治疗纤维变性疾病的方法技术

本公开内容涉及治疗或预防纤维变性病症或疾病的方法，其中在所述患有纤维变性病症或疾病的受试者中差异性表达的基因是使用基因或蛋白调节剂治疗的靶标。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】关于序列表的声明与本申请相关的序列表以文本格式，替代纸印本提供，并且因此在此通过引用结合在说明书中。包含序列表的文本文件的名称为300078_403WO_SEQUENCE_LISTING.txt。该文本文件为2.3KB，在2015年2月7日生成，并且通过EFS-Web电子提交。背景进行性的瘢痕形成(纤维化)是多种慢性炎性疾病的病理学特征，在世界上是发病率和死亡率的重要原因。纤维化的特征在于过量的细胞外基质成分(例如，胶原，纤连蛋白)的积聚，这在发炎的或损伤的组织内和周围形成纤维性结缔组织。纤维化可以引起破坏下面的器官或组织的构造的过度生长、变硬和/或瘢痕形成。尽管受控的组织重塑和瘢痕形成是由成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化促进的正常伤口愈合过程的一部分，但是由于严重的或反复的损伤或失调的伤口愈合导致的过量且持久性的瘢痕形成(例如，肌成纤维细胞的持久性存在)可能最终导致永久性的瘢痕、器官功能障碍和衰竭，甚至死亡。纤维变性变化可以发生在血管病症(例如，外周血管病、心脏病、脑病)和所有的主要组织和器官系统(例如，肺、肝、肾、心脏、皮肤)中。纤维变性病症包括宽泛的临床表现，包括多系统病症，诸如系统性硬化(systemic sclerosis)，多病灶纤维硬化(multifocal fibrosclerosis)，和器官特异性病症，诸如肺、肝和肾纤维化(Rosenbloom等，Ann.Intern.Med.152：159，2010；Wynn，Nat.Rev.Immunol.4：583，2004)。尽管个体纤维变性病症的病因和原因机制可能不同(例如，缺血事件，暴露于化学剂、辐射或传染剂)，并且所知不多，但是它们都共有这样的共同特征：细胞外基质在受影响的组织中异常且过量沉积(Wynn和Ramalingam，Nat.Med.18：1028，2012)。目前在美国没有用于治疗或预防纤维变性病症的有效治疗。当前的治疗通常靶向有助于纤维化进展的炎性级联，并且可能暂时改善症状，但是从长远看没有效果(Wynn，2004)。此外，缺少用于评估纤维化进展或消退以及治疗反应的生物标记妨碍对潜在的治疗剂的快速临床筛选(Schuppan和Pinzani，J.Hepatol.56：S66，2012；Castro和Jimenez，Biomark Med.4：133，2010)。在本领域中显然对于治疗或预防纤维变性病症和用于鉴定用于研发治疗剂和评估治疗反应的生物标记的新的有效方法存在需求。本公开内容满足所述需求，并且进一步提供其他相关的优点。概述在一个方面中，本公开内容提供用于预防、治疗或减轻纤维变性疾病的方法，所述方法包括向患有纤维变性病症的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。在其他方面中，本公开内容提供一种用于降低发展为纤维变性疾病的风险的方法，所述方法包括向有发展为纤维变性病症的风险的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。在其他方面中，本公开内容提供一种用于减少肌成纤维细胞的方法，所述方法包括向有发展为纤维变性病症的风险或患有纤维变性病症的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。在其他方面中，本公开内容提供一种用于抑制或逆转成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化的方法，所述方法包括向有发展为纤维变性病症的风险或患有纤维变性病症的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。附图简述图1显示TGFβ诱导从成纤维细胞分泌前胶原。在用不同浓度的mTOR抑制剂PP242和10ng/mL TGFβ处理成纤维细胞24小时后，测量1型前胶原水平(1C型前胶原-肽，″PIPC\)。在450和540nm的吸光度的差异(y-轴)与前胶原浓度成比例。图2显示在成纤维细胞转化过程中蛋白磷酸化水平的蛋白质印迹。通过在用不同浓度的mTOR抑制剂PP242和10ng/mL TGFβ处理细胞24小时后，测量α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)的水平监测成纤维细胞转化的蛋白质印迹分析。