RNA向导的对人类JC病毒和其他多瘤病毒的根除制造技术

本发明专利技术包括从宿主细胞中消除多瘤病毒诸如约翰坎宁安病毒(JCV)以及治疗多瘤病毒相关的疾病诸如进行性多灶性白质脑病(PML)的方法和组合物。该组合物包括分离的核酸序列，分离的核酸序列包括CRISPR相关的核酸内切酶和向导RNA，其中该向导RNA与多瘤病毒中的靶序列互补。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】RNA向导的对人类JC病毒和其他多瘤病毒的根除关于联邦资助研究的声明本专利技术在由国立卫生研究院授予的拨款号R01MH093271、R01NS087971和P30MH092177的美国政府支持下完成的。美国政府对本专利技术享有一定的权利。
本专利技术涉及特异性切割多瘤病毒中靶序列的组合物，例如，人嗜神经多瘤病毒，诸如约翰坎宁安病毒(JohnCunninghamvirus)。可包括成簇的规律间隔短回文重复(CRISPR)相关的核酸内切酶以及一种或多种特异性向导RNA序列的这种组合物可以向患有嗜神经多瘤病毒感染的受试者给药。
技术介绍
人类嗜神经多瘤病毒约翰坎宁安病毒(JCV)是致命性脱髓鞘疾病进行性多灶性白质脑病(PML)的病原体。在中枢神经系统(CNS)的神经胶质细胞中的JCV裂解性感染导致少突胶质细胞的死亡，少突胶质细胞负责在脑中产生髓鞘。这导致了广泛的轻度至重度神经紊乱并最终导致死亡(Berger，2011)。PML存在许多诱发因素，但都涉及免疫系统的一定程度的损伤。虽然该疾病最初被认为是一种罕见的疾患，主要见于有淋巴组织增生性疾患和骨髓增殖性疾患的患者(等人，1958)，但AI本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于从感染JCV的宿主细胞中消除约翰坎宁安病毒(JCV)的组合物，所述组合物包括：至少一种分离的核酸序列，其编码成簇的规律间隔短回文重复(CRISPR)相关的核酸内切酶，以及至少一种向导RNA(gRNA)，其具有与JCV DNA中的靶序列互补的间隔序列。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.01.25 US 62/286,5791.一种用于从感染JCV的宿主细胞中消除约翰坎宁安病毒(JCV)的组合物，所述组合物包括：至少一种分离的核酸序列，其编码成簇的规律间隔短回文重复(CRISPR)相关的核酸内切酶，以及至少一种向导RNA(gRNA)，其具有与JCVDNA中的靶序列互补的间隔序列。2.根据权利要求1所述的组合物，其中，具有与JCVDNA中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA还限定为具有与在所述JCVDNA的大T抗原(T-Ag)编码区中的靶序列互补的间隔序列的至少一种gRNA。3.根据权利要求2所述的组合物，其中，具有与在所述JCVDNA的所述T-Ag编码区中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA包括具有与在所述T-Ag编码区的TM1区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM2区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM3区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，或所述gRNA的任何组合。4.根据权利要求3所述的组合物，其中，所述CRISPR相关的核酸内切酶选自野生型Cas9、人优化的Cas9、切口酶突变体Cas9、SpCas9(K855a)、SpCas9(K810A/K1003A/r1060A)或SpCas9(K848A/K1003A/R1060A)。5.根据权利要求4所述的组合物，其中，具有与所述TM1区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNAm1，具有与所述TM2区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNAm2，以及具有与所述TM3区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNAm3。6.根据权利要求5所述的组合物，其中，所述gRNAM1的所述间隔序列与包括SEQIDNOS：1、2、3或4的靶序列互补；所述gRNAm2的所述间隔序列与包括SEQIDNOS：5、6、7或8的靶序列互补；并且所述gRNAm3的所述间隔序列与包括SEQIDNOS：9、10、11或12的靶序列互补。7.根据权利要求1所述的组合物，其中，所述CRISPR相关的核酸内切酶是Cpf1。8.一种从感染JCV的宿主细胞中消除约翰坎宁安病毒(JCV)的方法，包括以下步骤：用包括成簇的规律间隔短回文重复(CRISPR)相关的核酸内切酶，以及具有与JCVDNA中的靶序列互补的间隔序列的至少一种向导RNA(gRNA)的组合物处理所述宿主细胞；以及从所述宿主细胞中消除所述JCV。9.根据权利要求8所述的方法，其中，具有与JCVDNA中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA还限定为具有与在所述JCVDNA的大T抗原(T-Ag)编码区中的靶序列互补的间隔序列的至少一种gRNA，并且在处理步骤之后，所述方法额外包括删除位于T-Ag编码区中的至少一个节段的所述JCVDNA的步骤。10.根据权利要求9所述的方法，其中，具有与在所述JCVDNA的所述T-Ag编码区中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA包括具有与在所述T-Ag编码区的TM1区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM2区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM3区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，或所述gRNA的任何组合。11.