一种适用于高通量测序中破碎DNA的装置制造方法及图纸

本实用新型专利技术提供了一种适用于高通量测序的破碎DNA的装置，该装置包括方形的DNA样品固定板(1)和超声波清洗仪，所述DNA样品固定板(1)的板面上开设有用于放置PCR板(9)的置样槽(3)，所述置样槽(3)的开口端卡设有用于固定所述PCR板的挡板(6)，所述DNA样品固定板(1)的一角设为定位抹角(2)，所述的DNA样品固定板(1)上还开设有加冰凹槽(5)。本装置取材容易、制作简便、使用方便、效果良好。

A device for breaking DNA in high throughput sequencing

The utility model provides a device for crushing DNA suitable for high-throughput sequencing, the device comprises a DNA sample plate square (1) and ultrasonic cleaning apparatus, the DNA samples were fixed on the surface plate (1) arranged for placing PCR plate (9) of the sample groove (3). The groove of the sample (3) the open end of the card is used for fixing the baffle plate (6 PCR), the DNA sample plate (1) is set to a corner of the positioning angle (2), DNA samples of the dead plate (1) is also arranged on the ice groove (5). The device is easy to be obtained, simple in making, convenient in use and good in effect.

【技术实现步骤摘要】
一种适用于高通量测序中破碎DNA的装置
本专利技术涉及基因高通量测序
，具体地，涉及一种适用于高通量测序中破碎DNA的装置。
技术介绍
在二代和三代测序技术中，构建高质量的测序文库是高通量测序的关键因素。测序文库的质量直接决定测序产出的数据质量，进而对数据分析有着莫大的关联。随着高通量测序技术的快速发展，各大试剂公司，高通量测序在动物学、植物学、微生物学、农业、医学等各个领域得到了极大的应用。在测序文库构建的开始，先要对DNA样品进行片段化。目前，DNA片段化的方法有多种，如酶切法、自适应聚焦超声波(AFA，AdaptiveFocusedAcoustics)断裂法等。酶切法根据酶的选择，又可以分为两类，一类是使用特定酶切位点的限制性内切酶进行DNA片段化，另一类是通过酶组合对DNA进行随机断裂。酶切法不仅对样品纯度要求较高，而且对随机性有所限制。自适应聚焦超声波断裂法(AFA)是较为理想的DNA片段化的方法，尤其是Covaris公司出品的超声波断裂DNA的仪器，具有片段化精准，成功率高等特点。市售另一实例，比利时Diagenode出品的Biorupter，其对DNA破碎效果与Covaris公司产品相当。但是，上述两款产品价格相当高，实验耗材昂贵、实验过程复杂、实验通量相对较低、实验设备维护更换代价高等因素，使其难以满足大众实验室。因此需要一种新的易于操作的破碎DNA的方法，既能够精准、高效率、高通量破碎片段、又能够大大降低耗材、仪器成本。本技术提供一种适用于KQ-50E超声波清洗仪破碎DNA的简易、实用的装置，能够等效、方便、快捷、低投入、低消耗地进行DNA破碎。
技术实现思路
本技术的目的在于提供一种适用于高通量测序中破碎DNA的装置。本技术包含以下特点：一种适用于高通量测序的破碎DNA的装置，该装置包括方形的DNA样品固定板和超声波清洗仪，所述DNA样品固定板的板面上开设有用于放置PCR板的置样槽，所述置样槽的开口端卡设有用于固定所述PCR板的挡板，所述DNA样品固定板的一角设为定位抹角，所述的DNA样品固定板上还开设有加冰凹槽。作为一种优选技术方案，所述置样槽的槽壁上开设有卡槽用于卡设PCR板并将其固定，所述挡板的两端设有突出栓，所述的突出栓与所述的卡槽相配合；使用时，将所述的PCR板从开口端插入所述的置样槽，所述PCR板的侧边卡设在所述置样槽的卡槽内，再将所述的挡板置入所述的置样槽内，所述挡板两端的突出栓分别卡设在所述的卡槽内用于固定所述的PCR板，防止滑动。使用完毕，先将挡板从置样槽内抽出，再将所述的PCR板抽出。所述的PCR板为多孔PCR板。上述的挡板为方条形，其厚度与所述DNA样品固定板的厚度相同。所述DNA样品固定板的上部开设有悬挂孔，用于悬挂放置或超声波破碎DNA时添加冰块。所述的定位抹角设在所述DNA样品固定板的左上角。所述的定位抹角为直线型或弧形。其功能是用于防止该DNA样品固定板使用时放置错误。所述DNA样品固定板的形状、尺寸与所述超声波清洗仪的超声波反应槽相匹配。所述DNA样品固定板的材料为泡沫或塑料，但不限于此。所述的加冰凹槽设在所述DNA样品固定板的侧边上或/和其他三个角上。其功能是超声波破碎DNA时添加冰块，以控制水温。上述的装置在构建高通量测序文库中的应用。