本发明专利技术公开了一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法。本发明专利技术所提供的利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法，是用由序列表中ＳＥＱ ＩＤ №：１和ＳＥＱ ＩＤ №：２以及ＳＥＱ ＩＤ №：３和ＳＥＱ ＩＤ №：４组成的两对引物中的至少一对引物对鸡的总ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，得到序列表中ＳＥＱ ＩＤ №：５或／和ＳＥＱ ＩＤ №：６的ＤＮＡ序列；然后对所述ＰＣＲ扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序列表中ＳＥＱ ＩＤ №：５的５′端第３１位碱基是Ａ还是Ｇ，自序列表中ＳＥＱ ＩＤ №：５的５′端第１２８位碱基是Ｇ还是缺失Ｇ；或／和自序列表中ＳＥＱ ＩＤ №：６的５′端第３２位碱基是Ｃ还是Ｇ，自序列表中ＳＥＱ ＩＤ №：６的５′端第２８１位碱基是Ｃ还是Ｔ。本发明专利技术对开展鸡脂肪性状的分子遗传标记辅助选择，提高鸡肉质性状选种的准确性，提高遗传进展，具有重要意义。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及一种检测鸡数量性状的方法，特别涉及。
技术介绍
近几年来，随着肉鸡生长速度的提高，鸡的脂肪性状越来越受到关注。在肉用仔鸡生产中，过多的脂肪沉积不仅降低肉仔鸡的饲料利用率，同时影响肉的风味，降低肉仔鸡的商品价格。另外，容易引起肉仔鸡脂肪肝综合症，给后续产品加工增加困难，并对环境造成巨大污染。而且产蛋鸡在其产蛋后期沉积过多的脂肪将影响产蛋。因此，遗传育种者在选择生长速度的同时，非常重视脂肪性状，在育种工作中，希望选择腹脂低、皮下脂厚小的鸡个体。但是，腹脂和皮下脂厚是屠体性状，无法直接度量，只能进行传统的同胞或后裔选择，由于遗传力低，在时间和资金上耗费大，难应用于育种实践。血液生化指标也被证明不能作为鸡脂肪性状的理想指标。动物采食后，食物中的脂肪、胆固醇等脂质物质经过小肠时在胰脂酶的作用下形成乳糜微粒而进入循环系统，乳糜微粒经过肠粘膜被运输至血液，存在于脂肪组织、骨骼肌和心脏等毛细血管内皮细胞表面的脂蛋白脂肪酶可作用于乳糜微粒，释放出游离脂肪酸，乳糜微粒则衍生为乳糜微粒残粒，后者被肝脏吸收并在那儿参加新的代谢过程，衍生为脂肪酸、甘油、胆固醇和蛋白。因此，食物中的脂质物质主要的命运是变成甘油三酯转运至脂肪细胞或变成胆固醇转运至肝脏。在后续的合成过程中，来自肝脏中的脂肪酸合成的极低密度脂蛋白(VLDL)是血浆脂蛋白的主要来源。和乳糜微粒一样，VLDL分子接受来自高密度脂蛋白(HDL)的apoB和apoCII(载脂蛋白B和CII)成为活性分子，在脂蛋白脂肪酶的作用下生成中间密度脂蛋白(IDL)和脂肪酸，后者则进入脂肪细胞和肌细胞，合成脂肪或为其提供能量，大约50％的IDL被肝脏摄取，其余的IDL则在脂蛋白脂肪酶的作用下转化为低密度脂蛋白(LDL)，LDL的主要功能在于将内源或外源的胆固醇运送到其他组织。在鸡的脂肪代谢过程中，脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase，LPL)是关键酶，催化血浆脂蛋白中的总甘油三酯水解成脂肪酸和甘油的最重要的酶之一。脂蛋白脂肪酶是一种糖蛋白，分子量为60kD。活性LPL以同源二聚体形式存在。LPL主要水解血浆乳糜微粒和VLDL的甘油三酯，使甘油三酯1位和3位酯键断裂。反应中释放出的游离脂肪酸可进一步发生氧化反应来供应能量(例如在肌肉组织)，或可作为能源物质被再酯化贮存在脂肪细胞。比较人类脂肪组织、牛乳腺、鼠巨噬细胞、猪脂肪组织和禽类的LPL一级结构，发现人类LPL氨基酸序列与哺乳类动物有87％-94％同源性，与禽类比较也有70％同源性，表明了LPL在进化过程中的高度保守性。鸡LPL基因全长17kb，含10个外显子和9个内含子，成熟的酶蛋白编码465个氨基酸(Cooper DA，Lu SC，Viswanath R，Freiman RN，Bensadoun A.the structureand complete nucleotide sequence of the avian lipoprotein lipase gene.Biochim Biophys Acta，1992，1129(2)166-171)，与哺乳类LPL的同源性则为73-77％。外显子10是LPL基因中最大的外显子，长2206nt，含有整个3’端非翻译区，它编码5个多腺嘌呤信号(AATAAA)。其表达有组织特异性，受组织特异性顺式调节子的调节。