用于诊断和治疗炎症性肠病的方法技术

本发明专利技术提供预测对整联蛋白β7拮抗剂(包括抗β7整联蛋白亚基抗体)的反应性的生物标志及使用这类生物标志的方法。此外，提供治疗胃肠炎性障碍(如炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎和克隆病)的方法。本发明专利技术还提供将这类预测生物标志用于治疗炎症性肠病(包括溃疡性结肠炎和克隆病)的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】相关申请的交叉参考本申请要求2014年3月27日提交的美国临时申请号61/971,379的优先权，该临时申请在此完整引入作为参考。序列表本申请包含序列表，该序列表已通过EFS-Web提交，在此完整引入作为参考。2015年3月5日创建的该ASCII拷贝命名为P5817R1-WO_SL.txt，大小为20,156字节。
提供预测对整联蛋白β7拮抗剂(包括抗β7整联蛋白亚基抗体)的反应性的生物标志及使用这类生物标志的方法。此外，提供治疗胃肠炎性障碍(如炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎和克隆病)的方法。还提供将这类预测生物标志用于治疗炎症性肠病(包括溃疡性结肠炎和克隆病)的方法。
技术介绍
炎症性肠病(IBD)是胃肠(GI)道的慢性炎性自身免疫病症，其在临床上表现为溃疡性结肠炎(UC)或克隆病(CD)。CD是具有影响整个胃肠道的任意部分的潜能的慢性透壁性炎性疾病，而UC是结肠的黏膜炎症。两种病症在临床上都表征为频繁肠运动、营养不良和脱水，伴随日常生活活动的破坏。CD常并发吸收不良、狭窄和瘘的发展，可以需要反复手术。较少见的UC可以并发严重的血性腹泻和中毒性巨结肠，也需要手术。两种IBD病症都与提高的胃肠道恶性肿瘤风险相关。IBD的病因复杂，发病机制的许多方面仍不清楚。中度至严重IBD的治疗向治疗医生提出了巨大的挑战，因为使用皮质类固醇的常规疗法和免疫调节剂疗法(例如硫唑嘌呤(azathioprine)、6巯基嘌呤和氨甲蝶呤)与副作用和不耐受相关，且未在维持疗法(类固醇)中显示经证明的益处。靶向肿瘤坏死因子α(TNF-α)的单克隆抗体(如英夫单抗(Infliximab)(嵌合抗体)和阿达木单抗(adalimumab)(全人抗体))目前用于CD的治疗。英夫单抗还已显示对UC的有效性，并被批准用于UC。但是，约10％-20％的CD患者对抗TNF疗法是初级无响应者，另外～20％-30％的CD患者随时间推移而失去响应(Schnitzler等,Gut 58:492-500(2009))。与抗TNF相关的其他不良事件(AE)包括细菌感染(包括结核病)及更罕见的淋巴瘤和脱髓鞘的比例提高(Chang等,Nat Clin Pract Gastroenterol Hepatology 3:220(2006)；Hoentjen等,World J.Gastroenterol.15(17):2067(2009))。目前没有可用的疗法在超过20％-30％患有慢性疾病的IBD患者中达到持续缓解(Hanauer等,Lancet 359:1541-49(2002)；Sandborn等,N Engl J Med 353:1912-25(2005))。此外，大多数患者未达到持续的无类固醇缓解和黏膜愈合(与真实的疾病改变相关的临床结果)。因此，存在发展针对长期使用优化的靶向性更强的IBD疗法的需要：改善的具有持续缓解(尤其是无类固醇缓解)的安全性特征及在更大比例的患者(包括从未响应抗TNF治疗剂或随时间推移失去响应的那些患者(TNF响应不足患者或TNR-IR患者))中预防长期并发症。整联蛋白是在包括白细胞黏附、信号发放、增殖和迁移的许多细胞过程中，以及在基因调节中发挥作用的α/β异二聚体细胞表面糖蛋白受体(Hynes,R.O.,Cell,1992,69:11-25；和Hemler,M.E.,Annu.Rev.Immunol.,1990,8:365-368)。