用于检测肠道病毒的核酸及其应用制造技术

本发明专利技术涉及用于检测肠道病毒、尤其是CoxA16型/EV71型/EV通用型的核酸、包含所述核酸的试剂盒以及所述核酸的应用。

Nucleic acid for detecting enterovirus and its application

The invention relates to a nucleic acid for detecting enteroviruses, in particular CoxA16/EV71/EV universal type, a kit containing the nucleic acid and the application of the nucleic acid.

【技术实现步骤摘要】
用于检测肠道病毒的核酸及其应用
本专利技术涉及用于检测肠道病毒、尤其是CoxA16型/EV71型/EV通用型的核酸及其应用。
技术介绍
手足口病由人肠道病毒引起的儿童常见急性传染病。临床上以发热和手、足、口腔等部位皮疹或疱疹为主要特征。肠道病毒属的柯萨奇病毒(Coxsackievirus)A组16、4、5、7、9、10型，B组2、5型；埃可病毒(ECHOviruses)和肠道病毒71型(EV71)等均能引起手足口病，其中起主要作用的为肠道病毒71型(EV71)，柯萨奇A16(CA16)。手足口病由人肠道病毒引起的儿童常见急性传染病，大多数患儿症状轻微，少数患儿可并发无菌性脑膜炎、脑炎、急性弛缓性麻痹、呼吸道感染和心肌炎等，个别重症患儿病情进展快。为有效防止手足口病疫情扩散，相关省市卫生主管部门也启动疫情防控应急预案，力争将疫情控制到最小范围，减轻疫情危害。因此，需要开发能有效监测手足口病的的检测试剂盒。此外，肠道病毒感染的特异性诊断方法有三种，即病毒分离鉴定、血清学检测和分子生物学技术，操作繁琐、耗时、敏感性低、特异性差，不适宜作为病毒的早期诊断。需要开发一种既能有效节约检测成本和时间又能有效监测手足口病的的检测试剂盒。
技术实现思路
一方面，本专利技术提供用于检测肠道病毒(尤其是CoxA16型/EV71型/EV通用型)的核酸。用于检测CoxA16型的核酸(例如引物或探针)包含来源于或用于扩增或检测CoxA16型A序列或B序列的核苷酸序列。所述A序列对应于GenBank登录号KC117318序列中的61－254位置，优选为：CGGAGTGTTTCGCTCAGCACTTCCCCCGTGTAGATCAGGTCGATGAGTCACTGTAAACCCCACGGGCGACCGTGACAGTGGCTGCGTTGGCGGCCTGCCCATGGGGTAACCCATGGGACGCTCTAATACAGACATGGTGTGAAGAGTCTATTGAGCTAGTTAGTAGTCCTCCGGCCCCTGAATG(SEQIDNO:1)。所述B序列对应于GenBank登录号gb|KF055245.1|序列中的序列中的4365－4460位置，优选为：AAGGATGAACAACTACATGCAGTTCAAGAGCAAACACCGTATTGAACCTGTATGTTTAATCATTAGAGGCTCCCCAGGAACAGGTAA(SEQIDNO:2)。用于检测EV71型的核酸(例如引物或探针)包含来源于或用于扩增或检测EV71型A和/或B序列的核苷酸序列。所述A序列对应于GenBank登录号FJ606449.1序列中的5678-5783位置，优选为：AGTGATGCCACCCTAGTGATCAACACGGAGCACATGCCATCAATGTTTGTCCCGGTGGGTGACGTTGTGCAGTATGGCTTCTTGAATCTCAGTGGTAAGCCTACCC(SEQIDNO:3)。所述B序列对应于GenBank登录号gb|KC436271.1|序列中的4288-4430位置，优选为：TGAAGTCATGTTTGGGAATGTGTCGTACCTAGCCCACTTCTGTCGCAAGTTCCAACCGCTATACGCCACGGAAGCTAAAAGAGTCTATGCCCTGGAGAAGAGAATGAATAATTATATGCAGTTCAAGAGCAAACACCG(SEQIDNO:4)。用于检测EV通用型的核酸(例如引物或探针)包含来源于或用于扩增或检测GenBank登录号gb|KF312457.1|序列中的442-566位置的核苷酸序列，优选来源于或用于扩增或检测以下序列：CCCCTGAATGCGGCTAATCCCAACTGCGGAGCACACGCCCACAAGCCAGCGGGTAGTGTGTCGTAACGGGCAACTCTGCAGCGGAACCGACTACTTTGGGTGTCCGTGTTTCCTT(SEQIDNO:5)。用于检测EV通用型的核酸可以检测柯萨奇病毒(Coxsackievirus)A组16、4、5、7、9、10型，B组2、5型；以及肠道病毒71型(Enterovirus71，EV71)等肠病毒。在本专利技术的某些实施方案中，所述核酸为用于检测肠道病毒的引物。用于检测CoxA16型病毒A序列的引物优选包含上游引物CoxA16A-F5‘-CGGAGTGTTTCGCTCAGCAC-3’(SEQIDNO:6)和下游引物CoxA16A-R5‘-CATTCAGGGGCCGGAGG-3’(SEQIDNO:7)组成的引物对。用于检测CoxA16型病毒B序列的引物优选上游引物CoxA16B-F序列为5‘-AAGGATGAACAACTACATGCAGTTC-3’(SEQIDNO:8)和下游引物CoxA16B-R序列为5‘-TTACCTGTTCCTGGAGAGCCTCT-3’(SEQIDNO:9)组成的引物对。用于检测肠道病毒EV71型A序列的引物优选上游引物EV71A-F序列5’-AAGTGATGCCACCCTAGTGATCAA-3’(SEQIDNO:10)和下游引物EV71A-R序列5’-GGGTAGGCTTACCACTGAGATTCA-3’(SEQIDNO:11)组成的引物对。用于检测肠道病毒EV71型B序列的引物优选上游引物EV71B-F序列5’-TGAAGTCATGTTTGGGAATGTGTC-3’(SEQIDNO:12)和下游引物EV71B-R序列5’-CGGTGTTTGCTCTTGAACTGC-3’(SEQIDNO:13)组成的引物对。用于检测肠道病毒通用型的引物优选上游引物EV-F序列5-CCCCTGAATGCGGCTAATC-3(SEQIDNO:14)和下游引物EV-R序列‘5-GGAAACACGGACACCCAAAGTA-3’(SEQIDNO:15)组成的引物对。在另外的实施方案中，所述核酸为用于检测肠道病毒的探针。用于检测CoxA16型A序列的探针优选为5’-CTCATCGACCTGATCTACACGGGG-3’(SEQIDNO:16)。用于检测CoxA16型B序列的探针优选为5’-AGCAAACACCGTATTGAACC-3’(SEQIDNO:17)用于检测EV71型A序列的探针优选为5’-ATACTGCACAACGTCACCCACCGG-3’(SEQIDNO:18)。用于检测EV71型的B序列为5’-TTCTGTCGCAAGTTCCAACCGCTATA-3’(SEQIDNO:19)。用于检测肠道病毒EV通用型的探针EV-B序列为5-AACTCTGCAGCGGAACC-3(SEQIDNO:20)。本专利技术还包括上述引物序列和探针序列的等同序列，例如来源于所述基因或位置且包含所述引物或探针序列中12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或26个连续核苷酸的引物或探针。另一方面，本专利技术还提供用于检测样品中肠道病毒CoxA16、EV71、EV通用型及其组合的检测试剂盒。所述试剂盒包含至少一种如上所述的核酸。本专利技术的试剂盒可以包含一种或多种引物或引物对。本专利技术的试剂盒可以包含探针。所述探针可以是标记的探针本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种核酸，其包含来源于肠道病毒71型(EV71型)并且对应于以下序列的核苷酸序列：GenBank登录号FJ606449.1序列中的5678‑5783位置、或GenBank登录号gb|KC436271.1|序列中的4288‑4430位置，其中所述核酸为引物或探针。

