用于核酸分析的方法和组合物技术

本发明专利技术涉及用于分析序列信息同时保留所述序列信息的结构背景和分子背景的方法、组合物和系统。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于核酸分析的方法和组合物相关申请的交叉引用本申请要求2015年12月4日提交的美国临时申请No.62/263,532的权益，该申请出于所有目的通过引用整体并入本文。专利技术背景多核苷酸测序越来越多地用于诸如肿瘤的遗传筛选和基因分型的医学应用中。许多多核苷酸测序方法依赖于原始样品的样品加工技术，包括多核苷酸的随机片段化。这些加工技术可以提供通量和效率方面的优势，但自这些加工过的样品获得的所得序列信息可能缺乏关于特定序列在含有那些序列的原始核酸分子的更宽线性(二维)序列内的位置的重要背景信息。原始样品的三维空间内的结构背景也因许多样品加工和测序技术而丢失。因此需要保留所鉴定的核酸序列的结构背景和分子背景的测序技术。专利技术概述因此，本专利技术提供用于提供保留原始核酸分子的分子背景和结构背景的序列信息的方法、系统和组合物。在一些方面，本公开内容提供分析核酸同时维持结构背景的方法。所述方法包括以下步骤：(a)提供含有核酸的样品，其中所述核酸包含三维结构；(b)将所述样品的部分分离到离散分区，使得所述核酸三维结构的部分也被分离到离散分区；(c)自所述核酸获得序列信息，由此分析核酸，同时维持结构本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种分析核酸同时维持结构背景的方法，所述方法包括：(a)提供包含核酸的样品，其中所述核酸包含三维结构；(b)将所述样品的部分分离到离散分区，使得所述核酸三维结构的部分也被分离到所述离散分区；(c)从所述核酸获得序列信息，由此分析核酸同时维持结构背景。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.12.04 US 62/2635321.一种分析核酸同时维持结构背景的方法，所述方法包括：(a)提供包含核酸的样品，其中所述核酸包含三维结构；(b)将所述样品的部分分离到离散分区，使得所述核酸三维结构的部分也被分离到所述离散分区；(c)从所述核酸获得序列信息，由此分析核酸同时维持结构背景。2.如权利要求1所述的方法，其中来自获得步骤(c)的序列信息包括鉴定在所述样品中彼此空间接近的核酸。3.如权利要求1-2所述的方法，其中所述获得步骤(c)提供关于基因组基因座之间的染色体内和/或染色体间相互作用的信息。4.如权利要求1-2所述的方法，其中所述获得步骤(c)提供关于染色体构象的信息。5.如权利要求1-4所述的方法，其中在分离步骤(b)之前，加工所述三维结构中的至少一些以连接在所述三维结构内彼此接近的所述核酸的不同部分。6.如权利要求1-5所述的方法，其中所述样品为福尔马林固定的石蜡样品。7.如权利要求1-6所述的方法，其中所述核酸在所述分离步骤(b)之前未从所述样品中分离。8.如权利要求1-7所述的方法，其中所述离散分区包含珠粒。9.如权利要求8所述的方法，其中所述珠粒为凝胶珠粒。10.如权利要求1-9所述的方法，其中在所述获得步骤(c)之前，对所述离散分区内的所述核酸进行条形编码以形成多个条形码化片段，其中给定离散分区内的片段各自包含共同的条形码，使得所述条形码鉴定来自给定分区的核酸。11.如权利要求1-10所述的方法，其中所述获得步骤(c)包括选自由以下组成的组的测序反应：短读段长度测序反应和长读段长度测序反应。12.如权利要求1-11所述的方法，其中所述样品包括肿瘤样品。13.如权利要求1-11所述的方法，其中所述样品包括肿瘤和正常细胞的混合物。14.如权利要求1-13所述的方法，其中所述样品包括核基质。15.如权利要求1-14所述的方法，其中所述核酸包括RNA。16.