一种抗稻瘟水稻鉴定方法和基因的标记方法及其应用技术

本发明专利技术属于农作物分子遗传育种学领域，具体涉及一种抗稻瘟水稻鉴定方法和基因的标记方法及其应用，包括如下步骤：检测待测水稻第6号染色体中Pid2基因序列FJ915121.1序列及其同源序列5’末端起第5352和5353碱基处SNP位点，通过PCR扩增及限制性内切酶酶切对水稻第6号染色体中Pid2基因序列FJ915121.1序列及其同源序列5’末端起第5352和5353碱基处SNP类型进行鉴定。本发明专利技术可以准确判断所选择水稻植株是否含有抗稻瘟病基因Pid2，利用这种方法可以有效地对抗稻瘟病基因pid2基因型选择，既可以用于水稻资源的鉴定筛选，又可以用于水稻抗稻瘟病基因Pid2的分子育种。

Identification method and gene marking method for rice blast resistance and its application

The invention belongs to the field of crop molecular genetics and breeding, in particular to a method for identifying rice blast rice and a method for labeling the gene and its application, including the following steps: detecting the sequence of Pid2 gene sequence FJ915121.1 in the sixth chromosome of the rice to be measured and the SNP loci at the end of the homologous sequence 5 'at the end of the 5352nd and 5353rd base. PCR amplification and restriction endonuclease digestion were used to identify the FJ915121.1 sequence of Pid2 gene sequence in rice chromosome sixth and the SNP type at the end of 5352nd and 5353rd base from the end of the homologous sequence. The invention can accurately determine whether the selected rice plants contain rice blast resistance gene Pid2, which can effectively resist the selection of pid2 genotype of rice blast gene, which can be used for rice germplasm identification and screening, and can also be used in rice blast resistant gene Pid2 breeding.

【技术实现步骤摘要】
一种抗稻瘟水稻鉴定方法和基因的标记方法及其应用
本专利技术属于农作物分子遗传育种学领域，涉及一种抗稻瘟水稻鉴定方法和基因的标记方法及其应用。
技术介绍
水稻是世界上重要的粮食作物，稻瘟病是世界各稻区最为严重的病害之一，严重影响了水稻的产量。由于稻瘟病菌的高度变异性和不稳定性，致使新育成的具有单一抗性基因的抗性品种在推广种植几年后就成为感病品种，这已成为水稻生产可持续发展的重要障碍，挖掘水稻抗性基因资源是抗稻瘟病育种的基础。通过广泛的遗传分析，目前已经鉴定和定位了84个稻瘟病抗性基因，至少24个主效基因已相继被分离克隆。随着水稻DNA测序技术的广泛应用，不同抗性（表型）品种来源的同源序列比较将成为确定新功能基因的方法（YudaiOkuyamaetal.，2011），水稻基因组重测序工作的开展将极大地推动包括稻瘟病抗性基因在内的基因分离克隆进程（Xuetal.,2011）。Pid2位于水稻第6染色体的近着丝粒区域，克隆于我国籼稻品种“地谷”的为主效抗稻瘟病基因，对我国稻瘟病生理小种ZB15表现较高的叶瘟抗性，是我国南方稻瘟病育种的重要抗源。从已克隆的稻瘟病抗性基因结构来看，Pi-d2不同本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种抗稻瘟水稻鉴定方法，其特征在于，通过以下步骤来实现：（1）对稻种资源Pid2编码区的等位基因进行PCR扩增及PCR产物测序；（2）在水稻第6号染色体中Pid2基因序列FJ915121.1序列及其同源序列5’末端起第 5352和5353碱基处获得两个Pid2特异性SNP位点；（3）所述两个Pid2特异性SNP位点碱基有三种情况：1）碱基类型为“AT ”，2）碱基类型为“GC”，3）碱基类型为“GT”；（4）若待测水稻材料5352和5353位点碱基是“AT ”，则该材料为含有抗稻瘟病基因Pid2的水稻或候选为含有抗稻瘟病基因Pid2的水稻；若待测水稻5352和5353位点处碱基碱基类型为“GC...

【技术特征摘要】
1.一种抗稻瘟水稻鉴定方法，其特征在于，通过以下步骤来实现：（1）对稻种资源Pid2编码区的等位基因进行PCR扩增及PCR产物测序；（2）在水稻第6号染色体中Pid2基因序列FJ915121.1序列及其同源序列5’末端起第5352和5353碱基处获得两个Pid2特异性SNP位点；（3）所述两个Pid2特异性SNP位点碱基有三种情况：1）碱基类型为“AT”，2）碱基类型为“GC”，3）碱基类型为“GT”；（4）若待测水稻材料5352和5353位点碱基是“AT”，则该材料为含有抗稻瘟病基因Pid2的水稻或候选为含有抗稻瘟病基因Pid2的水稻；若待测水稻5352和5353位点处碱基碱基类型为“GC”或“GT”，则该水稻材料为不含有抗稻瘟病基因Pid2的水稻或候选为不含有抗稻瘟病基因Pid2的水稻。2.根据权利要求1所述的一种抗稻瘟水稻鉴定方法，其特征在于，所述抗稻瘟水稻基因的标记方法，即检测水稻Pid2基因序列FJ915121.1序列及其同源序列5’末端起第5352和5353碱基的方法如下：（1）以待测水稻的基因组DNA为模板，以稻瘟病抗性基因Pid2基因的分子标记引物为引物，进行PCR扩增，得到700bp大小的PCR扩增产物；（2）用限制性内切酶Fau1和Mlu1分别对所述PCR扩增产物进行酶切，其结果有以下几种情况：1）所述PCR扩增产物被两种限制性内切酶酶切后电泳均只显示1条DNA条带，则待测水稻基因序列FJ915121.1序列及其同源序列5’末端起第5352和5353碱基是纯合的“AT”；2）所述PCR扩增产物能被限制性内切酶Fau1酶切后电泳显示两条DNA条带，而被限制性内切酶Mlu1酶切后电泳显示1条DNA条带，则待测水稻基因序列FJ915121.1序列及其同源序列5’末端起第5352和5353碱基是纯合的“GC”；3）所述PCR扩增产物能被限制性内切酶Mlu1酶切后...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙一丁，许明辉，马继琼，杨奕，李进斌，
申请(专利权)人：云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所，
类型：发明
国别省市：云南,53