单细胞转录组的分析方法技术

本发明专利技术涉及从单细胞捕获和条形码化核酸的方法，多个微流体液滴和制备所述多个微流体液滴的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】单细胞转录组的分析方法本专利技术涉及从单细胞中捕获核酸并对其进行条形码化的方法，多个区室，特别是多个微流体液滴以及制备多个微流体液滴的方法。本领域存在长期感受到然而尚未满足的对单细胞中存在的一个或多个转录物乃至全部转录组进行快速分离和测序的需求。该需求在抗体药物发现、免疫细胞和肿瘤细胞分析领域中尤其显著。科学仪器的灵敏度大大提高，以及从样品制备到数据分析的所有步骤的自动化程度不断提高，使得单细胞的整体研究成为可能。在现有技术中，迄今为止描述了捕获单细胞核酸并对所述核酸进行条形码化的不同方法。然而，大部分所述方案仍然需要大反应体积，或者多个耗时的步骤。大体积的缺点在于它们需要更大量的RNA的逆转录(RT)所需的昂贵的酶和核苷酸。因此减少反应体积并同时获得可靠和有效的逆转录是本领域的重要需求。在现有技术中，不同的作者解决了此问题并试图减少反应体积以增加通量。White等(ProcNatlAcadSciUSA.2011年8月23日；108(34)：13999-4004)描述了能够在每次运行中从数百个单细胞中进行基因表达的RT-qPCR测量的微流体装置，其执行单细胞处理，包括细胞捕获、细胞裂解本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于捕获和条形码化单细胞核酸的方法，其包括：a)提供包含在多个区室内的多个细胞，至少一些所述区室包含单细胞、逆转录酶和至少一种寡核苷酸，其中，所述至少一种寡核苷酸包含条形码序列和引物序列，其中，每个不同的引物序列限定出不同的寡核苷酸种类，并且其中，所述多个区室中的区室包含的一个或多个条形码序列可与包含在所述多个区室中的其他区室内的条形码序列区分开；b)裂解区室内的至少一些细胞以从细胞中释放核酸；c)在至少一些区室中将至少一些所释放的核酸与所述寡核苷酸杂交；d)在至少一些区室中使用所述引物序列将与所述寡核苷酸杂交的所述释放的核酸逆转录；其中，所述多个区室具有小于3nL的体积。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.06.28 EP 16305783.9;2015.12.08 US 62/264,4141.一种用于捕获和条形码化单细胞核酸的方法，其包括：a)提供包含在多个区室内的多个细胞，至少一些所述区室包含单细胞、逆转录酶和至少一种寡核苷酸，其中，所述至少一种寡核苷酸包含条形码序列和引物序列，其中，每个不同的引物序列限定出不同的寡核苷酸种类，并且其中，所述多个区室中的区室包含的一个或多个条形码序列可与包含在所述多个区室中的其他区室内的条形码序列区分开；b)裂解区室内的至少一些细胞以从细胞中释放核酸；c)在至少一些区室中将至少一些所释放的核酸与所述寡核苷酸杂交；d)在至少一些区室中使用所述引物序列将与所述寡核苷酸杂交的所述释放的核酸逆转录；其中，所述多个区室具有小于3nL的体积。2.如权利要求1所述的方法，其中，所述区室中每种寡核苷酸的浓度为至少100nM。3.如权利要求1或2所述的方法，其中，步骤a)进一步包括提供包含在所述多个区室内的多个颗粒，并且其中，至少一些所述区室还包含颗粒。4.如权利要求3所述的方法，其中，所述至少一种寡核苷酸与所述颗粒结合。5.如权利要求1～4中任一项所述的方法，其中，所述多个区室的体积等于或小于1nL。6.如权利要求1～5中任一项所述的方法，其还包括在至少一些所述区室中回收通过逆转录产生的单细胞cDNA。7.如权利要求1～6中任一项所述的方法，其中，所述一个或多个条形码序列从其他细胞释放的核酸中独特地识别出由单细胞释放的所述核酸。8.如权利要求1～7中任一项所述的方法，其中，所述至少一种寡核苷酸包含选自由poly-T序列、随机DNA序列和基因特异性序列组成的组的引物序列。9.如权利要求8所述的方法，其中，所述引物序列是基因特异性序列，并且所述基因选自由以下组成的组：抗体重链可变基因、抗体重链恒定基因、抗体轻链可变基因、抗体轻链恒定基因、αT细胞受体基因、βT细胞受体基因及δT细胞受体基因和γT细胞受体基因。10.如权利要求1～9中任一项所述的方法，其中，所述颗粒以不超过约1个颗粒/区室包含在所述区室中。11.如权利要求1～10中任一项所述的方法，其中，与包含在一个区室中的...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·P·V·杰勒德，K·A·格罗瑟兰，A·F·J·波瓦图，S·艾洛泽，Y·M·L·普斯，M·雷岑，A·延森，C·布雷南，
申请(专利权)人：海菲生物公司，
类型：发明
国别省市：法国,FR