与猪经产产仔数相关的SNP分子标记、鉴定及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与猪经产产仔数相关的SNP位点，所述SNP位点位于猪参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594，该SNP位点的两种等位基因为C和T；所述SNP位点对应的三种基因型分别为CC、TT和TC，基因型为CC的猪相较于基因型为TT和TC的猪有更高的经产产仔数。该SNP位点与经产产仔数存在相关性的确定，可有效用于鉴定或辅助鉴定高经产产仔数猪，加快高产仔数猪的育种过程。

【技术实现步骤摘要】
与猪经产产仔数相关的SNP分子标记、鉴定及其应用
本专利技术涉及猪育种领域，具体涉及用来提高猪繁殖效率的与猪经产产仔数相关的SNP分子标记及其鉴定。
技术介绍
繁殖性能是影响养猪业经济效益的关键因素之一。猪作为多年胎生动物，繁殖性状中的一个很重要的指标是产仔数，尤其是经产产仔数，产仔数高低可直接关系到育肥猪的数量多少和猪肉供给量的多少。母猪的繁殖能力受多种因素影响，包括母猪品种、胎次、胎盘效率、激素水平、营养水平、配种工作等。其中，类固醇激素包括肾上腺皮质激素和性激素(雄性激素和雌性激素)，对调节母猪的繁殖能力及维持正常妊娠发挥着重要的功能。认知该类激素合成的作用及分子机制，特别是探索新的调控基因或酶在激素合成过程中的作用及对繁殖的影响，对于指导我们在繁殖生产过程中应用外源生殖激素、提高繁殖生产效率及高繁殖力母猪的选育具有非常重要的指导意义。同时，对猪经产产仔数相关基因的鉴定可为解释猪和其他哺乳动物胎儿生长发育的遗传机制提供重要线索，并为猪的繁殖性状遗传改良提供理论依据。寻找基因中的多肽位点，通过与性状间的关联分析发现基因与性状间的关系是研究基因功能的一个重要手段。目前进行相关SNP位点(单核苷酸多态性位点)筛选最为广泛使用的方法为全基因组关联分析(GWAS)。GWAS是利用全基因组范围内筛选出高密度的分子标记对所研究的群体进行扫描，分析扫描得出的分子标记数据与表型性状之间关联关系的方法。然而，运用GWAS的方法寻找与猪产仔性状相关的SNP位点，得到的结果庞杂无序，大多数的基因变异与目标性状并不相关。在此庞杂无序的结果中选择相关SNP位点是相当困难的。因而，有必要预先选择特定的基因，结合GWAS方法确定位于特定基因上的相关SNP位点。目前获得高经产产仔数猪的方法主要集中在基因组编辑，通过对目标基因进行“编辑”，包括对特定DNA片段的敲除、特异突变引入和定点DNA片段转入等，从而实现对基因组的精确修饰。然而，人们在对猪肉产量要求提高的同时，越来越注重猪的培育方法对猪品质的作用，对人类健康的影响。由于科学界难以在短时间内证实转基因动物对人类的健康完全无副作用，以及广大群众对转基因动物的认知不足，人们对食用非转基因动物存在强烈的渴求。除去基因组编辑技术，其他育种理论的实现同样需要对猪基因组的了解。然而，目前对猪基因组的了解和认识远远不足，对影响猪繁殖效率的基因掌握尚不全面，有必要进一步进行研究，满足猪培育方法的需求。因此，本专利技术的目的在于明确一个与猪经产产仔数相关的基因，提供与猪经产产仔数相关的SNP分子标记、该SNP分子标记的鉴定及其应用，通过对特定基因进行基因多态性与经产产仔数的关联分析，寻找与猪产仔性状相关的SNP分子标记；同时提供一种全新的高繁殖效率猪的培育方法，利用该SNP分子标记选育猪种，实现我国猪育种理论和技术水平的提升。
技术实现思路
针对上述猪育种方法中存在的问题，本专利技术人进行了锐意研究，运用全基因组关联分析的方法对DHRS4基因的多态性与重要的繁殖性状进行了关联分析，并首次在该猪基因中找到了与经产产仔数相关的SNP分子标记，丰富了影响猪繁殖效率的SNP位点；同时还提供一种用以提高猪的繁殖效率(经产产仔数)的多组学整合精准育种方法，该方法不采用基因组编辑手段，提高了广大群众接受度，可综合多层次遗传变异效应，从而完成本专利技术。本专利技术的目的在于提供以下方面：(1)一种与猪经产产仔数相关的SNP位点，所述SNP位点位于猪参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594，NCBI参考SNP编号为rs701332503，该SNP位点的两种等位基因为C和T。(2)根据上述(1)所述的SNP位点，所述SNP位点对应的三种基因型分别为CC、TT和TC基因型，基因型为CC的猪相较于基因型为TT和TC的猪有更高的经产产仔数。(3)根据上述(1)所述的SNP位点，用以检测所述SNP位点基因分型的方法中涉及PCR扩增反应，PCR扩增反应中扩增引物P1和P2的核苷酸序列分别如SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示。(4)根据上述(1)所述的SNP位点，用以检测所述SNP位点基因分型的方法中涉及单碱基延伸反应，单碱基延伸反应中延伸引物的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示。(5)根据上述(1)所述的SNP位点，用以检测所述SNP位点的试剂盒包括一组扩增引物P1和P2，所述扩增引物P1和P2的核苷酸序列分别包括SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示序列；和/或用以检测所述SNP位点的试剂盒包括延伸引物，所述延伸引物的核苷酸序列包括SEQIDNO.3所示序列；和/或用以检测所述SNP位点的试剂盒还包括PCR反应试剂、PCR产物纯化试剂。