测的方法，是在接近DNA解旋温度条件下进行的离子对反相色谱分析，该方法色谱柱本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种SNP标志物，其特征在于，所述SNP位点为肠道B.coprocola菌株EDV01869.1基因的第424位。

【技术特征摘要】
1.一种SNP标志物，其特征在于，所述SNP位点为肠道B.coprocola菌株EDV01869.1基因的第424位。2.权利要求1所述的SNP标志物在制备诊断II型糖尿病易感性的产品中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述产品包括检测SNP标志物的基因型的试剂。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂包括特异性扩增EDV01869.1的引物，和/或非特异性扩增EDV01869.1的引物。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述特异性扩增EDV01869.1基因的引物序列如SEQIDNO.1～6所示，非特异性扩增EDV01869.1基因的引物序列如SEQ...

【专利技术属性】
技术研发人员：应晓敏，韩洋，陈垚文，倪铭，伯晓晨，胡宝成，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：北京,11