塞尼卡谷病毒（SVV）细胞受体靶向的肿瘤治疗制造技术

通过如下来选择用塞尼卡谷病毒(SVV)进行治疗的癌症患者的方法：确定癌症患者的癌组织中的ANTXR1的表达；并且如果在癌组织中检测到正常水平或升高水平的ANTXR1表达，则将该癌症患者指定为用SVV进行治疗的候选者。还公开了用SVV治疗癌症患者的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】塞尼卡谷病毒(SVV)细胞受体靶向的肿瘤治疗本申请要求于2015年12月2日提交的美国临时申请第62/262,242号的优先权，其通过引用并入本文。本专利技术是在国立卫生研究院(NationalInstituteofHealth)授予的T32CA009243和P30CA008748的政府支持下完成的。政府拥有本专利技术的某些权利。
本申请一般性地涉及使用溶瘤病毒治疗的癌症的治疗方法，所述溶瘤病毒治疗包括用靶向在某些肿瘤细胞上发现的特定细胞受体的病毒进行感染。
技术介绍
塞尼卡谷病毒(SenecaValleyVirus，SVV)(最近发现的溶瘤小RNA病毒)选择性地感染具有神经内分泌特征的癌症，例如小细胞肺癌(smallcelllungcancer，SCLC)和小儿神经内分泌实体瘤。这些癌症构成发病率和死亡率的主要原因——仅SCLC在美国每年导致约30,000人死亡。相对于临床评估中的其他溶瘤病毒，SVV由于其小尺寸、异常快速的倍增时间、对神经内分泌癌细胞的高选择性以及在患者中不存在预先存在的中和抗体而得到关注。先前在多个临床前小鼠模型中的研究证实了SVV通过脉管系统回归至肿瘤的能力，导致有效的抗癌功效。在神经内分泌癌(包括SCLC)患者中测试SVV作为病毒治疗的I期临床试验即使在产生SVV的中和抗体之后也显示出SCLC患者中高水平的持续病毒复制，并证实了SVV在静脉内施用之后选择性地感染癌细胞的能力。由于缺乏对该新病毒感染的细胞决定因素的理解(最显著的包括对SVV的细胞受体的鉴定)，该药剂的临床开发相对于其他溶瘤病毒的临床开发受到阻碍。限定SVV容许性(permissivity)的决定因素(包括病毒受体的鉴定)会通过关注最终可从SVV病毒治疗中受益的患者来有力促进临床开发。本申请利用两个互补的全基因组功能丧失筛选公开了作为SVV的受体的炭疽毒素受体1(anthraxtoxinreceptor1，ANTXR1)蛋白。ANTXR1直接且特异性地与SVV相互作用。这种相互作用是SVV与容许的细胞结合所必需的，并且ANTXR1表达是SVV感染所必需的。本申请限定了SVV容许性的临床上易处理的预测性生物标志物，并鉴定ANTXR1作为神经内分泌癌中SVV的高亲和力细胞受体。
技术实现思路
本申请的一个方面是选择用塞尼卡谷病毒(SVV)进行治疗的癌症患者的方法，其包括：确定从所述癌症患者获得的癌组织中的ANTXR1的表达水平；以及如果在癌组织中检测到正常水平或升高水平的ANTXR1表达，则将所述癌症患者指定为用SVV进行治疗的候选者。在一个特定的实施方案中，癌症患者是患有小细胞肺癌、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、髓母细胞瘤、横纹肌肉瘤或小儿神经内分泌实体瘤的患者。在另一个实施方案中，癌症患者是患有小细胞肺癌的患者。在另一个实施方案中，在转录水平下确定癌组织中的ANTXR1的表达水平。在另一个实施方案中，在翻译水平下确定癌组织中的ANTXR1的表达水平。在本申请的另一个实施方案中，所述方法还包括以下步骤：确定癌组织中的先天免疫应答途径中的一种或更多种生物标志物的表达水平，以及如果(1)在癌组织中检测到正常水平或升高水平的ANTXR1表达和(2)在癌组织中检测到先天免疫应答途径中的一种或更多种生物标志物的表达水平降低，则指定所述癌症患者用SVV进行治疗。在一个特定的实施方案中，先天免疫应答途径是α-干扰素或β-干扰素途径。本申请的另一个方面是用于治疗癌症的方法，所述方法包括：确定来自患者的癌组织中的ANTXR1的表达水平，以及如果在癌组织中检测到正常水平或升高水平的ANTXR1表达，则向患者施用有效量的SVV。在一个特定的实施方案中，所述方法还包括：确定癌组织中的先天免疫应答途径的一种或更多种生物标志物的表达水平；以及如果(1)在癌组织中检测到正常水平或升高水平的ANTXR1表达和(2)癌组织中的先天免疫应答途径中的一种或更多种生物标志物的水平降低，则向患者施用有效量的SVV。在一个特定的实施方案中，SVV与另一种治疗剂组合施用。在某些实施方案中，治疗剂选自检查点抑制剂、细胞因子、生长因子、光敏剂、放射性核素、毒素、siRNA分子、信号传导调节剂、抗癌抗生素、抗癌抗体、血管生成抑制剂、化学治疗化合物、抗转移化合物、及其任意组合。在一个特定的实施方案中，治疗剂是检查点抑制剂。