The invention discloses a method of macro analysis of transcriptome data based on high-throughput sequencing technology, which comprises the following steps: (1) to obtain high quality data set; (2) mRNA transcript sequences; (3) to obtain non redundant protein sequences; (4) functional groups of each grade spectrum and abundance for analysis; (5) the species annotation of gene sequences, and to obtain a fine level following the species composition and spectrum analysis; (6) the function of abundance and species composition based on spectrum spectrum, further to the macro transcriptome sample for analysis of Alpha and Beta diversity, and then rely on multiple variables statistical methods were screened key biomarkers of metagenomic; (7) through a variety of data visualization and interactive tools, rendering 2D / 3D graphics, full range, objectively presents the analysis results above; (8) according to the sample Source, select a specific functional database for annotation and analysis.
【技术实现步骤摘要】
一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法
本专利技术涉及生物检测
,特别涉及一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法。
技术介绍
宏转录组学(Metatranscriptomics)的研究对象是微生物组mRNA,在获取微生物组总RNA并去除rRNA之后,反转录为cDNA,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端(Paired-end,PE)高通量测序,从而能精确定量整个菌群中具有活性的物种精细组成及其对应功能的表达水平,进而锁定菌群中的关键生物标记物、阐明其生物学意义。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题在于提供一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法。本专利技术所要解决的技术问题可以通过以下技术方案来实现:一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法,具体包括如下步骤:(1)对高通量测序下机的双端序列原始数据进行质量筛查,获取可用于下游宏转录组学分析的高质量数据集;(2)对高质量序列进行核糖体RNA序列预测和剔除,得到mRNA的转录本序列集;(3)对每个样本分别进行宏转录组序列拼接组装,构建宏转录组Contigs和Scaffolds序列集,并进行基因预测,获得非冗余蛋白序列集;(4)对蛋白序列用多种常用数据库进行功能注释,获得各等级的功能类群丰度谱,并进行差异比较分析、代谢通路富集分析、聚类分析;(5)对基因序列进行物种注释,获得种以及种以下精细水平的物种组成谱,并进行差异比较分析、聚类分析、物种组成丰富度和均匀度分析和关联网络分析;(6)基于上述获得的功能丰度谱和物种组成谱,可以进一步对宏转录组样本进行Alpha和Beta ...
【技术保护点】
一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法,其特征在于,包括如下步骤:(1)对高通量测序下机的双端序列原始数据进行质量筛查,获取可用于下游宏转录组学分析的高质量数据集;(2)对高质量序列进行核糖体RNA序列预测和剔除,得到mRNA的转录本序列集;(3)对每个样本分别进行宏转录组序列拼接组装,构建宏转录组Contigs和Scaffolds序列集,并进行基因预测,获得非冗余蛋白序列集;(4)对蛋白序列用多种常用数据库进行功能注释,获得各等级的功能类群丰度谱,并进行差异比较分析、代谢通路富集分析、聚类分析;(5)对基因序列进行物种注释,获得种以及种以下精细水平的物种组成谱,并进行差异比较分析、聚类分析、物种组成丰富度和均匀度分析和关联网络分析;(6)基于上述获得的功能丰度谱和物种组成谱,可以进一步对宏转录组样本进行Alpha和Beta多样性分析,进而依靠多种多变量统计学方法筛选得到宏基因组中的关键生物标记物;(7)通过多种数据可视化和交互式工具,绘制二维/三维图表,全方位、客观地呈现以上分析结果;(8)根据样本来源,选择特定的功能数据库进行注释分析。
【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法,其特征在于,包括如下步骤:(1)对高通量测序下机的双端序列原始数据进行质量筛查,获取可用于下游宏转录组学分析的高质量数据集;(2)对高质量序列进行核糖体RNA序列预测和剔除,得到mRNA的转录本序列集;(3)对每个样本分别进行宏转录组序列拼接组装,构建宏转录组Contigs和Scaffolds序列集,并进行基因预测,获得非冗余蛋白序列集;(4)对蛋白序列用多种常用数据库进行功能注释,获得各等级的功能类群丰度谱,并进行差异比较分析...
【专利技术属性】
技术研发人员:薛正晟,杨洋,姜丽荣,孙子奎,
申请(专利权)人:上海派森诺生物科技股份有限公司,
类型:发明
国别省市:上海,31
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