一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统技术方案

本发明专利技术涉及基因组重叠群的组装方法，特别涉及一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统，所述方法包括如下步骤：(1)提取样品基因组并超声打断；(2)将步骤(1)超声打断的片段凝胶纯化并切胶，以构建不同插入片段的文库；(3)将步骤(2)得到的文库进行二代双末端测序；(4)将各个文库的二代双末端测序的读1和读2进行拼接；(5)将拼接后的序列进行序列组装；其中，所述二代双末端测序的读1和读2的序列有5bp以上的重叠区域。本发明专利技术方法和系统通过实验建库、根据测序读长选取建库和切胶范围，并结合拼接软件进行拼接，达到了延长序列读长的目的，用延长后的序列根据重叠关系进行重叠群组装，达到提高重叠群组装的指标和准确性。

【技术实现步骤摘要】
一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统
本专利技术涉及生物
，具体涉及基因组重叠群的组装方法，特别涉及一种二代序列基因组重叠群的组装方法和系统。
技术介绍
罗氏454测序系统的测序原理是基于焦磷酸测序法，依靠生物发光对DNA序列进行检测，在DNA聚合酶，ATP硫酸化酶，荧光素酶和双磷酸酶的协同作用下，罗氏454测序系统将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号释放偶联起来。通过检测荧光信号释放的有无和强度，就可以达到实时测定DNA序列的目的。此技术不需要荧光标记的引物或核酸探针，也不需要进行电泳，具有分析结果快速、准确、高灵敏度和高自动化的特点。罗氏454测序序列平均长度一般为500bp左右，最长为700bp左右，其长度相对于目前二代测序Hiseq2500的250bp和Miseq的300bp来说要长的多，但其在2016年年中已经停止服务。目前基因组组装项目以全基因组鸟枪法测序(Whole-genomeshotgunsequencing,WGS)为主流设计方案，WGS是一种分析大片段基因组DNA序列的策略，将大片段DNA(如噬菌体文库中约40kb长或细菌人工染色体所含350kb本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种二代序列基因组重叠群的组装方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)提取样品基因组并超声打断；(2)将步骤(1)超声打断的片段凝胶纯化并切胶，以构建不同插入片段的文库；(3)将步骤(2)得到的文库进行二代双末端测序；(4)将各个文库的二代双末端测序的读1和读2进行拼接；(5)将拼接后的序列进行序列组装；其中，所述二代双末端测序的读1和读2的序列有5bp以上的重叠区域。

【技术特征摘要】
1.一种二代序列基因组重叠群的组装方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)提取样品基因组并超声打断；(2)将步骤(1)超声打断的片段凝胶纯化并切胶，以构建不同插入片段的文库；(3)将步骤(2)得到的文库进行二代双末端测序；(4)将各个文库的二代双末端测序的读1和读2进行拼接；(5)将拼接后的序列进行序列组装；其中，所述二代双末端测序的读1和读2的序列有5bp以上的重叠区域。2.根据权利要求1所述的组装方法，其特征在于，步骤(1)所述超声打断的范围为100-500bp，步骤(2)所述切胶的长度范围为450-500bp；优选地，步骤(1)所述超声打断的范围为100-600bp，步骤(2)所述切胶的长度范围为550-600bp。3.根据权利要求1或2所述的组装方法，其特征在于，所述二代双末端测序的读1和读2的读长长度为200-2000bp，优选为200-500bp，进一步优选为250-300bp。4.根据权利要求1-3中任一项所述的组装方法，其特征在于，所述二代双末端测序的读1和读2的序列有5bp以上的重叠区域。5.根据权利要求1-4中任一项所述的组装方法，其特征在于，所述步骤(3)和步骤(4)之间还包括将步骤(3)所述的二代双末端测序进行数据过滤。6.根据权利要求1-5中任一项所述的组装方法，其特征在于，所述数据过滤具体包括：去除含接头和低质量的序列。7.根据权利要求1-6中任一项所述的组装方法，其特征在...

【专利技术属性】
技术研发人员：邓天全，高强，杨林峰，杨鑫，盛琴，陈世璇，岳震，霍守江，肖黎，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技服务有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44