与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记及其组合应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记及其组合应用，所述与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记为一组分子标记，分别位于BMPR1B基因、BMP15基因、GDF9基因和FSHR基因中。本发明专利技术利用这一组分子标记可以迅速预测努比亚山羊的产羔性状，可实现努比亚山羊产羔性状的改良，大大提高了分子标记辅助选择的育种效率。

【技术实现步骤摘要】
与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记及其组合应用
本专利技术涉及一组分子标记及其组合应用，特别涉及一种与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记及其组合应用。
技术介绍
努比亚山羊原产于非洲东北部的埃及、利比亚、英国、美国等国家，东欧及南非等都有分布。我国在1995年就引入饲养，用于改良国内的山羊。努比亚山羊体型大，耐粗饲，适应性强，生长发育快，繁殖力强，遗传性能稳定，因其肉质细嫩，无膻味等特点逐渐被人们所喜爱。在生产性能方面，公羊8-10月龄、母羊6-7月龄就可以开始配种繁殖，年产1.7胎，产羔率一般为初产193％。母羔初生重2.3kg左右，双月重12.4kg左右；6月龄体重23.8kg，体高55.1cm；12月龄体重34.9kg，体高60.7cm。成年公羊体重可达到125kg；成年母羊达到80.5kg。在调入地表现出了良好的适应性和很好的生产能力，广西作为山羊传统养殖区，年出栏肉羊200多万只，努比亚山羊作为引进品种，已经在全区广泛养殖，是用来改良本地山羊的优良品种。其产出效益是本土山羊的2～3倍。努比亚山羊改良调入地母羊成效显著。加强对努比亚山羊品种的研究与保护，可以促进地方品种品质选育和改良水平的提高，对防止品种退化、保持遗传优势等具有重要的理论及现实意义。山羊的产羔性状是影响山羊养殖业的重要经济性状之一。在肉羊生产中,收入增加的25％是多羔作用的结果。国内外对山羊的产羔数研究较少，大多数都集中在对绵羊的研究上，而绵羊多羔性方面的研究几乎全部集中在寻找多羔基因与单核苷酸多态性突变上。近年来，对山羊多羔性方面的研究也逐渐兴起，其研究方法大多是借鉴绵羊研究的方法，山羊的多羔性受到基因、年龄、季节和营养等的影响,其中基因是一个重要因素。山羊多羔性状的遗传力较低，受微效基因控制。随着技术的进步，很多候选基因被发现，在生产中利用分子标记对多羔性状的基因型进行选择取得了很大进展。1991年，在Romney羊上发现了BMP15基因，随后陆续发现了BMP15基因上有6个不同的突变位点，分别为FecXI、FecXH、FecXG、FecXB、FecXL、FecXR，其中任何一个突变杂合的所有个体都具有较高的排卵数，而突变纯合个体则由于正常的卵巢卵泡发育受阻而不育。2001年，在BMPR1B基因上发现了FecB突变，该突变对的羊排卵数具有加性效应，对产羔数为部分显性效应，每增加一个拷贝就额外多排卵1.65枚，除此之外，人们陆续发现BMPR1B基因得其他20个新的突变位点，其中3个SNPs(G922T、T1043C、G192T)导致了氨基酸的改变，但没有影响产羔数。GDF9是第1个被发现由卵母细胞分泌的生长因子，其mRNA在绵羊卵泡发育的各个阶段都有表达，在剑桥羊和Belclare羊中发现GDF9基因与BMP15基因突变表型相似，GDF9基因突变杂合个体产羔数增加，纯合不育。GDF9基因对排卵率的影响要大于BMP15基因，在剑桥羊和Belclare羊上单拷贝的GDF9基因突变可增加排卵数1.4个。国内外对FSHR基因作为繁殖性状候选基因进行了一些研究，该基因直接影响到FSH激素的分泌，从而能影响到产羔性状。羊产羔性状相关的基因还有很多，但大部分都是先研究了这些基因与其它动物的繁殖力的相关性然后才在羊的产羔数上进行研究，比如ESR基因、RBP4基因、IGFs基因、IGFBP3基因、PRL基因、PRLR基因、RARG基因、VEGF基因、PROP1基因等，也有些是首先在羊上发现，但至今尚未被研究透彻的基因，比如Woodlands基因、Thoka基因、Lacaune基因、Olkuska基因、Belle-Ile基因、NZLongwool基因、SLC4A10基因、TBR1基因、SENP7基因、WDFY4基因、TMEM26基因、BICCI基因等，还有很多基因尚未被发现，这些基因都是与产羔性状相关的潜在候选基因，亟待人们对其进行研究和利用。随着科技的发展，我们可利用分子生物学技术在国内外的各个山羊品种中筛选出与产羔性状相关的候选基因，再利用确定的候选基因来研究主效基因，然后在生产上通过标记辅助选择迅速固定主基因，进行杂交，使产羔数高的优点与其他有价值的遗传特性平衡。运用标记辅助渗入技术，可能培育出多个优良性状(如产羔数多、生长快、体型大)结合于一体的新的母本群体，从而提高山羊养殖的经济效益和社会效益。然而对于山羊产羔性状，参与调控的基因数量、种类较多，基因间的互作关系对产羔性状的共同作用及影响机制复杂，因此不能仅根据单个基因的变异指导性状改良选育。目前市场上有可用于山羊的商业SNP芯片，可以通过全基因组关联分析实现全基因组分子标记的筛选及鉴定，但芯片检测成本太高，不利于实际育种中的大规模检测应用。公开于该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记及其组合应用。本专利技术提供一组与努比亚山羊产羔性状相关分子标记，分别为：(1)BMPR1B基因序列第1内含子第1664位点，该位点具有A/G碱基的变异；该位点前后100bp的序列如SEQIDNO:1所示；(2)BMP15基因序列第2外显子第480位点，该位点具有C/G碱基的变异；该位点前后100bp的序列如SEQIDNO:2所示；(3)GDF9基因序列第2外显子第421位点，该位点具有C/T碱基的变异；该位点前后100bp的序列如SEQIDNO:3所示；(4)FSHR基因序列第1外显子第6位点、第5内含子第42位点、第5内含子第266位点，均具有C/T碱基的变异；FSHR基因序列第1外显子第6位点前后100bp的序列如SEQIDNO:4所示，FSHR基因序列第5内含子第42位点前后100bp的序列如SEQIDNO:5所示，FSHR基因序列第5内含子第266位点前后100bp的序列如SEQIDNO:6所示；(5)FSHR基因序列的3’UTR第12位点，该位点具有C/A碱基的变异；该位点前后100bp的序列如SEQIDNO:7所示。本专利技术还提供了一组用于获得上述分子标记的引物，由如下引物对组成：(1)扩增BMPR1B基因序列第1内含子第1664位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:8所示，反向引物如SEQIDNO:9所示；(2)扩增BMP15基因序列第2外显子第480位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:10所示，反向引物如SEQIDNO:11所示；(3)扩增GDF9基因序列第2外显子第421位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:12所示，反向引物如SEQIDNO:13所示；(4)扩增FSHR基因序列第1外显子第6位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:14所示，反向引物如SEQIDNO:15所示；扩增FSHR基因序列第5内含子第42位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:16所示，反向引物如SEQIDNO:17所示；扩增FSHR基因序列第5内含子第266位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:18所示，反向引物如SEQIDNO:19所示；(5)扩增FSHR基因序列的3’UTR第12位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:20所示，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记，其特征在于：所述与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记为一组分子标记，分别为：(1)BMPR1B基因序列第1内含子第1664位点，该位点具有A/G碱基的变异；(2)BMP15基因序列第2外显子第480位点，该位点具有C/G碱基的变异；(3)GDF9基因序列第2外显子第421位点，该位点具有C/T碱基的变异；(4)FSHR基因序列第1外显子第6位点、第5内含子第42位点、第5内含子第266位点，均具有C/T碱基的变异；(5)FSHR基因序列的3’UTR第12位点，该位点具有C/A碱基的变异。