根据权利要求10所述的方法，其中，所述CRISPR相关的核酸内切酶选自野生型Cas9；人类优化的Cas9；切口酶突变体Cas9；SpCas9(K855a)；SpCas9(K810A/K1003A/r1060A)；SpCas9(K848A/K1003A/R1060A)；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AL169A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AY450A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AM495A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AM694A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AH698A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E、L169A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E、Y450A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E、M495A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E、M694A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E、M698A；SpCas9R661A、Q695A、Q926A；SpCas9R661A、Q695A、Q926A、D1135E；SpCas9R661A、Q695A、Q926A、L169A；SpCas9R661A、Q695A、Q926AY450A；SpCas9R661A、Q695A、Q926AM495A；SpCas9R661A、Q695A、Q926AM694A；SpCas9R661A、Q695A、Q926AH698A；SpCas9R661A、Q695A、Q926AD1135EL169A；SpCas9R661A、Q695A、Q926AD1135EY450A；SpCas9R661A、Q695A、Q926AD1135EM495A；或SpCas9R661A、Q695A、Q926A、D1135E、M694A。12.根据权利要求11所述的方法，其中，具有与所述TM1区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNAm1，具有与所述TM2区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNAm2，以及具有与所述TM3区中的靶序列互补的间隔序列的所述gRNA是gRNAm3。13.根据权利要求12所述的方法，其中，gRNAm1的所述间隔序列与包括SEQIDNOS：1、2、3或4的靶序列互补；所述gRNAm2的所述间隔序列与包括SEQIDNOS：5、6、7或8的靶序列互补；并且所述gRNAm3的所述间隔序列与包括SEQIDNOS：9、10、11或12的靶序列互补。14.根据权利要求8所述的方法，其中，所述CRISPR相关的核酸内切酶是Cpf1。15.一种用于从感染JCV的宿主细胞中消除约翰坎宁安病毒(JCV)的载体组合物，包括：至少一种分离的核酸序列，其编码成簇的规律间隔短回文重复(CRISPR)相关的核酸内切酶，以及至少一种向导RNA(gRNA)，其具有与JCVDNA中的靶序列互补的间隔序列，所述分离的核酸序列包括在至少一种表达载体中；其中，所述至少一种表达载体诱导宿主细胞中所述CRISPR相关的核酸内切酶和所述至少一种gRNA的表达。16.根据权利要求15所述的载体组合物，其中，具有与JCVDNA中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA还限定为具有与在所述JCVDNA的大T抗原(T-Ag)编码区中的靶序列互补的间隔序列的至少一种gRNA。17.根据权利要求16所述的载体组合物，其中，具有与在所述JCVDNA的所述T-Ag编码区中的靶序列互补的间隔序列的所述至少一种gRNA包括具有与在所述T-Ag编码区的TM1区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM2区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，具有与在所述T-Ag编码区的TM3区中的靶序列互补的间隔序列的gRNA，或所述gRNA的任何组合。18.根据权利要求17所述的载体组合物，其中，所述CRISPR相关的核酸内切酶选自野生型Cas9；人类优化的Cas9；切口酶突变体Cas9；SpCas9(K855a)；SpCas9(K810A/K1003A/r1060A)；SpCas9(K848A/K1003A/R1060A)；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AL169A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AY450A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AM495A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AM694A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926AH698A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E、L169A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E、Y450A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E、M495A；SpCas9N497A、R661A、Q695A、Q926A、D1135E...

【专利技术属性】
技术研发人员：卡迈勒·哈利利，托马斯·马尔科姆，
申请(专利权)人：酶切生物技术公司，天普大学州立高等教育体系，
类型：发明
国别省市：美国,US