一种用于检测家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点的引物及其检测方法技术

本发明专利技术公开了一种用于检测家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点的引物及其检测方法。引物包括rs41291161位点的引物、rs12720772位点的引物、rs12084215位点的引物和rs2922126位点的引物，其引物序列见SEQ ID NO.1～8；检测方法包括以下步骤：(1)提取患者基因组DNA；(2)以步骤(1)中所得DNA为模板，采用权利要求1中所述引物进行PCR扩增；(3)回收扩增产物，然后进行PCR扩增，再进行纯化，最后通过序列分析仪对SNP分型进行分析确定。本发明专利技术方法准确性高，引物特异性好，可用于家族性高胆固醇血症的风险评估，为高胆固醇的疾病预防提供指导。

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点的引物及其检测方法
本专利技术属于基因工程
，具体涉及一种用于检测家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点的引物及其检测方法。
技术介绍
家族性高胆固醇血症又称家族性高β脂蛋白血症，是儿童期最常见的遗传性高脂血症，也是脂质代谢疾病中最严重的一种，可导致各种危及生命的心血管疾病并发症的出现，是冠状动脉疾病的一种。该病的临床表现为低密度脂蛋白胆固醇水平增高、黄色瘤、角膜弓和早发性冠心病。随着生活水平的提高，越来越多的人对自身健康也十分注重。家族性高胆固醇血症其症状严重，因此对家族性高胆固醇血症患者早期基因检测和筛查十分必要,通过检测与家族性高胆固醇易感性相关的SNP，就能够帮助高胆固醇易感人群了解其患上高胆固醇的风险，提前做好预防工作，避免家族性高胆固醇血症的发生。单核苷酸多态性(SNP)目前已成为继限制性片段长度多态(RFLP)标志和微卫星串联重复(STR)标志后的第三代遗传标记。为了实现家族性高胆固醇血症的早发现、早预防和早控制，通过单核苷酸多态性(SNP)检测高胆固醇易感性已成为国内外的研究热点，有全基因组关联研究表明，这4个SNP(rs41291161，rs12720772，rs12084215，rs2922126，)位点与高胆固醇易感性密切相关，通过检测与高胆固醇易感性相关的SNP位点的多态性，可以评估患家族性高胆固醇血症的易感风险，为高胆固醇的疾病预防提供指导。
技术实现思路
针对现有技术中的上述不足，本专利技术提供一种用于检测家族性高胆固醇血症SNP位点的引物及其检测方法，其引物特异性好，检测方法准确性高，可用于家族性高胆固醇血症的风险评估，为高胆固醇的疾病预防提供指导。为实现上述目的，本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案是：一种用于检测家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点的引物，引物包括rs41291161位点的引物、rs12720772位点的引物、rs12084215位点的引物和rs2922126位点的引物，其各引物具体序列如下：rs41291161-F：5’-CTTCACAAATACACACCTG-3’；(SEQIDNO.1)rs41291161-R：5’-TGTCCTATCTGAACCTTAGC-3’；(SEQIDNO.2)rs12720772-F：5’-AAGTACACACTTGGAAGGAA-3’；(SEQIDNO.3)rs12720772-R：5’-GTCCACACCTATCTCTAACTAT-3’；(SEQIDNO.4)rs12084215-F：5’-GACACAGATTAGTTCTGGAT-3’；(SEQIDNO.5)rs12084215-R：5’-AAGATGATGTGACCACTGT-3’；(SEQIDNO.6)rs2922126-F：5’-AGTCTCACGCAGTTATAGG-3’；(SEQIDNO.7)rs2922126-R：5’-CTTCTACTTCTCAACAGCAAC-3’。(SEQIDNO.8)一种家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点多态性的检测方法，包括以下步骤：(1)提取患者基因组DNA；(2)以步骤(1)中所得DNA为模板，采用权利要求1中所述引物进行PCR扩增；(3)回收扩增产物，并进行浓度测定，计算模板量，再次进行PCR扩增并对扩增产物进行纯化，最后通过序列分析仪对SNP分型进行分析确定。进一步地，步骤(2)中PCR扩增体系为：DNA模板100～150ng、浓度为5pmol/μL的正向引物3.0μL、浓度为5pmol/μL的反向引物3.0μL、PrimeSTARMAX25.0μL，最后用ddH2O补足体积至50μL。进一步地，步骤(2)中PCR反应条件为：95℃预变性5min，95℃变性30s，55℃退火15s，72℃延伸15s，30个循环，最后72℃延伸5min后于4℃保存。进一步地，步骤(3)中PCR扩增体系为：DTCSMasterMix2.5μL、浓度为5pmol/μL的反向引物1.0μL、DNA模板20ng，最后用ddH2O补足体积至10μL。进一步地，步骤(3)中PCR反应条件为：94℃预变性30s，94℃变性25s，55℃退火25s，60℃延伸3min，30个循环，最后60℃延伸20min。本专利技术的有益效果为：本专利技术提供了分别检测家族性高胆固醇血症的相关基因的rs41291161，rs12720772，rs12084215，rs2922126位点单核苷酸多态性的引物及检测方法，其引物特异性好，检测方法准确性高，可用于家族性高胆固醇血症的风险评估，为高胆固醇的疾病预防提供指导。附图说明图1为PCR扩增产物琼脂糖凝胶电泳图；图2、图3、图4为rs41291161位点多态性检测的测序结果图；图5、图6、图7为rs12720772位点多态性检测的测序结果图；图8、图9、图10为rs12084215位点多态性检测的测序结果图；图11、图12、图13为rs2922126位点多态性检测的测序结果图；图14、图15、图16为rs41291161位点多态性检测结果的荧光验证图；图17、图18、图19为rs12720772位点多态性检测结果的荧光验证图；图20、图21、图22为rs12084215位点多态性检测结果的荧光验证图；图23、图24、图25为rs2922126位点多态性检测结果的荧光验证图。具体实施方式下面对本专利技术的具体实施方式进行描述，以便于本
的技术人员理解本专利技术，但应该清楚，本专利技术不限于具体实施方式的范围，对本
的普通技术人员来讲，只要各种变化在所附的权利要求限定和确定的本专利技术的精神和范围内，这些变化是显而易见的，一切利用本专利技术构思的专利技术创造均在保护之列。实施例1、确定与家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点本专利技术筛选出4个与高胆固醇易感性相关SNP位点，具体为：rs41291161、rs12720772、rs12084215和rs2922126，其位于人类染色体2p24.1上APOB基因的rs41291161易感性位点为A，rs12720772易感性位点为A，位于人类染色体的1p24.1上PCSK9基因的rs12084215易感性位点为A，位于人类染色体3q26.31上GHSR基因的rs2922126易感性位点为A。2、设计引物用以上SNP位点的序列为模板，采用引物设计软件Oligo7(MolecularBiologyInsights，USA)，通过比较影响引物的几个重要因素，筛选出好的引物序列，其具体序列如下：rs41291161-F：5’-CTTCACAAATACACACCTG-3’；(SEQIDNO.1)rs41291161-R：5’-TGTCCTATCTGAACCTTAGC-3’；(SEQIDNO.2)rs12720772-F：5’-AAGTACACACTTGGAAGGAA-3’；(SEQIDNO.3)rs12720772-R：5’-GTCCACACCTATCTCTAACTAT-3’；(SEQIDNO.4)rs12084215-F：5’-GACACAGATTAGTTCTGGAT-3’；(SEQIDNO.5)rs12084215-R：5’-AAGAT本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点的引物，其特征在于，所述引物包括rs41291161位点的引物、rs12720772位点的引物、rs12084215位点的引物和rs2922126位点的引物，其各引物具体序列如下：rs41291161‑F：5’‑CTTCACAAATACACACCTG‑3’；rs41291161‑R：5’‑TGTCCTATCTGAACCTTAGC‑3’；rs12720772‑F：5’‑AAGTACACACTTGGAAGGAA‑3’；rs12720772‑R：5’‑GTCCACACCTATCTCTAACTAT‑3’；rs12084215‑F：5’‑GACACAGATTAGTTCTGGAT‑3’；rs12084215‑R：5’‑AAGATGATGTGACCACTGT‑3’；rs2922126‑F：5’‑AGTCTCACGCAGTTATAGG‑3’；rs2922126‑R：5’‑CTTCTACTTCTCAACAGCAAC‑3’。