(6)一种鉴定或辅助鉴定猪经产产仔数的方法，所述方法包括检测猪参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594处脱氧核糖核苷酸为C、或T、或C和T，以确定待测猪的基因型是CC、TT或TC的步骤，根据基因型确定猪经产产仔数：基因型为CC的猪相较于基因型为TT或TC的猪有更高的经产产仔数，其中，CC基因型为猪该SNP位点的脱氧核糖核苷酸为C的纯合体；TT基因型为猪该SNP位点的脱氧核糖核苷酸为T的纯合体；TC基因型为猪该SNP位点的脱氧核糖核苷酸为T和C的杂合体。(7)一种高经产产仔数猪的育种方法，所述方法包括选择参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594处的基因型为CC的猪作为亲本进行育种的步骤；具体地，所述育种方法包括如下步骤：步骤1，选择参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594处的基因型为CC的猪作为亲本配种，获得F1代仔猪；步骤2，对F1代仔猪进行基因型分析，选育参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594处的基因型为CC的仔猪，成年后继续配种得F2代仔猪；步骤3，对F2代仔猪进行基因型分析，选育参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594处的基因型为CC的仔猪，成年后继续配种得F3代仔猪；重复上述步骤2或3，最终得到基因型CC的高经产产仔数遗传性的种猪。(8)根据上述(7)所述育种方法，所述育种方法还包括通过测定猪卵巢组织中DHRS4基因mRNA的表达量，判定经产产仔数；其中，猪卵巢组织中DHRS4基因mRNA的表达量越低，猪有较高的经产产仔数，mRNA的表达量越高，猪有较低的经产产仔数。(9)根据上述(7)所述育种方法，所述育种方法还包括通过测定猪卵巢组织中DHRS4基因编码的NRDR蛋白的表达量，判定经产产仔数；其中，NRDR蛋白的表达量越低，猪有较高的经产产仔数，NRDR蛋白的表达量越高，猪有较低的经产产仔数。(10)上述(1)所述的SNP位点在鉴定或辅助鉴定猪经产产仔数方面的用途；猪卵巢组织中DHRS4基因mRNA的表达量在鉴定或辅助鉴定猪经产产仔数方面的用途；猪卵巢组织中DHRS4基因编码的NRDR蛋白的表达量在鉴定或辅助鉴定猪经产产仔数方面的用途。(11)上述(3)所述用以检测所述SNP位点的扩增引物，或上述(4)所述用以检测所述SNP位点的延伸引物在鉴定或辅助鉴定猪经产产仔数方面的用途。根据本专利技术提供的与猪经产产仔数相关的SNP分子标记、鉴定及其应用，具有以下有益效果本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪经产产仔数相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于猪参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594，该SNP位点的两种等位基因为C和T。

【技术特征摘要】
1.一种与猪经产产仔数相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于猪参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594，该SNP位点的两种等位基因为C和T。2.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点对应的三种基因型分别为CC、TT和TC基因型，基因型为CC的猪相较于基因型为TT和TC的猪有更高的经产产仔数。3.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，用以检测所述SNP位点基因分型的方法中涉及PCR扩增反应，PCR扩增反应中扩增引物P1和P2的核苷酸序列分别如SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示。4.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，用以检测所述SNP位点基因分型的方法中涉及单碱基延伸反应，单碱基延伸反应中延伸引物的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示。5.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，用以检测所述SNP位点的试剂盒包括一组扩增引物P1和P2，所述扩增引物P1和P2的核苷酸序列分别包括SEQIDNO.1和SEQIDNO.2所示序列；和/或用以检测所述SNP位点的试剂盒包括延伸引物，所述延伸引物的核苷酸序列包括SEQIDNO.3所示序列；和/或用以检测所述SNP位点的试剂盒还包括PCR反应试剂和PCR产物纯化试剂。6.一种鉴定或辅助鉴定猪经产产仔数的方法，其特征在于，所述方法包括检测猪参考基因组Sscrofa11.1的Chr7:75245594处脱氧核糖核苷酸为C、或...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨亚岚，李奎，周荣，刘颖，李文通，李华，于辉，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：广东,44