肺癌的分类和可行性指数制造技术

本发明专利技术提供用于检测来自患有肺癌的受试者的样品中的多种基因和相关变异体的组合物、试剂盒和方法。所述组合物、试剂盒和方法包括一组可杂交以鉴别基因变异体的寡核苷酸，所述寡核苷酸通常是引物和/或探针。本文中所公开的方法提供待测定且随后与可行的治疗建议相关联的肿瘤的突变状态。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】【专利说明】肺癌的分类和可行性指数
技术介绍
肺癌是男性和女性中癌症死亡的主要病因。其是一种快速生长且高度致命的疾 病。接近60%诊断患有肺癌的人在诊断一年内死亡，且约75%在2年内死亡。肺癌有两种 主要类型：小细胞肺癌（SCLC)和非小细胞肺癌（NSCLC)。约85 %的肺癌是NSCLC。NSCLC 有3种亚型，其大小、形状和生物化学组成不同。全部肺癌中的约25-30%是鳞状细胞癌。 腺癌（例如细支气管肺泡癌）占肺癌的约40%，且通常在肺的外部区域中发现。大细胞未 分化癌占全部肺癌的约10-15%。 SCLC和NSCLC以极其不同的方式治疗。SCLC主要用单独或与放射组合的化学疗 法治疗。与用于SCLC的治疗相比，手术是治愈NSCLC的唯一可靠方法。淋巴结也被移出以 评估癌症的扩散。除了手术之外，化学疗法也可以用于治疗NSCLC。 数量增长的治疗方案变得可用于肺腺癌。然而，在许多情况下，治疗方案各自仅有 效对抗具有特定遗传变异的肺癌。因此，可检测许多不同特定可行的遗传变异的测试对肺 癌患者将具有显著价值。然而，目前可供使用的多种基因变异性分析所需的组织远超出可 从典型肿瘤活检或切除术获得的组织。此外，测试不可用于许多遗传变异，且不存在可基于 许多已知可行的遗传变异的全面扫描来推荐治疗的工具。 所公开的组合物、试剂盒和方法提供了利用单个肺癌样品对单个组中的肺癌进行 全面基因变异性筛选。所筛选的基因变异体具有可行的治疗或已知对某些治疗并不良好反 应。这形成了本文提供的可行的治疗建议框架的基础。
技术实现思路
本专利技术提供方法、组合物和试剂盒。在一个实施例中，提供一种为经诊断患有肺 癌的受试者确定可行的治疗建议的方法。所述方法包含：从所述受试者获得生物样品；使 用一组与以下各者杂交且扩增以下各者的探针来检测至少一种变异体：EGFR、ALK、R0S1、 KRAS、BRAF、ERBB2、ERRBB4、MET、RET、FGFRl、FGFR2、FGFR3、DDR2、NRAS、PTEN、MAP2KI、TP53、 STK11、CTNNBI、SMAD4、FBXW7、NOTCH I、KIT/P⑶FRA、PIK3CA、AKT1 和 HRAS 基因，从而检测至 少一种变异体；基于所检测的所述至少一种变异体，为所述受试者确定可行的治疗建议。 所述方法包含：接触来自受试者的生物样品；使用一组与以下各者杂交且扩增以 下各者的探针来检测至少一种变异体：EGFR、ALK、R0S1、KRAS、BRAF、ERBB2、ERRBB4、MET、 RET、FGFRl、FGFR2、FGFR3、DDR2、NRAS、PTEN、MAP2K1、TP53、STKl I、CTNNBl、SMAD4、FBXW7、 NOTCHl、KIT/P⑶FRA、PIK3CA、AKTl、BRAF和HRAS基因，从而检测至少一种变异体；基于所 检测的所述至少一种变异体，为所述受试者确定可行的治疗建议。 在另一实施例中，本专利技术提供一种为经诊断患有肺癌的受试者确定可行的治疗建 议的方法，其包含：使用一组与以下各者杂交且扩增以下各者的探针来检测来自受试者的 样品中的至少一种变异体：ALK、ROSl、KRAS、BRAF、ERBB2、MET、RET、FGFRl 和 KIT/PDGFRA， 从而检测至少一种变异体；基于所检测的所述至少一种变异体，为所述受试者确定可行的 治疗建议。 在其他实施例中，提供一种测定罹患肺癌的个体对治疗的反应的可能性的方法。 