一种与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记及引物和应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记及引物和应用。检测引物包括：ASSN1184FI、ASSN1184RI、ASSN1184FO、ASSN1184RO。利用本发明专利技术的与马氏珠母贝生长性状相关联的SNP标记的检测引物，能够扩增出与马氏珠母贝生长性状关联的SNP基因型位点，再根据PCR扩增电泳图可直观地筛选出生长优势个体用作后备亲本进行育种，实现分子标记辅助育种。

【技术实现步骤摘要】

：本专利技术属于水产动物遗传及分子标记辅助育种
，具体涉及一种与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记及引物和应用。
技术介绍
：马氏珠母贝是我国及世界上海水珍珠养殖的主要物种。我国自1965年成功地开展了马氏珠母贝人工育苗以来，海水珍珠产业发展迅速，已成为广东、广西及海南部分沿海地区海水养殖支柱产业之一。近10多年，我国海水珍珠的质量和产量明显下降，国际竞争力减弱，养殖经济效益下滑。究其原因，除了养殖环境恶化、养殖技术落后外，还有一个重要原因是：多年来不注重种贝的选育和保留，缺乏优良品种；种苗质量参差不齐，育珠母贝性状退化，如生长慢、个体小型、育珠能力减弱等。为了我国海水珍珠养殖业的健康稳定发展，培育适合我国海区养殖的马氏珠母贝优良品种已迫在眉睫。育种技术有杂交、选择育种，生物技术育种及分子育种等多种方法。分子育种是目前国内外研究的热点，是育种技术发展的主要方向，它具有高效、快捷的特点。分子育种离不开分子标记的开发，单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是由基因组水平上单一碱基对变异引起DNA序列多态性(Sachidanandam et al.,2001)，它是继RFLP和SSR分子标记后发展起来的第三代分子标记。满足SNP的条件应该是其中的一个等位基因在群体中的出现的频率应为不小于1％(Kang et al.,2002)。这种变异包括单个碱基的转换(同型碱基互换)、颠换(异型碱基互换)、插入和缺失，但一般所指的SNP不包括后面两种情况。目前所发现的SNP，绝大部分都只有2种核苷酸，三种以上的核苷酸共存在一个种群中几乎不存在，因此SNP是二等位基因多态性。SNP标记具有分布广泛、遗传稳定和二态性等特点，因此在人类的疾病的致病机制和治疗、重要农作物和家畜遗传育种中取得了巨大的成效。尤其是近几年来，利用高通量Roche454测序技术获得大量SNP位点并进行与性状的关联分析及发现新基因的报道，表明SNP标记已经成为遗传学及MAS主要的工具。而在水产养殖动物中，利用SNP标记进行MAS育种技术还处在早期阶段，如群体遗传多样性分析、品种鉴定、性状关联分析、遗传连锁图谱构建和QTL定位等遗传育种领域方面。分子标记的出现为实现基因型选择提供了可能，因为分子标记的基因型是可以识别的。如果目标基因与某个分子标记紧密连锁，那么通过对分子标记的基因型进行检测，就能够获得目标基因的基因型。因此，可以借助分子标记对目标性状的基因型进行选择，这就是分子标记辅助选择(marker-assisted selection,MAS)。与常规育种方法相比，MAS具有明显的优越性，尤其是对于那些难于测量、遗传力较低和在后期才能表现得性状，且MAS不易受环境的影响，没有性别和年龄的限制，因此，MAS可在早期进行选择，缩短世代间隔，进而提高选择的强度和育种的效率(Lande and Thompson,1990)。而目前，发掘与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记还很少报道，本专利技术的目的是提供一种新的与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记，提供一种活体鉴定该SNP的方法，以利于进行基因型选择育种实践，使基因型选择育种技术具有实际可操作性。
技术实现思路
：本专利技术的第一个目的是提供一种与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记的检测引物。本专利技术的与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记的检测引物，其特征在于，包括以下引物：ASSN1184FI：5’-CGATTTGCTAGAAAGCCATTA-3’；ASSN1184RI：5’-AATTTGTTACAACTTACCTATAATGCAA-3’；ASSN1184FO：5’-GGTAAAACATTAACACGGATTGA-3’；ASSN1184RO：5’-ATTGTAATGACTTACCTAAAACGGAT-3’。本专利技术的第二个目的是提供一种与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记，其特征在于，所述的SNP标记的序列如SEQ ID NO.1所示，全长为1100bp，所述的SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第457位碱基为A或T，在SEQ ID NO.1序列中用w表示该位点。