circRNA_14707及其在分子辅助育种中应用制造技术

本发明专利技术涉及circRNA_14707及其在分子辅助育种中应用。本发明专利技术对大白猪和莱芜猪皮下脂肪组织中circRNA表达情况进行高通量测序并结合实验室之前的miRNA和mRNA进行整合分析，结果显示，circRNA_14707及其相关的miRNA两组中差异表达均非常明显，可作为猪皮下脂肪含量检测的分子标志物，在预测或辅助预测猪肉品质、选育具有不同肌肉品质猪等领域具有很好的应用前景。

【技术实现步骤摘要】
circRNA_14707及其在分子辅助育种中应用
本专利技术涉及生物
，具体涉及circRNA_14707及其在分子辅助育种中应用。
技术介绍
circRNA是一类由特殊选择性剪切产生的环形内源性分子，呈共价闭合的环形结构，普遍存在于动植物组织和细胞中，含量丰富，且具有稳定性，保守性和组织特异性。研究已证实circRNA参与动物经济性状调控。Liang等在贵州迷你猪骨骼肌组织鉴定得到149circRNAs，参与肌肉发育、肌肉收缩、染色质修饰等生物学过程，揭示circRNA参与肌肉发育和肌肉收缩调控。但是，circRNA是否参与脂肪沉积与代谢，仍不清楚。随着生物技术的迅速发展，利用高通量测序等先进生物技术和信息技术手段，建立起了常规育种与分子育种相结合的平台，使育种工作实现了由经验向科学的根本性转变，大幅度的提高了育种效率。大白猪，作为典型的瘦肉型猪，有较低的皮下脂肪含量。而莱芜猪肉色鲜红，优质优良，持水性良好，脂肪含量可高达10.32％。二者在脂肪沉积方面的显著差异为脂肪代谢的机制研究提供了良好模型。本专利技术对大白猪和莱芜猪皮下脂肪组织中circRNA表达情况进行高通量测序并结合实验室之前的miRNA和mRNA进行整合分析，结果显示，circRNA_14707通过与相应miRNA结合在脂肪沉积和脂质代谢中发挥重要作用，为动物遗传育种的研究提供了新靶点。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种与猪皮下脂肪相关的circRNA，命名为circRNA_14707，序列与SEQIDNO.1具有90％以上序列同源性。优选的，circRNA_14707序列为SEQIDNO.1。一种检测猪皮下脂肪含量的方法，包括：(1)选取猪皮下脂肪组织；(2)检测样品中circRNA_14707和/或其相关基因的表达量。优选的，相关基因为ssc-miR-1285、ssc-miR-874、或ssc-miR-874靶基因SMAD7和SCD。本专利技术的目的在于提供一种检测皮下脂肪的试剂，试剂采用测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测样品circRNA_14707的表达水平。本专利技术中的核酸杂交技术包括但不限于原位杂交(ISH)、微阵列和Southern或Northern印迹。优选的，采用高通量测序技术、探针杂交技术、基因芯片技术或荧光定量PCR技术检测样品circRNA_14707的表达水平。优选的，试剂含有与circRNA_14707杂交的探针或扩增circRNA_14707的特异性引物。更优选的，引物序列为SEQIDNO.2和SEQIDNO.3。优选的，样品为猪皮下脂肪组织。所述核酸扩增技术选自聚合酶链式反应(PCR)、逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链式反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。其中，PCR需要在扩增前将RNA逆转录成DNA(RT-PCR)，TMA和NASBA直接扩增RNA。本专利技术的目的在于提供下述任意一项应用：circRNA_14707在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；circRNA_14707在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；circRNA_14707在选育具有不同肌肉品质猪中的应用。上述试剂在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；上述试剂在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；上述试剂在选育具有不同肌肉品质猪中的应用。本专利技术的目的在于提供一种检测皮下脂肪的试剂，检测circRNA_14707相关基因的表达水平，相关基因为ssc-miR-1285、ssc-miR-874、或ssc-miR-874靶基因SMAD7和SCD。优选的，试剂通过测序技术、核酸杂交技术、核酸扩增技术或免疫测定的方法检测circRNA_14707相关基因的表达水平。进一步，所述试剂包含特异性扩增ssc-miR-1285的引物；或特异性扩增ssc-miR-874的引物；或特异性扩增SMAD7的引物；或特异性扩增SCD的引物。本专利技术的目的在于提供下述任意一项应用：上述试剂在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；上述试剂在制备预测或辅助预测猪肉品质试剂中的应用；上述试剂在选育具有不同肌肉品质猪中的应用。定义：术语“同源”是主要是指序列上的同源，也就是用来说明两个或多个RNA或DNA序列具有相同的祖先。同源的序列一般有相似的功能。一般来说，当相似程度高于50％时，常推测检测序列和目标序列可能是同源序列；当相似性程度低于20％时，就难以确定其是否具有同源性。环状RNA(circularRNA，circRNA)，亦称环形RNA，是最近几年研究确认的一种新型的非编码RNA(noncodingRNA，ncRNA)分子。根据RNA构成的不同，环状RNA可分为三类：外显子环状RNA(exoncircularRNA，ecircRNA)、内含子环状RNA(circularintronicRNAs,ciRNAs)和外显子-内含子circRNA(exon-introncircRNA,EIciRNA)。“探针”指能与另一分子的特定序列或亚序列或其它部分结合的分子。除非另有指出，术语“探针”通常指能通过互补碱基配对与另一多核苷酸结合的多核苷酸探针。所述探针具有与靶点基因的特定的碱基序列互补的碱基序列。这里，所谓“互补”，只要是杂交即可，可以不是完全互补。这些多核苷酸通常相对于该特定的碱基序列具有80％以上、优选90％以上、更优选95％以上、特别优选100％的同源性。这些探针可以是DNA，也可以是RNA，另外，可以为在其一部分或全部中核苷酸通过PNA(Polyamidenucleicacid，肽核酸)、LNA(注册商标，lockednucleicacid，BridgedNucleicAcid，交联化核酸)、ENA(注册商标，2′-O,4′-C-Ethylene-bridgednucleicacids)、GNA(Glycerolnucleicacid，甘油核酸)、TNA(Threosenucleicacid，苏糖核酸)等人工核酸置换得到的多核苷酸。本专利技术中的术语“杂交”用于指代互补核酸的配对。杂交和杂交强度受诸如以下的因素影响：核酸之间的互补程度、所涉及的条件的严格性、形成的杂交体的Tm和核酸内的G:C比率。测序技术主要为高通量测序技术(High-throughputsequencing)，又称下一代测序技术(nextgenerationsequencing)，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，极大提高了测序效率。高通量测序平台的代表是罗氏公司(Roche)的454测序仪(RochGSFLXsequencer)，Illumina公司的Solexa基因组分析仪(IlluminaGenomeAnalyzer)和ABI的SOLiD测序仪(ABISOLiDsequencer)。附图说明图1是皮下脂肪差异表达circRNA分类图图2是circRNA_14707-miRNA-mRNA互作网络图图3是荧光定量验证候选基因差异表达图具体实施方式下面结合附图和实施例对本专利技术作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本专利技术而不用于限制本专利技术的范围。实施例1circRNA测序及差异表达circRNA挑选1.1实本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪皮下脂肪相关的circRNA，命名为circRNA_14707，序列与SEQ ID NO.1具有90％以上序列同源性。