它们由特异性结合内皮、上皮上的不同细胞黏附分子(CAM)和胞外基质蛋白的两个异二聚、非共价相互作用的α和β跨膜亚基组成。在这种方式中，整联蛋白可以作为组织特异性细胞黏附受体发挥作用，该受体辅助以高度调节的方式从血液招募白细胞进入几乎所有组织部位，在白细胞向正常组织和炎症部位归巢中发挥作用(von Andrian等,N Engl J Med 343:1020-34(2000))。在免疫系统中，整联蛋白在炎症过程中涉及白细胞运输、黏附和浸润(Nakajima,H.等,J.Exp.Med.,1994,179:1145-1154)。整联蛋白的差异表达调节细胞的黏附特性，不同整联蛋白涉及不同的炎症反应。(Butcher,E.C.等,Science,1996,272:60-66)。含有β7的整联蛋白(即α4β7和αEβ7)主要在单核细胞、淋巴细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞和巨噬细胞上表达，而不在嗜中性粒细胞上表达(Elices,M.J.等,Cell,1990,60:577-584)。α4β7整联蛋白是在细胞向肠黏膜及相关淋巴组织(如小肠中的淋巴集结、大肠中的淋巴小结和肠系膜淋巴结)迁移中重要的白细胞归巢受体。在肠中，白细胞翻滚并紧紧黏附于黏膜内皮由来自趋化因子的信号起始，并由黏膜地址素细胞黏附分子(MAdCAM)-1相关唾液酰Lewis X介导。趋化因子信号发放诱导α4β7整联蛋白经历从低MAdCAM-1结合亲和力至高MAdCAM-1结合亲和力的变化。然后白细胞停滞，并开始通过血管内皮外渗至下层组织的过程。认为此外渗过程在正常免疫细胞再循环状态中及在炎性病症中都发生(von Andrian等,上文)。浸润物中α4β7+细胞的数目及配体MAdCAM-1的表达在诸如UC或CD患者的肠道的慢性炎症部位处更高(Briskin等,Am J Pathol 151:97–110(1997)；Souza等,Gut45:856-63(1999))。α4β7优先结合表达MAdCAM-1和血管细胞黏附分子(VCAM)-1的高内皮小静脉，以及胞外基质分子纤连蛋白片段CS-1(Chan等,J Biol Chem 267:8366–70(1992)；Ruegg等,J Cell Biol 17:179–89(1992)；Berlin等,Cell 74:185–95(1993))。α4β7整联蛋白与肠黏膜脉管中组成性表达的MAdCAM-1一起在白细胞肠向性中发挥选择性作用，但似乎不促成白细胞向外周组织或CNS归巢。相反，外周淋巴运输与α4β1与VCAM-1的相互作用相关(Yednock等,Nature 356:63-6(1992)；Rice等,Neurology 64:1336–42(2005))。仅在T淋巴细胞上表达且与黏膜组织相关的β7整联蛋白家族的另一成员是αEβ7整联蛋白，或称为CD103。αEβ7整联蛋白选择性结合上皮细胞上的E钙黏着蛋白，已提出其在黏膜组织中的T细胞在上皮内淋巴细胞区室中的停留中发挥作用(Cepek等,J Immunol 150:3459-70(1993)；Karecla等Eur J Immunol 25:852–6(1995))。已报道固有层中的αEβ7+细胞对应激或感染的上皮细胞显示细胞毒性(Hadley等,J Immunol159:3748–56(1997)；Buri等,J Pathol 206:178–85(2005))。CD中αEβ7的表达提高(Elewaut等,Acta Gastroenterol Belg 61:288–94(1998)；Oshitani等,Int J Mol Med 12:715–9(2003))，已报道抗αEβ7抗体治疗在小鼠中减弱实验性结肠炎，暗示αEβ7+本文档来自技高网...