在某些实施方案中，SVV通过直接注射到癌组织中来施用。本申请的另一方面是用于选择用SVV进行治疗的癌症患者的试剂盒，其包含：用于检测ANTXR1的表达水平的试剂；和用于检测α-干扰素或β-干扰素途径的一种或更多种生物标志物的表达水平的试剂。附图说明当结合附图和段落考虑以下详细说明时，本申请的上述和其他目的和优点将是明显的。以下是本文中的附图的简要说明，其说明了本申请的某些方面和实施方案，但不应被认为以任何方式限制。图1示出了作为SVV的必需宿主决定因素的ANTXR1的鉴定。a图)全基因组CRISPR敲除(GeCKO)筛选工作流程的描述。在sgRNA文库的慢病毒转导之后，通过嘌呤霉素选择转导的细胞。然后用SVV攻击细胞以选择抗性细胞。b图)筛选将ANTXR1(蓝色)和TEX2(红色)鉴定为最重要的命中。非靶向对照sgRNA以黑色突出显示。c图)用从HAP1GeCKO筛选中鉴定的单个sgRNA转导HAP1细胞。在不存在(浅灰色)或存在(黑色)SVV的情况下测定细胞生存力。每个条对应于6次重复的平均值，其中误差条表示标准偏差。虚线表示在不存在和存在SVV的情况下亲本HAP1细胞生存力。d图)在H446GeCKO筛选中鉴定的sgRNA的表。分离25个H446集落并通过Sanger测序对慢病毒插入物进行测序。鉴定了多个靶向基因ANTXR1的sgRNA。e图)用在25个H446GeCKO筛选集落中鉴定的单个sgRNA转导H446细胞。在不存在(浅灰色)或存在(黑色)SVV的情况下测试细胞生存力。在不存在和存在SVV的情况下的亲本H446细胞生存力用虚线表示。每个条对应于6次重复的平均值，其中误差条表示标准偏差。图2示出了ANTXR1的敲除导致SVV容许性的丧失。a图)来自GeCKO筛选的5个选定的H446ANTXR1KO集落中的ANTXR1插失(indel)的概要表。b图)用递增的MOI的SVV攻击H446ANTXR1KO细胞系中的3个，进行72小时。通过AlamarBlue测定细胞生存力。亲本H446细胞和非容许的NSCLC细胞系A549分别用作阳性和阴性对照。每个数据点表示6次重复的平均值，其中误差条表示标准偏差。c图)用靶向ANTXR1的sgRNA转导容许的SCLC和小儿细胞系。用SVV-GFP攻击亲本(浅灰色)和ANTXR1KO(黑色)细胞并通过流式细胞术分析。每个条形表示3次重复的平均值，其中误差条表示标准偏差。d图)用SVV-GFP攻击亲本H446细胞(顶部)、H446ANTXR1KOmCherry细胞(底部)或亲本：ANTXR1KOmCherry细胞的1∶1混合物(中间)。白色箭头表示相邻的SVV-GFP感染的亲本H446和未感染的ANTXR1KOmCherry细胞。比例尺表示100μm。e图)用WTSVV-001或PBS载剂攻击亲本H446肿瘤本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.选择用塞尼卡谷病毒(SVV)进行治疗的癌症患者的方法，其包括：确定从所述癌症患者获得的癌组织中的ANTXR1的表达水平；以及如果在所述癌组织中检测到正常水平或升高水平的ANTXR1表达，则将所述癌症患者指定为用SVV进行治疗的候选者。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.12.02 US 62/262,2421.选择用塞尼卡谷病毒(SVV)进行治疗的癌症患者的方法，其包括：确定从所述癌症患者获得的癌组织中的ANTXR1的表达水平；以及如果在所述癌组织中检测到正常水平或升高水平的ANTXR1表达，则将所述癌症患者指定为用SVV进行治疗的候选者。2.权利要求1所述的方法，其中所述癌症患者是患有小细胞肺癌、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤、髓母细胞瘤、横纹肌肉瘤或小儿神经内分泌实体瘤的患者。3.权利要求1所述的方法，其中所述癌症患者是患有小细胞肺癌的患者。4.权利要求1或2所述的方法，其中在转录水平上确定所述癌组织中的ANTXR1的表达水平。5.权利要求1或2所述的方法，其中在翻译水平上确定所述癌组织中的ANTXR1的表达水平。6.权利要求1、2、4或5所述的方法，其还包括如下步骤：确定所述癌组织中先天免疫应答途径中的一种或更多种生物标志物的表达水平，以及如果(1)在所述癌组织中检测到正常水平或升高水平的ANTXR1表达和(2)在所述癌组织中检测到所述先天免疫应答途径中的所述一种或更多种生物标志物的表达水平降低，则指定所述癌症患者用SVV进行治疗。7.权利要求6所述的方法，其中所述先天免疫应答途径是α...

【专利技术属性】
技术研发人员：林德·麦尔斯，约翰·波里尔，查尔斯·鲁丁，
申请(专利权)人：纪念斯隆凯特林癌症中心，
类型：发明
国别省市：美国,US