图3显示用TGFβ处理的成纤维细胞的翻译和转录模式(profile)。比较用TGFβ处理的成纤维细胞的mRNA水平(RNA)和翻译率(RPF)的变化。黑色数据点对于翻译效率的变化具有p≤0.05。图4A-4C显示描述在肝纤维化/肝星形细胞激活途径中在mRNA水平上差异性调控的基因的特有途径分析(Ingenuity Pathway Analysis，IPA)的示意图。(A)肝星形细胞中的早期信号传导事件。(B)活化的肝星形细胞中的信号传导事件。在分析中所用的基因列表和鉴定的基因特征基于来自对照和用TGFβ处理的成纤维细胞的蛋白编码mRNA的差异性浓度的p-值。(C)提供来自(A)和(B)的差异性调控的基因的列表，并且显示每种基因在它们各自的途径中变化的幅度(log比例)和p-值(结果来自5次生物学重复)。图5A-5C显示描述在肝纤维化/肝星形细胞激活途径中的基因的翻译率差异性调节的IPA的示意图。(A)肝星形细胞中的早期信号传导事件。(B)活化的肝星形细胞中的信号传导事件。在分析中所用的基因列表和鉴定的基因特征基于来自对照和用TGFβ处理的成纤维细胞的差异性翻译率的p-值。(C)提供来自(A)和(B)的差异性调控的基因的列表，并且显示每种基因在它们各自的途径中变化的幅度(log比例)和p-值(结果来自5次生物学重复)。图6A和6B显示(A)描述eIF2信号传导途径中调控的基因的IPA的示意图。在该分析中所用的基因列表基于来自对照相对于TGFβ处理的成纤维细胞的差异性翻译效率的p-值。(B)提供来自(A)的差异性调控的基因的列表，并且显示每种基因在它们各自的途径中变化的幅度(log比例)和p-值(结果来自5次生物学重复)。图7显示eIF2信号传导途径中纤维变性病症相关的基因特征的翻译效率的正常化。柱状图显示在用TGFβ处理的成纤维细胞中和用TGFβ与PP242处理的成纤维细胞中纤维变性病症相关的基因特征的翻译效率。将正常的成纤维细胞的翻译效率设为0，并且，在TGFβ处理的成纤维细胞中，所示的12种基因中的每一种都具有改变的翻译效率(p-值≤0.05)，这是来自单次实验重复的代表性结果。图8显示所有141种纤维变性病症相关的基因(顺序如表5所示)的翻译效率的柱状图，其显示与未处理的(正常)成纤维细胞(值设为0)相比，在(A)TGFβ处理的成纤本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种预防、治疗或改善纤维变性疾病的方法，所述方法包括向患有纤维变性病症的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.02.07 US 61/937,272;2014.06.10 US 62/010,004;1.一种预防、治疗或改善纤维变性疾病的方法，所述方法包括向患有纤维变性病症的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。2.一种用于降低发展为纤维变性疾病的风险的方法，所述方法包括向有发展为纤维变性病症的风险的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。3.一种用于减少肌成纤维细胞的方法，所述方法包括向有发展为纤维变性病症的风险或患有纤维变性病症的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。4.一种用于抑制或逆转成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化的方法，所述方法包括向有发展为纤维变性病症的风险或患有纤维变性病症的受试者施用治疗有效量的对图7、表1、表3A、表3B、表5、表6、表7中列出的基因或编码的产物中的任一种特异的调节剂，eIF2成分或调节剂，eIF4F复合物或调节剂，eIF4F复合物成分或调节剂，eIF5A或调节剂，或其任意组合。5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述基因或编码的产物包括翻译机制元件、翻译机制元件的调节剂或其组合。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述翻译机制元件包括eIF2成分、eIF4F复合物、eIF4F复合物成分、eIF5A、rpS6、或其任意组合。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述翻译机制元件是eIF2α、eIF2β、eIF2γ、eIF4A、eIF4E、eIF5A、rpS6、或其任意组合。