【技术保护点】
预测患有胃肠炎性障碍的患者对包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗的反应的方法，该方法包括：从患者获得生物样品；测量样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个高表达预测基因(“HEPG”)的mRNA表达水平；将在样品中检测到的mRNA表达水平与所测量的各HEPG的参考水平相比较；和在将所测量的各HEPG的mRNA表达水平测量为与所测量的各HEPG各自的参考水平相比提高时，预测患者将响应治疗。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.03.27 US 61/971,3791.预测患有胃肠炎性障碍的患者对包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗的反应的方法，该方法包括：从患者获得生物样品；测量样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个高表达预测基因(“HEPG”)的mRNA表达水平；将在样品中检测到的mRNA表达水平与所测量的各HEPG的参考水平相比较；和在将所测量的各HEPG的mRNA表达水平测量为与所测量的各HEPG各自的参考水平相比提高时，预测患者将响应治疗。2.预测胃肠炎性障碍患者对整联蛋白β7拮抗剂治疗的反应性的方法，方法包括测量来自患者的生物样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4L1.2、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个HEPG的mRNA表达水平，其中与所测量的各HEPG的参考水平相比，所测量的各HEPG的提高的mRNA表达水平将患者鉴定为可能响应整联蛋白β7拮抗剂治疗的患者。3.将患有胃肠炎性障碍的患者鉴定为可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗的方法，方法包括：(a)测量来自患者的生物样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个HEPG的mRNA表达水平；(b)将(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平与所测量的各HEPG的参考水平相比较；和(c)在(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平高于所测量的各HEPG各自的参考水平时，将患者鉴定为更有可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗。4.治疗患有胃肠炎性障碍的患者的方法，方法包括：(a)测量来自患者的生物样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个HEPG的mRNA表达水平；(b)将(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平与所测量的各HEPG的参考水平相比较；(c)在(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平高于所测量的各HEPG各自的参考水平时，将患者鉴定为更有可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗；和(d)在(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平高于所测量的各HEPG各自的参考水平时，施用治疗，从而治疗胃肠炎性障碍。5.预测患有胃肠炎性障碍的患者对包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗的反应的方法，方法包括：从患者获得生物样品；测量样品中选自SLC8A3、TNFSF15、BEST2、CCL2、CCL3、CCL3L1/3、CPA3、FGF7、HAMP、IL1A、IL18RAP、INHBA、LIF、LMO4、LRRC4、MLK7.AS1、MT1M、MUCL1、MX1、PMCH、REM2、SSTR2、TM4SF4、TMEM154、UROS、VNN2和VNN3的至少一个、至少两个或至少三个低表达预测基因(“LEPG”)的mRNA表达水平；将在样品中测量的各LEPG的mRNA表达水平与所测量的各LEPG的参考水平相比较；和在将所测量的各LEPG的mRNA表达水平测量为与所测量的各LEPG各自的参考水平相比降低时，预测患者将响应治疗。6.预测胃肠炎性障碍患者对整联蛋白β7拮抗剂治疗的反应性的方法，方法包括测量来自患者的生物样品中选自SLC8A3、TNFSF15、BEST2、CCL2、CCL3、CCL3L1/3、CPA3、FGF7、HAMP、IL1A、IL18RAP、INHBA、LIF、LMO4、LRRC4、MLK7.AS1、MT1M、MUCL1、MX1、PMCH、REM2、SSTR2、TM4SF4、TMEM154、UROS、VNN2和VNN3的至少一个、至少两个或至少三个LEPG的mRNA表达水平，其中与所测量的各LEPG的参考水平相比，所测量的各LEPG的降低的mRNA表达水平将患者鉴定为可能响应整联蛋白β7拮抗剂治疗的患者。7.将患有胃肠炎性障碍的患者鉴定为可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗的方法，方法包括：(a)测量来自患者的生物样品中选自SLC8A3、TNFSF15、BEST2、CCL2、CCL3、CCL3L1/3、CPA3、FGF7、HAMP、IL1A、IL18RAP、INHBA、LIF、LMO4、LRRC4、MLK7.AS1、MT1M、MUCL1、MX1、PMCH、REM2、SSTR2、TM4SF4、TMEM154、UROS、VNN2和VNN3的至少一个、至少两个或至少三个LEPG的mRNA表达水平；(b)将(a)中测量的各LEPG的mRNA表达水平与所测量的各LEPG的参考水平相比较；和(c)在(a)中测量的各LEPG的mRNA表达水平低于所测量的各LEPG各自的参考水平时，将患者鉴定为更有可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗。8.