【技术特征摘要】
1.一种核酸，其包含来源于肠道病毒71型(EV71型)并且对应于以下序列的核苷酸序列：GenBank登录号FJ606449.1序列中的5678-5783位置、或GenBank登录号gb|KC436271.1|序列中的4288-4430位置，其中所述核酸为引物或探针。2.权利要求1的核酸，其包含来源于SEQIDNO:3或4的核苷酸序列。3.权利要求1的核酸，其中所述核酸为引物，包含选自SEQIDNO:10-13的任一序列中的12-24个连续核苷酸，优选包含选自SEQIDNO:10-13的核苷酸序列，更优选由选自SEQIDNO:10-13的核苷酸序列组成。4.权利要求1的核酸，其中所述核酸为探针，包含SEQIDNO:18或19序列中的12-26个连续核苷酸组成，优选由SEQIDNO:18或19的核苷酸序列组成。5.一种核酸，其包含来源于肠道病毒EV并且对应于GenBank登录号gb|KF312457.1|序列中的442-566位置的核苷酸序列，其中所述核酸为引物或探针。6.权利要求5的核酸，其包含来源于SEQIDNO:5的核苷酸序列。7.权利要求5的核酸，其中所...

【专利技术属性】
技术研发人员：于浩洋，陈勉乔，邵曼，
申请(专利权)人：深圳市晋百慧生物有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44