【技术特征摘要】
1.一种用于检测家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点的引物，其特征在于，所述引物包括rs41291161位点的引物、rs12720772位点的引物、rs12084215位点的引物和rs2922126位点的引物，其各引物具体序列如下：rs41291161-F：5’-CTTCACAAATACACACCTG-3’；rs41291161-R：5’-TGTCCTATCTGAACCTTAGC-3’；rs12720772-F：5’-AAGTACACACTTGGAAGGAA-3’；rs12720772-R：5’-GTCCACACCTATCTCTAACTAT-3’；rs12084215-F：5’-GACACAGATTAGTTCTGGAT-3’；rs12084215-R：5’-AAGATGATGTGACCACTGT-3’；rs2922126-F：5’-AGTCTCACGCAGTTATAGG-3’；rs2922126-R：5’-CTTCTACTTCTCAACAGCAAC-3’。2.一种家族性高胆固醇血症易感性相关的SNP位点多态性的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取患者基因组DNA；(2)以步骤(1)中所得DNA为模板，采用权利要求1中所述引物对其进行PCR扩增；(3)回收扩增产物，并进行浓度测定，计算模板量，再次进行PCR扩增并...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄晓霞，张蓉，谭遥，彭柯又，
申请(专利权)人：成都中创清科医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：四川,51