The invention discloses a method and system for processing and analysis chromatography mass spectrometry for metabolomics gas, comprises the following steps: S1, defined as the parameter extraction of template parameters for each sample can be extracted by using AMDIS method, the chromatographic peak with these parameters to the integration of the entire data set, and at the end of this process the summary report, generate S2: file; peak extraction, based on the peak height or area to determine the concentration of metabolites, save the metabolites to report file; S3: validate the peak value and the concentration of metabolites, the peak will save re integration into the report file; S4: the implementation of pollutant marking and correction; S5: statistical analysis of data. The invention does not need to perform peak identification, metabolite identification and comparison for each sample as usual method, which can minimize the time to analyze and process large data. After testing, the terminal computers can process hundreds of samples within one hour.
【技术实现步骤摘要】
用于代谢组学的气相色谱-质谱分析处理方法和系统
本专利技术属于代谢组学的数据处理领域,特别是涉及一种用于代谢组学的气相色谱-质谱分析处理方法和系统。
技术介绍
GC-MS(GasChromatography-MassSpectrometer)是指气相色谱-质谱联用仪,是一种测量离子荷质比的仪器。由于气相色谱的流动相为惰性气体,气-固色谱法中以表面积大且具有一定活性的吸附剂作为固定相,当多组分的混合样品进入色谱柱后,由于吸附剂对每个组分的吸附力不同,经过一定时间后,各组分在色谱柱中的运行速度也就不同,吸附力弱的组分容易被解吸下来,最先离开色谱柱进入检测器,而吸附能力强的组分最不容易被解吸下来,因此最后离开色谱柱,如此各组分得以在色谱柱中彼此分离,顺序进入检测器中被检测、记录下来。在代谢组学中虽然气相色谱-质谱能在短时间内对几百或几千个样本进行分析,但同时也面临一些挑战,包括仪器的性能变化、质谱柱老化而引起的信号强度损失、例子源中污染物的积聚以及采样处理的差异等因素。虽然,气相色谱-质谱是应用于代谢组学研究的一种成熟的分析平台,能够分离复杂的生物化学混合物,并且能够从高复现性的电子轰击离子化质谱中快速的鉴定化合物,然而,当然气相色谱-质谱用于大样本研究时,在数月内分析成千上万个样品,将增加分析难度,很多用于气相色谱-质谱数据提取装置都是设计为了进行靶向分析,或者是少于一百个样本的分析,不能用于大数据处理。自动化质谱图解卷积和鉴定系统(简称AMDIS)利用算法提高了气相色谱-质谱鉴定化合物的可靠性,然而AMDIS不是为大数据而设计的,有时可能不准确地将同一色谱峰 ...
【技术保护点】
一种用于代谢组学的气相色谱‑质谱分析处理方法,其特征在于,包括以下步骤:S1:将参考离子的参数定义为提取参数模板,用AMDIS以可重复的方式提取每个样品的参数,用这些参数来整合整个数据集的色谱峰,并且在此过程结束时,生成汇总报告文件;S2:访问S1创建的汇总文件报告,进行峰值提取,根据峰高或峰面积确定代谢物的浓度,将代谢物的浓度保存到汇总报告文件中;S3:访问S2创建的汇总报告文件,验证峰值和代谢物浓度的正确性,将重新整合的峰值保存到汇总报告文件中;S4:执行污染物标记和校正;S5:对S5中的数据文件进行统计分析,并将最终统计结果保存在选定的工作目录下。
【技术特征摘要】
1.一种用于代谢组学的气相色谱-质谱分析处理方法,其特征在于,包括以下步骤:S1:将参考离子的参数定义为提取参数模板,用AMDIS以可重复的方式提取每个样品的参数,用这些参数来整合整个数据集的色谱峰,并且在此过程结束时,生成汇总报告文件;S2:访问S1创建的汇总文件报告,进行峰值提取,根据峰高或峰面积确定代谢物的浓度,将代谢物的浓度保存到汇总报告文件中;S3:访问S2创建的汇总报告文件,验证峰值和代谢物浓度的正确性,将重新整合的峰值保存到汇总报告文件中;S4:执行污染物标记和校正;S5:对S5中的数据文件进行统计分析,并将最终统计结果保存在选定的工作目录下。2.根据权利要求1所述的一种用于代谢组学的气相色谱-质谱分析的数据处理方法,其特征在于:在步骤S1中,若在质谱库中未预先定义参考离子,则可以选择从质谱库大量离子中自动生成一个参考离子。3.根据权利要求1所述的一种用于代谢组学的气相色谱-质谱分析的数据处理方法,其特征在于:在进行峰值提取前,将AMDIS提取的全部样品参数生成图案文件。4.根据权利要求1所述的一种用于代谢组学的气相色谱-质谱分析的数据处理方法,其特征在于:所述步骤S1中的参数包括参考离子、保留时间和化合物鉴定。5.根据权利要求1所述的一种用于代谢组学的气相色谱-质谱...
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