一种与苏淮猪肌内脂肪含量相关的SNP标记引物对及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与苏淮猪肌内脂肪含量相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记位于猪14号染色体上的SCD基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体含rs80912566核苷酸位点的分子标记，且具有C/T多态性，所述SNP标记与苏淮猪肌内脂肪含量显著相关(P

【技术实现步骤摘要】
一种与苏淮猪肌内脂肪含量相关的SNP标记引物对及其应用
本专利技术属于分子生物学
，涉及一种与苏淮猪肌内脂肪含量相关的SNP标记引物对及其应用。
技术介绍
肌内脂肪(IMF)是影响肉质的一个重要指标。研究表明肌内脂肪含量与肉质相关的性状(延展性、多汁性、口味等)呈正相关。猪肉是人们餐桌上的主要肉类之一。数据显示，2016年中国年消费猪肉总量排名世界第一。人们对猪肉的喜爱程度可见一斑。80年代以来，为满足国内市场对猪肉消费量的需求，各地普遍推广应用杜长大杂交组合生产商品瘦肉猪，如杜洛克猪、长白猪、大白猪。但在追求高产的同时，也导致了猪肉品质的严重下降。近年来，伴随着经济增长，人们生活品质快速提升，对猪肉品质的要求也从数量转变为同时追求质量和数量，市场需求方向的转变引导着猪育种思路的改变。虽然肌内脂肪遗传力较高(0.52)，但肌内脂肪活体测定难准确性不高，常规选育困难，因此鉴别影响苏淮猪肌内脂肪的基因位点，利用分子标记辅助选育技术提升猪的肌内脂肪性状具有重要意义。苏淮猪是由淮安市淮阴种猪场、南京农业大学、江苏省畜牧总站和淮安市农业委员会等单位于1998年开始培育，2011年3月25日获得国家畜禽遗传资源委员会新品种授权，证书为“(农01)新品种证字第18号”。苏淮猪是在新淮猪基础上再导入大白猪血统，通过横交、多世代选育而成，含新淮猪血统50％，大白猪血统50％。近期的一些研究发现，苏淮猪肌内脂肪变异系数较大，且肌内脂肪含量平均值为(1.99±0.04)％，而根据众多的研究结果表明，3.0％-4.0％的肌内脂肪含量是新鲜优质猪肉的一个理想范围。由此可见，对苏淮猪肉质的持续选育已迫在眉睫。根据猪QTL数据库网站(http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)知，目前在猪除16号染色体上没有定位到影响肌内脂肪含量的QTL，其它染色体上都已定位到影响肌内脂肪的QTL，但大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置信区间多在10-20cM，无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于种猪选育改良。
技术实现思路
本专利技术的目的在于针对猪传统肌内脂肪选育耗时费力，选育效果不佳，提供与苏淮猪肌内脂肪相关的SNP标记并将其开发为分子标记。本专利技术的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。本专利技术的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。一种开发与苏淮猪肌内脂肪性状相关的分子标记的方法，以含有国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点转化为分子标记。所述的引物对序列为上游引物：SEQIDNO：2，下游引物：SEQIDNO：3。按照上述的方法得到的分子标记。所述的分子标记序列优选如SEQIDNO：1所示，所述的国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点在SEQIDNO：1中位于第288位，存在C/T多态性。一种用于检测与苏淮猪肌内脂肪性状相关的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQIDNO：2，下游引物为：SEQIDNO：3；所述的与苏淮猪肌内脂肪性状相关的SNP标记位于猪14号染色体上的SCD基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点的分子标记,且具有C/T多态性，所述SNP标记与苏淮猪肌内脂肪含量显著相关。一种检测所述的与苏淮猪肌内脂肪性状相关的SNP标记的方法，包含PCR扩增苏淮猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的C/T多态性。所述的方法优选包括以下步骤：(1)取苏淮猪组织样品提取总DNA；(2)用已提取的苏淮猪基因组DNA为模板，使用权利要求5所述的引物对进行PCR扩增；(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQIDNO：1第288位的C/T多态性。本专利技术所述的分子标记、所述的引物对在筛选高肌内脂肪苏淮猪群体中的应用。一种筛选高肌内脂肪苏淮猪群体的方法，包括检测苏淮猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点的基因型，选育rs80912566核苷酸位点的TT型个体优先作为种猪。有益效果：本专利技术提供的SNP标记与苏淮猪肌内脂肪含量相关，基于该SNP开发的分子标记及引物可用于SNP的检测。因此，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高肌内脂肪苏淮猪品系，所得的高肌内脂肪含量苏淮猪品系具有重要的经济效益与社会价值。附图说明图1为SCD基因rs80912566位点扩增胶图图2为SCD基因rs80912566位点分型图示例。具体实施方式以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。在不背离本专利技术精神和本质的情况下，对本专利技术方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本专利技术的范围。实施例1：1试验动物来源江苏省淮安市淮阴种猪场2提取苏淮猪基因组DNA采集314头苏淮猪组织样样4份/头，其中1份用于个体DNA提取；参考天根生物科技公司组织DNA提取试剂盒说明书，提取按以下步骤顺序进行：①先在缓冲液GD和漂洗液PW中分别加入68mL和200mL无水乙醇，充分混匀。②采集组织样约100mg置于2mLEP管内，完全剪碎后加200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。③加入20μL蛋白酶K溶液，混匀后放在56℃金属浴中消化过夜，直至耳样组织溶解，简短离心以去除管盖内壁的水珠。④加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，放在70℃金属浴10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。⑤加人200μL无水乙醇，充分振荡混匀15sec，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。⑥将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中，吸附柱放入收集管中，随后以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中。⑦向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD，12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中⑧向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW，以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。⑨重复操作步骤⑧。⑩将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm离心2min，倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加100μL洗脱缓冲液TE，室温放置2-5min，12,000rpm离心2min，将溶液收集到离心管中，将离心得到的溶液再加入吸附柱CB3中，室温放置2min，12,000rpm离心2min将溶液收集到离心管中。经过Nanodrop-100分光光度计检测质量与浓度后将浓度同一稀释到50ng/μL于-20℃下保存备用。3、目的片段PCR扩增与测序用已提取的DNA为模板，根据所设计的引物，进行PCR扩增：取DNA模板1μL、SEQIDNO：2和SEQIDNO：3所示的引本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种开发与苏淮猪肌内脂肪性状相关的分子标记的方法，其特征在于以含有国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点转化为分子标记。

【技术特征摘要】
1.一种开发与苏淮猪肌内脂肪性状相关的分子标记的方法，其特征在于以含有国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点转化为分子标记。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于所述的引物对序列为上游引物：SEQIDNO：2，下游引物：SEQIDNO：3。3.按照权利要求1或2所述的方法得到的分子标记。4.根据权利要求3所述的分子标记，其特征在于所述的分子标记序列如SEQIDNO：1所示，所述的国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点在SEQIDNO：1中位于第288位，存在C/T多态性。5.一种用于检测与苏淮猪肌内脂肪性状相关的SNP标记的引物对，其特征在于上游引物为：SEQIDNO：2，下游引物为：SEQIDNO：3；所述的与苏淮猪肌内脂肪性状相关的SNP标记位于猪14号染色体上的SCD基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄瑞华，王彬彬，李平华，周五朵，蒲广，王欢，兰亭旭，张倩，高琛，牛培培，张总平，李强，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：江苏,32