治疗患有胃肠炎性障碍的患者的方法，方法包括：(a)测量来自患者的生物样品中选自SLC8A3、TNFSF15、BEST2、CCL2、CCL3、CCL3L1/3、CPA3、FGF7、HAMP、IL1A、IL18RAP、INHBA、LIF、LMO4、LRRC4、MLK7.AS1、MT1M、MUCL1、MX1、PMCH、REM2、SSTR2、TM4SF4、TMEM154、UROS、VNN2和VNN3的至少一个、至少两个或至少三个LEPG的mRNA表达水平；(b)将(a)中测量的各LEPG的mRNA表达水平与所测量的各LEPG的参考水平相比较；(c)在(a)中测量的各LEPG的mRNA表达水平低于所测量的各LEPG各自的参考水平时，将患者鉴定为更有可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗；和(d)在(a)中测量的各LEPG的mRNA表达水平低于所测量的各LEPG各自的参考水平时，施用治疗，从而治疗胃肠炎性障碍。9.预测患有胃肠炎性障碍的患者对包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗的反应的方法，方法包括：(a)从患者获得生物样品；(b)测量样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个HEPG的mRNA表达水平，并将在样品中检测到的mRNA表达水平与所测量的各HEPG的参考水平(“HEPG参考水平”)相比较；且进一步包括：(c)测量样品中选自SLC8A3、TNFSF15、BEST2、CCL2、CCL3、CCL3L1/3、CPA3、FGF7、HAMP、IL1A、IL18RAP、INHBA、LIF、LMO4、LRRC4、MLK7.AS1、MT1M、MUCL1、MX1、PMCH、REM2、SSTR2、TM4SF4、TMEM154、UROS、VNN2和VNN3的至少一个、至少两个或至少三个LEPG的mRNA表达水平，并将在样品中检测到的mRNA表达水平与所测量的各LEPG的参考水平(“LEPG参考水平”)相比较；和(d)在将(b)中测量的各HEPG的mRNA表达水平测量为与HEPG参考水平相比提高时，及在将(c)中测量的各LEPG的mRNA表达水平测量为与LEPG参考水平相比降低时，预测患者将响应治疗。10.预测胃肠炎性障碍患者对整联蛋白β7拮抗剂治疗的反应性的方法，方法包括：(a)测量来自患者的生物样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个HEPG的mRNA表达水平；且进一步包括：(b)测量来自患者的生物样品中选自SLC8A3、TNFSF15、BEST2、CCL2、CCL3、CCL3L1/3、CPA3、FGF7、HAMP、IL1A、IL18RAP、INHBA、LIF、LMO4、LRRC4、MLK7.AS1、MT1M、MUCL1、MX1、PMCH、REM2、SSTR2、TM4SF4、TMEM154、UROS、VNN2和VNN3的至少一个、至少两个或至少三个LEPG的mRNA表达水平；其中与所测量的各HEPG的参考水平相比，(a)中测量的各HEPG的提高的mRNA表达水平，及其中与所测量的各LEPG的参考水平相比，(b)中测量的各LEPG的降低的mRNA表达水平，将患者鉴定为可能响应整联蛋白β7拮抗剂治疗的患者。11.将患有胃肠炎性障碍的患者鉴定为可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗的方法，方法包括：(a)测量来自患者的生物样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个HEPG的mRNA表达水平；(b)将(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平与所测量的各HEPG的参考水平(“HEPG参考水平”)相比较；且进一步包括：(c)测量来自患者的生物样品中选自SLC8A3、TNFSF15、BEST2、CCL2、CCL3、CCL3L1/3、CPA3、FGF7、HAMP、IL1A、IL18RAP、INHBA、LIF、LMO4、LRRC4、MLK7.AS1、MT1M、MUCL1、MX1、PMCH、REM2、SSTR2、TM4SF4、TMEM154、UROS、VNN2和VNN3的至少一个、至少两个或至少三个LEPG的mRNA表达水平；(d)将(c)中测量的各LEPG的mRNA表达水平与所测量的各LEPG的参考水平(“LEPG参考水平”)相比较；和(e)在(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平高于HEPG参考水平和(c)中测量的各LEPG的mRNA表达水平低于LEPG参考水平时，将患者鉴定为更有可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗。12.治疗患有胃肠炎性障碍的患者的方法，方法包括：(a)测量来自患者的生物样品中选自GZMA、KLRB1、FOXM1、CCDC90A、CCL4、CPA2、CXCR6、DDO、ECH1、FAM125B、FASLG、FGF9、GPR15、GZMB、KCNMA1、PHF14、TIFAB、TMEM200A、TMIGD2和SLC8A3的至少一个、至少两个、至少三个或至少四个HEPG的mRNA表达水平；(b)将(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平与所测量的各HEPG的参考水平(“HEPG参考水平”)相比较；且进一步包括：(c)测量来自患者的生物样品中选自SLC8A3、TNFSF15、BEST2、CCL2、CCL3、CCL3L1/3、CPA3、FGF7、HAMP、IL1A、IL18RAP、INHBA、LIF、LMO4、LRRC4、MLK7.AS1、MT1M、MUCL1、MX1、PMCH、REM2、SSTR2、TM4SF4、TMEM154、UROS、VNN2和VNN3的至少一个、至少两个或至少三个LEPG的mRNA表达水平；(d)将(c)中测量的各LEPG的mRNA表达水平与所测量的各LEPG的参考水平(“LEPG参考水平”)相比较；和(e)在(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平高于HEPG参考水平和(c)中测量的各LEPG的mRNA表达水平低于LEPG参考水平时，将患者鉴定为更有可能响应包含整联蛋白β7拮抗剂的治疗；和(f)在(a)中测量的各HEPG的mRNA表达水平高于HEPG参考水平和(c)中测量的各LEPG的mRNA表达水平低于LEPG参考水平时，施用治疗，从而治疗胃肠炎性障碍。13.权利要求9-1...

【专利技术属性】
技术研发人员：J·A·哈克尼，M·凯伊尔，G·W·特乌，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士;CH