一种分析来自样品的核酸同时维持所述样品内的核酸的结构背景的方法，所述方法包括：(a)在所述样品内形成连接的核酸，从而连接空间上相邻的核酸区段；(b)加工所述连接的核酸以产生多个连接产物，其中所述连接产物含有所述空间上相邻的核酸区段的部分；(c)将所述多个连接产物沉积到离散分区中；(d)对所述离散分区内的连接产物进行条形编码以形成多个条形码化片段，其中给定离散分区内的片段各自包含共同的条形码，从而将每个片段与得到其的所述连接的核酸相关联；(e)自所述多个条形码化片段获得序列信息，从而分析来自所述样品的核酸，同时维持结构背景。17.如权利要求16所述的方法，其中所述加工步骤(b)包括在有利于分子内连接的条件下的平端连接，使得所述空间上相邻的核酸区段在同一分子内连接。18.如权利要求17所述的方法，其中所述有利于分子内连接的条件包括稀释所述样品以将所述核酸浓度降低到10ng/μL以下。19.如权利要求16-18所述的方法，其中所述样品为福尔马林固定的石蜡样品。20.如权利要求16-18所述的方法，其中所述样品包括核基质。21.如权利要求16-20所述的方法，其中所述核酸包括RNA。22.如权利要求16-21所述的方法，其中所述核酸在所述步骤(a)之前未从所述样品中分离。23.如权利要求16-21所述的方法，其中在步骤(a)之前，使所述核酸免疫沉淀，使得相关的DNA结合蛋白保持与所述核酸结合。24.如权利要求16-23所述的方法，其中所述样品中核酸的量小于50ng/ml。25.如权利要求16-24所述的方法，其中所述分区包含珠粒。26.如权利要求25所述的方法，其中所述珠粒为凝胶珠粒。27.如权利要求16-26所述的方法，其中所述样品包括肿瘤样品。28.如权利要求16-27所述的方法，其中所述样品包括肿瘤和正常细胞的混合物。29.如权利要求16-28所述的方法，其中所述加工步骤包括在形成所述连接产物之后反转所述连接。30.如权利要求16-29所述的方法，其中所述获得步骤(e)提供关于基因组基因座之间的染色体内和/或染色体间相互作用的信息。31.如权利要求16-29所述的方法，其中所述获得步骤(e)提供关于染色体构象的信息。32.如权利要求31所述的方法，其中所述染色体构象与疾病状态相关联。33.如权利要求16-32所述的方法，其中所述加工步骤产生包含原始在所述样品中紧密空间接近的核酸的连接产物。34.如权利要求16-33所述的方法，其中所述获得步骤(e)包括选自由以下组成的组的测序反应：短读段长度测序反应和长读段长度测序反应。35.如权利要求34所述的方法，其中所述测序反应是短读段高精确度测序反应。36.如权利要求16-35所述的方法，其中所述形成步骤(a)包括使所述样品中的核酸交联。37.如权利要求16-36所述的方法，其中所述形成步骤(a)产生在空间上相邻的核酸区段之间的共价键。38.一种分析来自样品的核酸同时维持所述样品内的核酸的结构背景的方法，所述方法包括：(a)在所述样品内形成连接的核酸，使得连接空间上相邻的核酸区段；(b)将所述连接的核酸沉积到离散分区中；(c)加工所述连接的核酸以产生多个连接产物，其中所述连接产物含有所述空间上相邻的核酸区段的部分；(d)对所述离散分区内的连接产物进行条形编码以形成多个条形码化片段，其中给定离散分区内的片段各自包含共同的条形码，从而将每个片段与得到其的所述连接的核酸相关联；(e)自所述多个条形码化片段获得序列信息，从而分析来自所述样品的核酸，同时维持结构背景。39.如权利要求38所述的方法，其中所述加工步骤(c)包括在有利于分子内连接的条件下的平端连接，使得所述空间上...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑新颖，S萨克索诺夫，M施纳尔莱文，K内斯，R巴拉瓦伊，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US