【技术特征摘要】
1.一种与猪皮下脂肪相关的circRNA，命名为circRNA_14707，序列与SEQIDNO.1具有90％以上序列同源性。2.一种检测皮下脂肪的试剂，试剂采用测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测样品circRNA_14707的表达水平。3.权利要求2所述的试剂，其特征在于，采用高通量测序技术、探针杂交技术、基因芯片技术或荧光定量PCR技术检测样品circRNA_14707的表达水平，优选的，试剂含有与circRNA_14707杂交的探针或扩增circRNA_14707的特异性引物。4.根据权利要求2所述的试剂，其特征在于，样品为猪皮下脂肪组织。5.一种检测猪皮下脂肪含量的方法，包括：(1)选取猪皮下脂肪组织；(2)检测样品中circRNA_14707和/或其相关基因的表达量，所述相关基因为ssc-miR-1285、ssc-miR-874、ssc-miR-874靶基因SMAD7和SCD。6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，采用高通量测序技术、探针杂交技术、基因芯片技术或荧光定量PCR技术检测样品circRNA_14707和/或其相关基因的表达量。7.下述任意一项应用：circRNA_14707在预测或辅助预测猪肉品质中的应用；ci...

【专利技术属性】
技术研发人员：苗向阳，李嫒，解领丽，黄万龙，张秀秀，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11