一种MMAF致病新基因及其应用制造技术

一种MMAF致病新基因及其应用，涉及精子尾部多种形态异常疾病的标记物及其应用。更具体而言，经过大规模全外显子组测序筛选，首次发现一种MMAF致病新基因CFAP43。以MMAF多个患病家系及患病个体为研究对象，对家系中的患病个体进行了外显子组测序和比较，发现不同患者CFAP43基因存在不同的基因突变。利用这些突变可以对精子尾部多种形态异常进行检测。

A new MMAF pathogenic gene and its application

A new MMAF pathogenicity gene and its application are related to the markers of a variety of abnormal morphologic diseases of the sperm tail and its application. More specifically, a new MMAF gene, CFAP43, was first found by large-scale exon sequencing screening. The multiple families and individuals in MMAF were selected as the subjects. The exons of the families were sequenced and compared. It was found that there were different gene mutations in CFAP43 gene of different patients. These mutations can be used to detect a variety of morphological abnormalities in the sperm tail.

【技术实现步骤摘要】
一种MMAF致病新基因及其应用
本专利技术涉及基因，尤其是涉及一种MMAF致病新基因及其应用。
技术介绍
精子尾部多种形态异常(mμltiplemorphologicalabnormalitiesofthespermflagella,MMAF)是一种隐性遗传的导致男性不育的畸形精子症，是一种很少见的遗传疾病，其主要临床特征是五种精子尾部异常的总和，包括短尾、无尾、卷尾、弯尾以及尾部宽度不规则。早期研究中也有文献称这个病为纤维鞘发育不良(dysplasiaofthefibroussheath，DFS)、短尾精子症(shorttails，stumptails)。国外早期的分子方面发病机制研究发现DNAH1基因发生了突变(BenKhelifaM,CouttonC,ZouariR,KaraouzeneT,RenduJ,BidartM,YassineS,PierreV,DelarocheJ,HennebicqS,GrunwaldD,EscalierD,Pernet-GallayK,JoukPS,Thierry-MiegN,ToureA,etal.MutationsinDNAH1,whichencodesaninnerarmheavychaindynein,leadtomaleinfertilityfrommμltiplemorphologicalabnormalitiesofthespermflagella.AmJHumGenet.2014；94(1):95-104)，该基因编码纤毛轴动力蛋白重链1(dyneinaxonemalheavychain1)蛋白。目前，MMAF的基因突变谱尚未完全发现，基因型和表现型的关系也不明确。目前单基因疾病的研究开始大量采用全外显子组测序(whole-exomesequencing)及全基因组测序(whole-genomesequencing)的方法，这两种方法被成功的应用于发现稀有单基因疾病的致病基因。全外显子组测序及全基因组测序技术已被证明为降低稀有单基因疾病候选基因甚至发现其致病基因的有力、有效手段。仅通过对几个很少的个体(包括患者及正常对照)的全外显子组或基因组进行测序来筛选与疾病相关的变异，其成功率大为提升。因此本领域对MMAF的研究尚不清晰，对造成该疾病的原因更不明了，迫切需要对MMAF的致病机理进行研究，找到新致病基因及突变位点。
技术实现思路
本专利技术的第一目的在于提供MMAF生物标记物。本专利技术的第二目的在于提供一种检测MMAF的方法。本专利技术的第三目的在于提供通过PCR检测CFAP43基因或CFAP43蛋白突变中使用的引物对。本专利技术的第四目的在于提供与突变CFAP43基因互补的核酸探针。本专利技术的第五目的在于提供检测突变CFAP43基因或CFAP43蛋白的试剂盒。本专利技术的第六目的在于提供检测突变CFAP43基因的试剂盒。本专利技术通过外显子组测序的方法确定MMAF的致病新基因。所述MMAF生物标记物为突变的CFAP43基因或CFAP43蛋白，所述生物标记物具有选自如下的突变的CFAP43基因或CFAP43蛋白：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外显子3中错义突变(c.386C>A；p.S129Y)。所述突变的CFAP43基因为SEQIDNO:1的序列中具有以下突变：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A)；在外显子3中错义突变(c.386C>A)。所述突变的CFAP43蛋白为SEQIDNO:2的序列中具有以下突变：在外显子22中无义突变(p.C934*)；在外显子3中错义突变(p.S129Y)。所述突变的CFAP43蛋白的序列是SEQIDNO:9。所述检测MMAF的方法，包括检测受试者的CFAP43基因或CFAP43蛋白中是否存在突变位点，若有突变位点，则受试者被鉴定为患有MMAF或易患MMAF，所述突变位点选自如下任一种或其组合：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外显子3中错义突变(c.386C>A；p.S129Y)。所述CFAP43蛋白为SEQIDNO:2的序列表示。所述CFAP43基因为SEQIDNO:1的序列表示。所述检测MMAF的方法，包括如下至少一组引物扩增的步骤：SEQIDNO:3和SEQIDNO:4；SEQIDNO:5和SEQIDNO:6；SEQIDNO:7和SEQIDNO:8。所述检测MMAF的方法中检测突变位点，通过选自如下的技术进行：测序、电泳、核酸杂交、原位杂交、PCR、逆转录酶链反应和变性高效液相色谱。所述通过PCR检测CFAP43基因或CFAP43蛋白突变中使用的引物对，所述突变选自如下任一种或其组合：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外显子3中错义突变(c.386C>A；p.S129Y)；其中，所述引物对分别基于选自如下的位置前后设计，使得扩增该位置：3661-2、2802和386，编号基于CFAP43的cDNA序列，3661-2表示cDNA序列的3661位之前在基因组DNA中是内含子序列，该内含子序列的第2位发生突变。所述与突变CFAP43基因互补的核酸探针，所述突变是选自如下任一种或其组合：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外显子3中错义突变(c.386C>A；p.S129Y)；所述探针与突变CFAP43基因的互补区包括选自如下的位置：3661-2、2802和386，编号基于CFAP43的cDNA序列，3661-2表示cDNA序列的3661位之前在基因组DNA中是内含子序列，该内含子序列的第2位发生突变。所述检测突变CFAP43基因或CFAP43蛋白的试剂盒，包含至少一组引物对，其中所述突变是选自如下任一种或其组合：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外显子3中错义突变(c.386C>A；p.S129Y)；其中，所述引物对分别基于选自如下的位置前后设计，使得其扩增产物涵盖该位置：3661-2、2802和386，编号基于CFAP43的cDNA序列，3661-2表示cDNA序列的3661位之前在基因组DNA中是内含子序列，该内含子序列的第2位发生突变。所述检测突变CFAP43基因或CFAP43蛋白的试剂盒，包含选自如下的至少一组引物：SEQIDNO:3和SEQIDNO:4；SEQIDNO:5和SEQIDNO:6；SEQIDNO:7和SEQIDNO:8。所述检测突变CFAP43基因的试剂盒，包含至少本文档来自技高网...

