【技术实现步骤摘要】
一种基于基因通路识别小分子核糖核酸的方法
本专利技术涉及计算机
，尤其涉及一种基于基因通路识别小分子核糖核酸的方法。
技术介绍
miRNA(小分子核糖核酸)是一类小(～22nt)非编码调控RNA，通常在转录后期抑制其靶基因的表达。积累证据表明，miRNA是细胞内最重要的分子成分之一，在许多生物过程中起着关键作用，如发育，增殖，分化，细胞凋亡，信号转导，病毒感染等，其可调节多达200个基因，相互之间的关系在各种生物过程中起关键作用。在现有技术中，考虑到miRNA是基因表达的调节因子，李等基于miRNA和基因的调控关系提出了一种预测miRNA的方法，先找到异常表达的基因然后通过miRNA和基因的调控关系找出相关的miRNA。最近，赵等提出了一种基于基因表达谱数据和通路来预测相关miRNA的新方法，先确定每个miRNA的可能跟癌症相关的靶基因簇，如果这些基因簇富集在功能失调的通路中，则认为调控这些基因的miRNA就是需要识别的。然而，专利技术人发现，上述方法所找到的miRNA准确度不高，且寻找过程较复杂。
技术实现思路
本专利技术实施例的目的在于提供一种基于基因通路识...
【技术保护点】
1.一种基于基因通路识别小分子核糖核酸的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：步骤S1、确定基因表达谱数据和通路数据，并根据所述确定的基因表达谱数据和通路数据，通过最小生成树的方法找到功能异常的子通路；步骤S2、在所述确定的基因表达谱数据中，筛选出所述功能异常的子通路所对应的差异表达基因，并将所筛选出的差异表达基因作为候选基因；步骤S3、通过预设的小分子核糖核酸和基因关系，确定所述候选基因所对应的小分子核糖核酸，并运用预设的小分子核糖核酸功能相似网络构建相似度公式来二次筛选所述候选基因的小分子核糖核酸。
【技术特征摘要】
1.一种基于基因通路识别小分子核糖核酸的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：步骤S1、确定基因表达谱数据和通路数据，并根据所述确定的基因表达谱数据和通路数据，通过最小生成树的方法找到功能异常的子通路；步骤S2、在所述确定的基因表达谱数据中，筛选出所述功能异常的子通路所对应的差异表达基因，并将所筛选出的差异表达基因作为候选基因；步骤S3、通过预设的小分子核糖核酸和基因关系，确定所述候选基因所对应的小分子核糖核酸，并运用预设的小分子核糖核酸功能相似网络构建相似度公式来二次筛选所述候选基因的小分子核糖核酸。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤S1具体包括：确定基因表达数据库，并从所述基因表达数据库中，提取基因表达数据后用多阵列平均方法对数据做归一化处理，且进一步确定所述归一化处理后的基因表达数据的通路数据；根据所述通路数据来构建无向图，且将每一无向图中的节点均设置为酶，若两个酶在同一反应中对应同一个化合物，则这两个节点之间连接一条边，并根据酶与酶之间距离的相似性采用k-clique聚类算法，将有相同功能的酶聚类在一起，计算所得的每个k-clique则为代谢通路的子通路；其中，所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘文斌，崔振东，昝乡镇，沈良忠，
申请(专利权)人：温州大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33
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