样本起源信息确定方法、装置及应用制造方法及图纸

技术编号:46276535 阅读:5 留言:0更新日期:2025-09-02 21:08
本申请涉及样本起源信息确定方法、装置及应用。其中,该方法包括:获取多个样本基因组序列中特征K‑mer序列信息;基于所述特征K‑mer序列信息在参考基因组中的分布,确定样本起源信息。本方法尤其适用于多倍体样本亚基因组之间进化关系的确定,结果稳定可靠。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及生物信息领域,具体地,本申请涉及样本起源信息确定方法、装置及应用。更具体地,本申请涉及一种样本起源信息确定方法及装置、待测样本进化轨迹确定方法、计算机程序产品、计算设备和计算机可读存储介质。


技术介绍

1、在现代生物
,物种形成及其对生物多样性的关联对于发展新的生物学应用至关重要。随着高通量测序技术的迅速发展,物种基因组的大规模测序和获取已进入一个爆发性时代,为研究物种起源和进化提供了丰富的数据资源。基于这些数据,基因组学研究方法为物种形成、进化和驯化等领域提供了全新的、强有力的工具和模式。

2、目前大尺度的跨分类的物种进化研究,多从线粒体,叶绿体,单基因或者多基因角度进行研究。而后由于全基因组的出现,其研究方法则过渡到了基于系统发育,分化时间,基因组结构进化,基因和基因家族进化等方面来开展。而对于重要的经济作物如棉花,油菜,花生,香蕉,大麦,小麦等物种,其物种基因组组成相对比较复杂,多倍化情况较多。其多倍化演化历史,亚基因组来源和进化起源问题(单系起源还是多系起源)一直存在较大争议。对于这一类物种而言,大尺度的物种进化研究方法本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种样本起源信息确定方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述多个样本基因组序列中特征K-mer序列信息是通过如下步骤确定的:

3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述分析处理包括:对所述K-mer序列信息进行对比和统计。

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,在进行所述分析处理前,包括:对所述K-mer序列信息进行合并处理。

5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,通过窗口遍历法,确定至少一个所述特征K-mer序列信息在所述窗口中的分布;

6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,...

【技术特征摘要】

1.一种样本起源信息确定方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述多个样本基因组序列中特征k-mer序列信息是通过如下步骤确定的:

3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述分析处理包括:对所述k-mer序列信息进行对比和统计。

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,在进行所述分析处理前,包括:对所述k-mer序列信息进行合并处理。

5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,通过窗口遍历法,确定至少一个所述特征k-mer序列信息在所述窗口中的分布;

6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样本选自植物、动物、真菌和细菌中的至少之一;

7.一种多个待测样本亲缘关系确定方法,其特征在于,包括:

8.一种样本起源确定装置,其特征在于,包括:

9.根据权利要求8所述...

【专利技术属性】
技术研发人员:明瑶简建波
申请(专利权)人:深圳华大基因科技服务有限公司
类型:发明
国别省市:

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