所述方法包含：测定从所述个体获得的样品中的至少一种基因变异体的存在或不存在，其 中所述至少一种变异体是在 EGFR、ALK、ROSl、KRAS、BRAF、ERBB2、ERRBB4、MET、RET、FGFRl、 FGFR2、FGFR3、DDR2、NRAS、PTEN、MAP2K1、TP53、STKl I、CTNNBl、SMAD4、FBXW7、NOTCHl、KIT/ P⑶FRA、PIK3CA、AKTl和HRAS基因中，其中至少一种变异体的存在指示所述个体很可能或 不大可能对所述治疗有反应，其中所述治疗是选自：克卓替尼，当所检测的所述变异体是 ALK融合体、ROSl融合体（EZR、SLC34A2、CD74和/或SDC4)、MET基因扩增时；EGFR酪氨酸 激酶抑制剂（TKI)，当所检测的所述变异体是EGFR(L858R、外显子19缺失和/或G719X)时； 非EGFR TKI治疗，当所检测的所述变异体是EGFR T790M时；MEK抑制剂，当所检测的所述 变异体是KRAS G12C/V/D/A/S/R/F、G13C、G13D和/或G12F时；维罗非尼，当所检测的所述 变异体是BRAF V600E时；不可逆泛erb抑制剂，当所检测的所述变异体是ERBB2外显子20 插入时；和PIC3CA抑制剂，当所检测的所述变异体是PIK3CA (E545K、E545G、E545a、H1047R、 E542K 和 / 或 H1047L)时。 在另一实施例中，本专利技术提供一种检测样品中的核酸变异体的方法，其包含获 得生物样品；使用引物扩增至少一种选自以下各者的基因：EGFR、ALK、R0S1、KRAS、BRAF、 ERBB2、ERRBB4、MET、RET、FGFRl、FGFR2、FGFR3、DDR2、NRAS、PTEN、MAP2K1、TP53、STKll、 CTNNB1、SMAD4、FBXW7、N0TCH1、KIT/P⑶FRA、PIK3CA、AKTl和HRAS基因，所述引物（a)扩 增至少一种选自以下各者的变异体：EGFR(L858R、外显子19缺失、G719X和/或T790M)、 KRAS(G12C/V/D/A/S/R/F、G13C、G13D和 / 或G12F)、BRAF(L597R、D594H/N、V600E)、ERBB2 外显子20插入、？11(30六伍5451(、￡5456、￡5453、1110471?和/或1110471) ;和〇3)检测所述样 品中所存在的至少一种核酸变异体。 在另一实施例中，公开一种治疗患者的肺腺癌的方法。所述方法包含：测试来自 所述患者的肺肿瘤样品中的ALK、ROSl、KRAS、BRAF、ERBB2、MET、RET、FGFRl和KIT/PDGFRA 基因中的至少一种中的变异体的存在，且向所述患者投与治疗有效量的治疗，其中所述治 疗是：克卓替尼，当所检测的所述变异体是ALK融合体、ROSl融合体（EZR、SLC34A2、CD74 和/或SDC4)或MET基因扩增时；EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKI)，当所检测的所述变异体是 EGFR(L858R、外显子19缺失和/或G719X)时；MEK抑制剂，当所检测的所述变异体是KRAS G12C/V/D/A/S/R/F、G13C、G13D和/或G12F时；维罗非尼，当所检测的所述变异体是BRAF V600E时；和不可逆泛erb抑制剂，当所检测的所述变异体是ERBB2外显子20插入时。 在另一实施例中，本专利技术提供一种鉴别符合用克卓替尼、EGFRTKI、或不是EGFR TKI的治疗、MEK抑制剂、维罗非尼或不可逆泛erb抑制剂治疗的条件的患有肺癌的患者 的方法，其包含测试来自所述患者的肺肿瘤样品的本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种为经诊断患有肺癌的受试者确定可行的治疗建议的方法，其包含：从所述受试者获得生物样品，使用一组与以下各者杂交且扩增以下各者的探针来检测至少一种变异体：EGFR、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、ERBB2、ERRBB4、MET、RET、FGFR1、FGFR2、FGFR3、DDR2、NRAS、PTEN、MAP2K1、TP53、STK11、CTNNB1、SMAD4、FBXW7、NOTCH1、KIT/PGDFRA、PIK3CA、AKT1和HRAS基因，从而检测至少一种变异体，基于所检测的所述至少一种变异体，为所述受试者确定可行的治疗建议。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：S·班德拉，D·罗斯，S·萨迪斯，P·韦恩加德，
申请(专利权)人：生命技术公司，
类型：发明
国别省市：美国;US