上述适用于高通量测序的破碎DNA的装置的使用方法与步骤包括以下内容：(Ⅰ)将待破碎的核酸(DNA、RNA等)加入到PCR板中，并调整PCR管内总体积；(Ⅱ)将步骤(Ⅰ)所述PCR板插入本装置的置样槽内；(Ⅲ)向超声波清洗仪中加入一定体积的H2O，并用碎冰调节水温；(Ⅳ)将步骤(Ⅱ)所述插有PCR板的本装置放入步骤(Ⅲ)所述超声波清洗仪中；(Ⅴ)设定时间，开启超声波进行核酸破碎；上述步骤(Ⅰ)使用的PCR板推荐使用裁剪成5*5＝25孔的200ulPCR板；样品总体积建议35-50uL，体积过少将难以控制超声波破碎效果，体积过大会导致核酸破碎不均一；进行步骤(Ⅱ)操作时，确保PCR板完全插入该装置，并插入挡板，检查所有PCR板是否处于同一高度；步骤(Ⅲ)所述的超声波清洗仪，推荐使用苏美电器的KQ-50E单换能器、功率50W的超声波清洗仪；若使用类似品牌的超声波清洗仪，确保换能器、功率等参数一致；若使用多个50W换能器的超声波清洗仪，确保本装置的置样孔位于某一换能器的正上方作用区域内；并加入8cm深度的H2O，调节水温为16℃；步骤(V)所设定的时间，根据最终核酸要破碎程度设定，具体关系大致如下：5-7min可以将DNA破碎至500bp、10min可以将DNA破碎至300bp、20min可以将DNA破碎至200bp；本技术的实施例中，使用江苏苏美公司出品的KQ-50E单换能器、功率50W的超声波清洗仪。本技术设计的适用于高通量测序的破碎DNA的装置，具有以下优点及有益效果：(1)装置简单、耗材获取容易；(2)方法简易可行、易于实际执行；(3)能够获得等效的核酸破碎结果。附图说明图1为本技术DNA样品固定板的结构图。图2为本技术设有PCR板的DNA样品固定板的结构图。图3为本技术所述DNA样品固定板的局部放大图。图4为本技术所述适用于高通量测序的破碎DNA的装置的结构图。图中在超声波清洗仪的超声波反应槽中加入8cm深度的H2O，并用碎冰调节水温至16℃，本技术所设计的DNA样品固定板放入水面上，与超声波反应槽完美匹配；图1～4中，1-DNA样品固定板；2-定位抹角；3-置样槽；4-悬挂孔；5-加冰凹槽；6-挡板；7-卡槽；8-突出栓；9-PCR板；10-超声波反应槽；11-换能器。图5为外国Covaris公司提供的设备对DNA进行破碎的电泳结果图，图中分别展示了180bp、300bp、500bp大小的效果。图6为使用本技术所设计的装置对G87项目样品进行DNA破碎，破碎时间设定为7min的电泳结果图，图中显示出DNA所处的片段范围在500bp。图7为使用本技术所设计的装置对海棠叶片DNA破碎，破碎时间设定为10min的电泳结果图，图中显示出DNA所处的片段范围在300bp。图8为使用本技术所设计的装置对海棠叶片DNA破碎，破碎时间设定为20min(实际操作时采用10min+10min方式进行，防止单次超声作用20min产生大量热量，影响实验效果)的电泳结果图，图中显示出DNA所处的片段范围在200bp。具体实施方式以下实施例进一步说明本技术所设计的装置的应用效果，但不应理解为对本技术的限制。在不背离本技术精神和实质的情况下，对本技术所提及装备的各个组件所作的修改或替换，均属于本专利技术的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段；实施例中所用的设备为市售商品。超声波设备为江苏苏美公司出品的KQ-50E单换能器、功率50W的超声波清洗仪。实施例1如图1～4所示，一种适用于高通量测序的破碎DNA的装置，该装置包括方形的DNA样品固定板1和超声波清洗仪，所述DNA样品固定板1的板面上开设有用于放置PCR板9的置样槽3，所述置样槽3的开口端卡设有用于固定所述PCR板9的挡板6，所述DNA样品固定板1的左上角设为定位抹角2，所本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种适用于高通量测序的破碎DNA的装置，其特征在于，该装置包括方形的DNA样品固定板(1)和超声波清洗仪，所述DNA样品固定板(1)的板面上开设有用于放置PCR板(9)的置样槽(3)，所述置样槽(3)的开口端卡设有用于固定所述PCR板的挡板(6)，所述DNA样品固定板(1)的一角设为定位抹角(2)，所述的DNA样品固定板(1)上还开设有加冰凹槽(5)。

【技术特征摘要】
1.一种适用于高通量测序的破碎DNA的装置，其特征在于，该装置包括方形的DNA样品固定板(1)和超声波清洗仪，所述DNA样品固定板(1)的板面上开设有用于放置PCR板(9)的置样槽(3)，所述置样槽(3)的开口端卡设有用于固定所述PCR板的挡板(6)，所述DNA样品固定板(1)的一角设为定位抹角(2)，所述的DNA样品固定板(1)上还开设有加冰凹槽(5)。2.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，所述置样槽(3)的槽壁上开设有卡槽(7)，所述挡板(6)的两端设有突出栓(8)，所述的突出栓(8)与所述的卡槽(7)相配合。3.根据权利要求1或2所述的装置，其特征在于，所述的挡板(6)为方条形，其厚度与所述DNA样品固定板(1)的厚度相同。4.根据权利要求1所述的装置，其特征在于...

【专利技术属性】
技术研发人员：曹振龙，彭德镇，刘少卿，冷小健，
申请(专利权)人：江苏吉诺思美精准医学科技有限公司，
类型：新型
国别省市：江苏,32