8.根据权利要求5所述的方法，其中所述翻译机制元件的调节剂包括：EIF2AK1，EIF2AK2，EIF2AK3，EIF2AK4，mTOR，脱氧辅蛋白羟化酶(DOHH)，脱氧辅蛋白合酶(DHPS)，组蛋白脱乙酰基酶6(HDAC6)，NAD-依赖性脱乙酰基酶sirtuin-2(SIRT2)，p90核糖体S6激酶(RSK)，腺苷高半胱氨酸酶(AHCY)，或其任意组合。9.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述基因或编码的产物包括：(a)CREB5，DIAPH3，LGALS1，NACA，RPL12，RPL13A，RPL17，RPL21，RPL22L1，RPL23，RPL26，RPL27A，RPL28，RPL3，RPL30，RPL34，RPL36，RPL37，RPL37A，RPL4，RPL7A，RPS9，RPLP1，RPLP2，RPS10，RPS16，RPS19，RPS27，RPS5，RPS8，RPS9，SLC25A6，SOX6，STS，TKT或其任意组合；(b)ABCA6，ANKH，CARD16，CEP192，DDX60，DNASE1L1，DYNC2H1，EDN1，HBEGF，HOMER1，INHBA，KDM6B，LENG9，MATN3，MYO19，NRG1，PABPC4，PLD1，PLEKHA5，RASD1，SGIP1，SLC2A12，SNRPA，TEN1，TOP2A，TRERF1或其任意组合；(c)CES1，LAMP5，PAQR5PLEKHG1，ROBO2，TOMM7或其任意组合；或(d)AOX1，ARPC1A，AURKA，C12orf57，GPSM2，K1TLG，MAP3K5，MURC，NOV，RPL14，SLC15A3，SOX5，ZNF608或其任意组合。10.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述基因或编码的产物包括：(a)ANKDD1A，ATP5G2，CHCHD10，DNAJC22，FGF5，FMO2，GNB2L1，GLTSCR2，HIGD2A，IFIH，MTUS1，RPS18，RPL18A，RPL31，RPL35A，RPL5，RPS18，RPS29，SPATA6或其任意组合；或(b)RPS6KA5，BIVM，ACTA1，KRT7，AMIGO3，CCDC102B，RPL10，TAF1D，ADAMTS5，LAMB3，CLCF1，EPB41L1，GAS2L3，IRAK3，LPAR3，PCBP2，PDE7B，TMTC1，FRMD4A，GDF10，OBSCN，PLEKHA6，SHC3或其任意组合。11.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述基因或编码的产物包括：THBS3，RPS28，EEF1A1，EEF2，EIF4B，FMO2，RAB3D，CIT，PDE4B，PPARG，SLC40A1，ASPM，CA5B，GLCCI1，GLTSCR2，P2RX7，STAMBPL1或其任意组合。12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中所述纤维变性疾病是由于损伤导致或是自发性的。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述损伤是缺血事件或由于暴露于辐射、化学品或传染剂导致。14.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中在所述受试者中发展为纤维变性损伤之后施用所述调节剂。15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述调节剂与药用赋形剂一起配制。16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述调节剂与一种或多种辅助治疗剂组合施用。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述一种或多种辅助治疗剂选自：血管紧张素转换酶抑制剂，尼达尼布，STX-100，QAX576，CNTO-888，SD-208，SB-525334，GC1008，BMS-986202，AM152，lebrikizumab，tralokinumab，SAR156597，PRM-151，simtuzumab(AB0024，GS-6624)，GSK2126458，FG-3019，卡托普利，染料木碱，silvestrol或其衍生物，吡非尼酮，pateamine A或其衍生物，hippuristanol，或EUK-207。