黄麻中耐盐性状的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及植物育种技术领域，具体而言，涉及一种黄麻中耐盐性状的分子标记及其应用。其中所述mk6723 SNP位点标记所在Scaffold编号为AWUE01014578.1，在Scaffold上的位置为28342位，参考序列的碱基为T，变异的碱基为G。本发明专利技术提供的mk6723 SNP位点能够应用于黄麻耐盐品种的培育中，还可以用于种群遗传结构和遗传变异水平等方面的研究。

Molecular markers of salt tolerance in jute and their application

The invention relates to the technical field of plant breeding, in particular to a molecular marker for salt tolerance in jute and its application. The Scaffold number of the mk6723 SNP locus marker is AWUE01014578.1, and the position on the Scaffold is 28342. The base of the reference sequence is T, and the variant base is G. The mk6723 SNP locus provided by the invention can be applied to the cultivation of salt-tolerant jute varieties, and can also be used to study the genetic structure and genetic variation level of the population.

【技术实现步骤摘要】
黄麻中耐盐性状的分子标记及其应用
本专利技术涉及植物育种
，具体而言，涉及一种黄麻中耐盐性状的分子标记及其应用。
技术介绍
土壤盐渍化已经演变为一个全球性问题，是导致土地荒漠化和耕地退化的重要因素之一，也已成为人类面临的重大危机。土壤盐渍化问题严重影响了植物的生长和发育，已经成为自然界主要的非生物胁迫之一。目前，全球盐碱地面积已达9.5亿hm2。土壤盐渍化已成为制约粮食生产和影响粮食安全的重要因素。然而人口的快速增长与粮食短缺的矛盾日益加重，通过筛选和培育耐盐作物新品种的方法来改良、利用盐碱地，被认为是一种具有经济和生态双重效益的解决方案。黄麻为椴树科(Tiliaceae)，黄麻属(Corchorus)植物，一年生草本韧皮纤维作物，目前世界上主栽的黄麻主要有两种，即圆果种黄麻(Corchorus.capsularis，南亚的印度、孟加拉、尼泊尔等国称为whitejute)和长果种黄麻(Corchorus.olitorius，南亚称为tossajute)。黄麻是世界上最重要的韧皮纤维作物之一，其纤维吸湿性好，散水快，具有抗菌抑菌、可降解和环境友好等特性，在商业上拥有“金色纤维”的美称，是麻纺工业的重要原料，在世界上黄麻产量与种植面积仅次于棉花。黄麻又是一种重要的耐盐经济作物，它能够在沿海滩涂、盐碱土地大面积种植。目前，黄麻耐盐性研究进展缓慢，人们对黄麻耐盐性方面的认识还处于初始阶段，有关黄麻耐盐性分子机制的报道较少，前人对黄麻耐盐性的报道也相对较少。总体来说黄麻分子生物学基础比较薄弱。分析黄麻在盐胁迫下的基因表达变化，寻找黄麻盐胁迫响应基因，并对其进行功能预测及代谢通路分析，加深对黄麻耐盐机理研究，这将有利于培育黄麻优良耐盐品种，对其他植物耐盐性的研究也具有重要意义。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术涉及一种新颖的与黄麻耐盐性状有关的SNP位点，并对该SNP位点的检测、应用等方面进行研究。该SNP位点存在于黄麻基因组中，与影响黄麻耐盐性状的QTLqJST-1连锁，因而能够用于黄麻耐盐性状的相关研究。采用该SNP位点能够用于耐盐抗性的黄麻植物的培育和鉴定。与现有技术相比，本专利技术的有益效果为：本专利技术提供的mk6723SNP位点能够应用于黄麻耐盐品种的培育中，还可以用于种群遗传结构和遗传变异水平等方面的研究。附图说明为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为本专利技术实施例中所采用的GBS技术路线示意图；图2为本专利技术实施例中遗传图谱信息分析内容的流程示意图；图3为本专利技术实施例中GBS文库构建流程示意图；图4为本专利技术实施例中150个F2：3lines的STIG和两个盐胁迫条件(图4A：140mM盐浓度；图4B：160mM盐浓度)下处理第四天的STIG数据显示正态分布；图5为在140mM(n＝5)盐胁迫条件下黄麻耐盐性的QTL作图结果；图6为在160mM(n＝8)盐胁迫条件下黄麻耐盐性的QTL作图结果；图7为LG4上的部分连锁群标记分布。具体实施方式本专利技术可通过后续对于本专利技术一些实施方案描述以及其中所包括的实施例的详细内容而更容易被了解。在进一步叙述本专利技术之前，应明了本专利技术不会被局限于所述特定实施方案中，因为这些实施方案必然是多样的。亦应明了本说明书中所使用的用语仅是为了阐述特定实施方案，而非作为限制，因为本专利技术的范围将会被仅仅界定在所附的权利要求中。名词定义在陈述本专利技术的详细内容之前，应当了解被使用于本说明书中的数个用语。