在鸡LPL基因的5’端上游区，已阐明4个转录起始位点，2个启动子和几个增强子。参考Cooper DA等在GenBank中发表的鸡LPL基因的基因组序列(GenBank Accession NumberX60547)，将开放阅读框的第一个碱基C定为+1，将-1108nt至-803nt区段定义为d位点，-805nt至-500nt区段定义为e位点。较常见的转录起始位点在-204nt处，在这个位点下游16nt有一个类似于TATA box的基序TATAGGT，鸡LPL是属于不需功能性TATA box来起始转录的基因，因为在其-1～-300的启动子区含有76％的G和C，在-1947～-1这个区域内发现了14个CCCC序列，该序列为ETF(表皮生长因子受体)结合的核心序列，而没有TATA box的启动子必须有ETF参与。鸡LPL有多个负调控元件和顺式调控元件调控转录。负调控元件位于-1947～-139区域内，除去这些负调控元件，发现顺式调控元件位于主要转录起始位点至其上游138bp处。在这个区域内有两个正向重复的八聚核苷基序ATTTGCAT(-53～-26)，一个CCAAT box和一个GC岛(-95～-68)，除去八聚核苷基序和GC岛很显著地降低鸡LPL的表达。在人类LPL研究中，研究者利用RFLPS技术及SSCP技术等检测出LPL基因位点存在多态性，已发表的突变存在外显子1-9，内含子2、3、6、8，以及启动子区域，研究表明人类LPL基因的多态性与血脂、动脉硬化及肥胖等疾病有关。(Jemaa R，TuzetS，Portos C，Betoulle D，Apfelbaum M，Fumeron F.LPL gene polymorphismsassociations with hypertriglyceridemia and body mass index in obese people.Int J Obes Relat Metab Disord.1995，19(4)270-274；Razzaghi H，Aston CE，Hamman RF，Kamboh MI.genetic screening of the lipoprotein lipase gene formutations associated with high triglyceride/low HDL-cholesterol levels.Hum.genet.2000，107(3)257-267)。吴珍芳等发现猪的LPL基因的5′非翻译区存在SSCP多态性(吴珍芳，熊远著，邓昌彦，蒋思文，I.HARBTZ.猪LPL基因多态性及其部分DNA片段的测序.华中农业大学学报，1999，18(5)461-465。)。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。这种变异可能是转换(C→T，在其互补链上则为G→A)，也可能是颠换(C→A，G→T，C→G，A→T)。转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3，其它几种变异的发生几率相似。SNP检测方法常采用一些已有的成熟技术，如DNA测序、限制性酶切片段长度多态性(RFLP)、单链构象多态性(SSCP)、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交(ASO)等。但不管哪一种方法，首先必须进行靶序列的扩增，然后才能进行其它检测。日本Orita等研究发现，单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种利用单核苷酸多态性检测鸡脂肪性状的方法，是用由序列表中ＳＥＱＩＤ№：１和ＳＥＱＩＤ№：２以及ＳＥＱＩＤ№：３和ＳＥＱＩＤ№：４组成的两对引物中的至少一对引物对鸡的总ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，得到序列表中ＳＥＱ ＩＤ№：５或／和ＳＥＱＩＤ№：６的ＤＮＡ序列；然后对所述ＰＣＲ扩增产物进行单核苷酸多态性检测，确定自序列表中ＳＥＱＩＤ№：５的５′端第３１位碱基是Ａ还是Ｇ，自序列表中ＳＥＱＩＤ№：５的５′端第１２８位碱基是Ｇ 还是缺失Ｇ；或／和自序列表中ＳＥＱＩＤ№：６的５′端第３２位碱基是Ｃ还是Ｇ，自序列表中ＳＥＱＩＤ№：６的５′端第２８１位碱基是Ｃ还是Ｔ。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：张沅，刘锐，孙东晓，王雅春，俞英，
申请(专利权)人：张沅，
类型：发明
国别省市：11[中国|北京]
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