【技术保护点】
MMAF生物标记物，其特征在于为突变的CFAP43基因或CFAP43蛋白，所述生物标记物具有选自如下的突变的CFAP43基因或CFAP43蛋白：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661‑2A>‑)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外显子3中错义突变(c.386C>A；p.S129Y)；所述突变的CFAP43基因为SEQ ID NO:1的序列中可具有以下突变：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661‑2A>‑)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A)；在外显子3中错义突变(c.386C>A)；所述突变的CFAP43蛋白为SEQ ID NO:2的序列中可具有以下突变：在外显子22中无义突变(p.C934*)；在外显子3中错义突变(p.S129Y)。

【技术特征摘要】
1.MMAF生物标记物，其特征在于为突变的CFAP43基因或CFAP43蛋白，所述生物标记物具有选自如下的突变的CFAP43基因或CFAP43蛋白：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外显子3中错义突变(c.386C>A；p.S129Y)；所述突变的CFAP43基因为SEQIDNO:1的序列中可具有以下突变：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A)；在外显子3中错义突变(c.386C>A)；所述突变的CFAP43蛋白为SEQIDNO:2的序列中可具有以下突变：在外显子22中无义突变(p.C934*)；在外显子3中错义突变(p.S129Y)。2.如权利要求1所述MMAF生物标记物，其特征在于所述突变的CFAP43蛋白的序列是SEQIDNO:9。3.一种检测MMAF的方法，其特征在于包括检测受试者的CFAP43基因或CFAP43蛋白中是否存在突变位点，若有突变位点，则受试者被鉴定为患有MMAF或易患MMAF，所述突变位点选自如下任一种或其组合：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外显子3中错义突变(c.386C>A；p.S129Y)。4.如权利要求3所述一种检测MMAF的方法，其特征在于所述CFAP43蛋白为SEQIDNO:2的序列表示。5.如权利要求3所述一种检测MMAF的方法，其特征在于所述CFAP43基因为SEQIDNO:1的序列表示。6.如权利要求3所述一种检测MMAF的方法，其特征在于包括如下至少一组引物扩增的步骤：SEQIDNO:3和SEQIDNO:4；SEQIDNO:5和SEQIDNO:6；SEQIDNO:7和SEQIDNO:8。7.如权利要求3所述一种检测MMAF的方法，其特征在于所述检测MMAF的方法中检测突变位点，通过选自如下的技术进行：测序、电泳、核酸杂交、原位杂交、PCR、逆转录酶链反应和变性高效液相色谱。8.通过PCR检测CFAP43基因或CFAP43蛋白突变中使用的引物对，其特征在于所述突变选自如下任一种或其组合：在外显子30中剪接位点缺失突变(c.3661-2A>-)；在外显子22中无义突变(c.2802T>A；p.C934*)；在外...

【专利技术属性】
技术研发人员：沙艳伟，李萍，沙艳坤，李琳，王雄，李柱，施迎迎，康小娟，陈亚芳，江丽枝，林海鹰，廖露莹，骆向璐，
申请(专利权)人：厦门市妇幼保健院厦门市计划生育服务中心，锦州医科大学附属第一医院，首都医科大学附属北京妇产医院，烟台毓璜顶医院，厦门诺康得生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：福建,35