【技术特征摘要】
1.一种与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记，其特征在于：所述与努比亚山羊产羔性状相关的分子标记为一组分子标记，分别为：(1)BMPR1B基因序列第1内含子第1664位点，该位点具有A/G碱基的变异；(2)BMP15基因序列第2外显子第480位点，该位点具有C/G碱基的变异；(3)GDF9基因序列第2外显子第421位点，该位点具有C/T碱基的变异；(4)FSHR基因序列第1外显子第6位点、第5内含子第42位点、第5内含子第266位点，均具有C/T碱基的变异；(5)FSHR基因序列的3’UTR第12位点，该位点具有C/A碱基的变异。2.用于获得权利要求1所述分子标记的引物对，其特征在于，包括：(1)扩增BMPR1B基因序列第1内含子第1664位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:8所示，反向引物如SEQIDNO:9所示；(2)扩增BMP15基因序列第2外显子第480位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:10所示，反向引物如SEQIDNO:11所示；(3)扩增GDF9基因序列第2外显子第421位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:12所示，反向引物如SEQIDNO:13所示；(4)扩增FSHR基因序列第1外显子第6位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:14所示，反向引物如SEQIDNO:15所示；扩增FSHR基因序列第5内含子第42位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:16所示，反向引物如SEQIDNO:17所示；扩增FSHR基因序列第5内含子第266位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:18所示，反向引物如SEQIDNO:19所示；(5)扩增FSHR基因序列的3’UTR第12位点的引物对：正向引物如SEQIDNO:20所示，反向引物如SEQIDNO:21所示。3.一种鉴定或辅助鉴定努比亚山羊产羔性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取待测努比亚山羊的基因组DNA，并混合成DNA池；(2)以待测努比亚山羊的基因组DNA池为模板，利用权利要求2所述引物对分别进行PCR扩增，得到带有权利要求1所述分子标记的DNA片段；(3)对PCR扩增产物进行直接测序，通过观察测序峰图，如果扩增序列的峰图上存在叠峰，且重叠部分大于90％，则认为该位点存在多态性，否则不能认为存在多态性；(4)进一步使用时间飞行质谱进行基因分型检测，判读分子标记处的基因多态性。4.按照权利要求3所述的方法，其特征在于：步骤(1)中，从羊血中提取的基因组DNA的浓度为50ng/μL，取1.5μL...

【专利技术属性】
技术研发人员：蒋钦杨，邹辉，韦英明，
申请(专利权)人：广西大学，
类型：发明
国别省市：广西,45