具体如下所示：GTGCATGTCCACTTGATGCGACCACTAAAACAGATGCAATAATTGCGAAAGATCGTGCCAAACTAAAATATTTCGATCGCAAAGTGGTCGTGCACCAAATGAGGAGGGGGCTTTAAAAATGTGATGGCATTTCAGAGAAATATAACTTGGGTTGATTTTGGTTAGATATGAGAAGGTAAAACATTAACACGGATTGATGGTATTTGGGACAGCTGAAAGTAGATATGAAAAATAAATACATGTACTGGGTTCGTAGTGAATAAAGTGGAGGGAGGGATATTCAGTACCCTTGTAGTTTGACGTCTTGCTGTTTGACTGTGATGATGTTTTCATATTGTAGGAGATCGTGCTGGTAGTATTCTTTGGCCTGGAGTACGTAGTACGCTTATGGGCAGCAGGCTGTCGTAGTAAATACATTGGTGTTAGAGGACGTCTACGATTTGCTAGAAAGCCAATW(W为A或T)TCCATTATAGGTAAGTTGTAACAAATTTAAGGTGTTGACCGCCGCCGCCCCCTCCTCTGTCATATCTCTTATGTCCGTCTCCCGATTCGTCTGTGTATTACAAAATGTTATAATCCCCACTAAGAGGCTCTAAATTTCTCCGACCGTTAGAGAGCAAATATCCGTTTTAGGTAAGTCATTACAATTTTTTAGCTTAGCTTCCCTTCCCTACCTAGTCAATGCCTTGTCCGTCTCTCATCTCGTCTGTGTATTATAGAAAACTGCTTTCTCCACACTGAGGCTCCCTATTTTCACCAACAGAGAGTTAGAACAAATATGAGATAGCCCCCTTCCCTTCCTGTCCCATCTCTTGTCCGTCTTTCAGTTTGTCTGTGTATTACAGAAAACTGCAACCTCCACTTGCATATGTAGAGGCTCCCAATTTTCACACACAGAGACACATGATTCGATATAAGAATCATTAACTCTTTATGTCTTTTACCTTTGCAAATTGTCGTTATTTACGTCTGCAGGTCGACCAGAGCGTCCCGTTACTAGTAGATTAACTTTTTTTAGCAGTGTAAATAATCATGCGTGGAAAAAAGCGTCCTTACCATCTAAATGTCATCGTTAAAGCATCGAATCAATACGGTACGGGAACCGT。本专利技术的第三个目的是提供与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记在马氏珠母贝分子标记辅助育种中的应用。本专利技术的第四个目的是提供一种检测马氏珠母贝具有生长优势的个体的方法，其特征在于，通过对待测马氏珠母贝中的上述与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记进行检测，确定所述待测马氏珠母贝是否为具有生长优势的个体，确定其本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记的检测引物，其特征在于，包括以下引物：ASSN1184FI：5’‑CGATTTGCTAGAAAGCCATTA‑3’；ASSN1184RI：5’‑AATTTGTTACAACTTACCTATAATGCAA‑3’；ASSN1184FO：5’‑GGTAAAACATTAACACGGATTGA‑3’；ASSN1184RO：5’‑ATTGTAATGACTTACCTAAAACGGAT‑3’。

【技术特征摘要】
1.一种与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记的检测引物，其特征在于，包括以下引物：ASSN1184FI：5’-CGATTTGCTAGAAAGCCATTA-3’；ASSN1184RI：5’-AATTTGTTACAACTTACCTATAATGCAA-3’；ASSN1184FO：5’-GGTAAAACATTAACACGGATTGA-3’；ASSN1184RO：5’-ATTGTAATGACTTACCTAAAACGGAT-3’。2.一种与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记，其特征在于，所述的SNP标记的序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第457位碱基为A或T。3.权利要求2所述的与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记在马氏珠母贝分子标记辅助育种中的应用。4.一种检测马氏珠母贝具有生长优势的个体的方法，其特征在于，通过对待测马氏珠母贝中的权利要求2所述的与马氏珠母贝生长性状关联的SNP标记进行检测，确定所述待测马氏珠母贝是否为具有生长优势的个体，确定其是否作为后备亲本进行育种。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，包括以下步骤：a、提取待测马氏珠母贝样品基因组DNA；b、采用权...

【专利技术属性】
技术研发人员：何毛贤，韦国建，
申请(专利权)人：中国科学院南海海洋研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44