18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述纤维变性疾病选自：肺纤维化，特发性肺纤维化，囊性纤维化，肝纤维化，心脏纤维化，心内膜心肌纤维化，心房纤维化，纵隔纤维变性，骨髓纤维化，腹膜后纤维化，慢性肾病，肾源性系统性纤维化，局限性肠炎，肥大瘢痕生成，瘢痕疙瘩，硬皮病，器官移植相关的纤维化，或缺血相关的纤维化。19.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。20.一种鉴定用于使与纤维变性疾病相关的翻译模式正常化的候选治疗剂的方法，所述方法包括：(a)确定三种独立的翻译模式，每种针对多种基因，其中(i)第一翻译模式来自纤维变性疾病样品，(ii)第二翻译模式来自(1)对照的未患病的样品或(2)与候选试剂接触的对照的未患病的样品，和(iii)第三翻译模式来自与候选试剂接触的纤维变性疾病样品；(b)确定第一差异性翻译模式，所述第一差异性翻译模式包括与第二翻译模式相比在第一翻译模式中差异性翻译的一种或多种基因，并且确定第二差异性翻译模式，所述第二差异性翻译模式包括与第三翻译模式相比在第一翻译模式中差异性翻译的一种或多种基因，其中所述一种或多种差异性翻译的基因选自EIF2AK1，EIF2AK2，EIF2AK3，EIF2AK4，EIF5A，mTOR，DOHH，DHPS，HDAC6，SIRT2，RSK，AHCY，或图7、表1、表3A、表3B、表5或表7中列出的基因；和(c)当第一差异性翻译模式与第二差异性翻译模式相当时，将所述试剂鉴定为使与纤维变性病症相关的翻译模式正常化的候选治疗剂。21.根据权利要求20所述的方法，其中所述基因或编码的产物包括翻译机制元件、翻译机制元件的调节剂或其组合。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述翻译机制元件包括eIF2成分，eIF4F复合物，eIF4F复合物成分，eIF5A，rpS6，或其任意组合。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述翻译机制元件是eIF2α，eIF2β，eIF2γ，eIF4A，eIF4E，eIF5A，rpS6，或其任意组合。24.根据权利要求21所述的方法，其中所述翻译机制元件的调节剂包括EIF2AK1，EIF2AK2，EIF2AK3，EIF2AK4，mTOR，脱氧辅蛋白羟化酶(DOHH)，脱氧辅蛋白合酶(DHPS)，组蛋白脱乙酰基酶6(HDAC6)，NAD-依赖性脱乙酰基酶sirtuin-2(SIRT2)，p90核糖体S6激酶(RSK)，腺苷高半胱氨酸酶(AHCY)，或其任意组合。25.根据权利要求20所述的方法，其中所述基因或编码的产物包括：(a)CREB5，DIAPH3，LGALS1，NACA，RPL12，RPL13A，RPL17，RPL21，RPL22L1，RPL23，RPL26，RPL27A，RPL28，RPL3，RPL30，RPL34，RPL36，RPL37，RPL37A，RPL4，RPL7A，RPS9，RPLP1，RPLP2，RPS10，RPS16，RPS19，RPS27，RPS5，RPS8，RPS9，SLC25A6，SOX6，STS，TKT或其任意组合；(b)ABCA6，ANKH，CARD16，CEP192，DDX60，DNASE1L1，DYNC2H1，EDN1，HBEGF，HOMER1，INHBA，KDM6B，LENG9，MATN3，MYO19，NRG1，PABPC4，PLD1，PLEKHA5，RASD1，SGIP1，SLC2A12，SNRPA，TEN1，TOP2A，TRERF1或其任意组合；(c)CES1，LAMP5，PAQR5PLEKHG1，ROBO2，TOMM7或其任意组合；或(d)AOX1，ARPCIA，AURKA，C12orf57，GPSM2，KITLG，MAP3K5，MURC，NOV，RPL14，SLC15A3，SOX5，ZNF608或其任意组合。26.根据权利要求20所述的方法，其中所述基因或编码的产物包括：(a)ANKDDIA，ATP5G2，CHCHD10，DNAJC22，FGF5，FMO2，GNB2L1，GLTSCR2，HIGD2A，IFIH，MTUS1，RPS18，RPL18A，RPL31，RPL35A，RPL5，RPS18，RPS29，SPA...

【专利技术属性】
技术研发人员：詹姆斯·阿普尔曼，佩吉·A·汤普森，
申请(专利权)人：效应物治疗公司，
类型：发明
国别省市：美国;US