农学上优良的：如本文使用的，指基因型，其具有许多可辨别性状的最佳表现，如种子产量、突出体、萌发势、营养势、抗病性、种子结实、站立能力(standability)和脱粒能力，其允许生产者收获具有商业重要性的产品。杂交：两种亲本植物的交配。F1杂种/F1代：两种非等基因植物杂交的第一代子代。F2杂种/F2代：F1代自交所产生的子代。SNP：当对比2个同源序列时，指单核苷酸多态性或单核苷酸突变。数量性状基因座(QTL)：数量性状基因座(QTL)指在一定程度上控制通常连续分布的以数值表示的性状的遗传基因座。连锁：一种现象，其中相同染色体上的等位基因比如果等位基因的传递是独立的而偶然预期的更倾向于一起分离。本专利技术的示例性实施方案本专利技术涉及一种鉴定和/或选择显示新赋予的或增强的耐盐抗性的黄麻植物的方法，包括：a.在所述黄麻植物的DNA中检测mk6723SNP位点的存在；以及b.选择具有与新赋予的或增强的耐盐抗性相关的所述等位基因的所述黄麻植物；其中所述mk6723SNP位点标记所在Scaffold编号为AWUE01014578.1，在Scaffold上的位置为28342位，参考序列的碱基为T，变异的碱基为G。本专利技术涉及mk6723SNP位点用于在黄麻植物中鉴定赋予耐盐抗性的QTL的用途。QTL可通过使用分子标记进行鉴定。QTL可通过遗传图谱上的位置、或通过指示连锁群或染色体上的位置来鉴定。因此，QTL赋予的遗传性状可通过分子标记进行鉴定与表征。在一些实施方式中，所述检测mk6723SNP位点的存在的方法为测序。在一些实施方式中，所述检测mk6723SNP位点的存在的方法为PCR扩增。根据本专利技术的一方面，本专利技术还涉及一种黄麻育种的方法，其包括下述步骤：1).采用如上所述的方法测定黄麻植物是否具有mk6723SNP位点；2).选择包含所述mk6723SNP位点的第一种黄麻植物，并将其与第二种黄麻植物杂交，以产生包含所述mk6723SNP位点的子代植物。根据本专利技术的一方面，所述方法还包括：3).使用步骤2)中所述的子代植物作为原材料，重复步骤1)-2)2-10次，以产生其它子代植物。根据本专利技术的一方面，所述第二种黄麻植物属于农学上优良的品种。根据本专利技术的一方面，所述方法还包括选择包含所述mk6723SNP位点和农学上优良特征的黄麻植物。根据本专利技术的另一方面，本专利技术还涉及由如上所述的方法产生的黄麻植物用于产生具有耐盐抗性的黄麻繁殖材料的用途，所述繁殖材料适合于产生具有耐盐抗性的，且包含如上提及的mk6723SNP位点的黄麻植物或其种子；其中繁殖材料适宜于有性繁殖、植物性繁殖或可再生的细胞的组织培养。在一些实施方式中，适宜于有性繁殖的所述繁殖材料选自小孢子，花粉，子房，胚珠，胚囊和卵细胞；适宜于植物性繁殖的所述繁殖材料选自插枝，根，茎，细胞，原生质体；适宜于可再生的细胞的组织培养的所述繁殖材料选自叶，花粉，胚，子叶，下胚轴，分生组织细胞，根，根端，花药，花，种子和茎。本专利技术也涉及种子生产的方法，包括使包含耐盐特性的黄麻植物生长，允许植物产生种子，及收获那些种子。种子的产生适宜地通过杂交或自交进行。根据本专利技术的另一方面，本专利技术还涉及如上提及的mk6723SNP位点在研究黄麻种群中的遗传多样性中的应用。下面将结合实施例对本专利技术的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本专利技术，而不应视为限制本专利技术的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴定和/或选择显示新赋予的或增强的耐盐抗性的黄麻植物的方法，其特征在于，包括：a.在所述黄麻植物的DNA中检测mk6723 SNP位点的存在；以及b.选择具有与新赋予的或增强的耐盐抗性相关的所述等位基因的所述黄麻植物；其中所述mk6723 SNP位点标记所在Scaffold编号为AWUE01014578.1，在Scaffold上的位置为28342位，参考序列的碱基为T，变异的碱基为G。

【技术特征摘要】
1.一种鉴定和/或选择显示新赋予的或增强的耐盐抗性的黄麻植物的方法，其特征在于，包括：a.在所述黄麻植物的DNA中检测mk6723SNP位点的存在；以及b.选择具有与新赋予的或增强的耐盐抗性相关的所述等位基因的所述黄麻植物；其中所述mk6723SNP位点标记所在Scaffold编号为AWUE01014578.1，在Scaffold上的位置为28342位，参考序列的碱基为T，变异的碱基为G。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述检测mk6723SNP位点的存在的方法为测序。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述检测mk6723SNP位点的存在的方法为PCR扩增。4.黄麻育种的方法，其包括下述步骤：1).采用权利要求1～3任一项所述的方法测定黄麻植物是否具有mk6723SNP位点；2).选择包含所述mk6723SNP位点的第一种黄麻植物，并将其与第二种黄麻植物杂交，以产生包含所述mk6723SNP位点的子代植物。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，还包括：3).使用步骤2)中...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨泽茂，粟建光，戴志刚，唐蜻，程超华，许英，刘婵，陈基权，谢冬微，
申请(专利权)人：中国农业科学院麻类研究所，
类型：发明
国别省市：湖南,43