金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法及其应用技术

本发明专利技术提供了一种金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法及其应用，涉及遗传学领域。该金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法，包括通过高通量测序检测SNP标记，计算遗传统计量分析比较金湖乌凤鸡群体与其他鸡种群体的遗传差异，筛选出金湖乌凤鸡的分子标记，缓解了目前金湖乌凤鸡保种效果的评价过程中缺少高效的分子生物学方法导致的金湖乌凤鸡遗传分化研究成本高、精确度低的技术问题，达到了高效快速筛选出用于评价金湖乌凤鸡保种效果的分子标记技术效果。本发明专利技术还提供了金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法和筛选出的分子标记的应用，缓解了金湖乌凤鸡研究中缺少分子生物学标记和筛选方法的技术问题。

Screening Method and Application of Molecular Markers in Jinhu Black Phoenix Chicken

The invention provides a method for screening molecular markers of Jinhu Black Phoenix Chicken and its application, which relates to the field of genetics. The screening method for molecular markers of Jinhu Black-phoenix chicken includes high-throughput sequencing for SNP markers, calculation of genetic statistics to analyze and compare the genetic differences between Jinhu Black-phoenix chicken population and other chicken populations, screening out the molecular markers of Jinhu Black-phoenix chicken, alleviating the lack of effective molecular biological methods in the evaluation process of the conservation effect of Jinhu Black-phoenix chicken. The technical problems of high cost and low accuracy in genetic differentiation research have achieved the high efficiency and rapid screening of molecular markers for evaluating the conservation effect of Jinhu Black Phoenix Chicken. The present invention also provides a screening method for molecular markers of Jinhu Black Phoenix Chicken and the application of the screened molecular markers, alleviating the technical problems of lacking molecular biological markers and screening methods in the research of Jinhu Black Phoenix Chicken.

【技术实现步骤摘要】
金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法及其应用
本专利技术涉及遗传学领域，尤其是涉及金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法及其应用。
技术介绍
金湖乌凤鸡(JinhuWufengChicken)原产于福建省泰宁县，属兼用型品种。2009年通过国家畜禽遗传资源委员会鉴定。金湖乌凤鸡饲养历史悠久，在长期的选择和驯化过程中形成了“乌皮、乌骨、乌肉”的特征，是我国家禽库中宝贵的、具有特殊经济价值的遗传资源。近年来，随着引进品种的冲击及品种保护意识的缺乏，品种已濒临灭绝。国家级地方鸡种基因库于2001年引入进行异地保护，为更好的了解和保护这一宝贵的品种资源，有必要利用现代先进的分子生物学方法重新认识这一品种。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)指基因组DNA序列中由单个核苷酸的突变引起的多态性。染色体DNA同一位置的每个碱基类型叫做一个等位位点。SNP是基因组中最常见的多态形式，具有很高的遗传稳定性。新一代测序(Next-generationsequencing，NGS)技术实现了DNA分子标记高通量检测，为从基因组水平上揭示鸡遗传进化提供了高效准确的方法。其中，全基因组重测序费用较高，600K鸡芯片仍基于商业化蛋鸡和肉鸡及非商业的远交群基因组重测序数据开发，不适于遗传多样性较为丰富的地方鸡品种资源。全基因组关联分析(genome-wideassociationanalysis，GWAS)是目前最常用的基因分析与挖掘的方法，但是其存在着不适用于品种特性的全面评价，而只针对单个形状，并且需要分离群体的缺点。自然选择和人工选择作用会在动物基因组上留下选择信号(selectionsignal)，对这些选择信号进行分析是发掘品种特性功能基因的最有效技术手段，通过多种不同类型品种基因组的比较，可在全基因组水平上对单个品种资源的特性有充分、全面的认识。目前，已经被鉴定的DNA标记在鸡基因组中的覆盖范围极小，已知的家鸡遗传多样性评价微卫星标记仅有约30个，这些位点所代表的基因组遗传变异信息量非常有限，与乌骨鸡和色素沉积相关的功能基因和针对除黑色素沉积之外的金湖乌凤鸡其它种质特性评价及功能基因发掘研究也较少，限制了遗传统计量度量的准确性。因此，快速高效低成本的筛选出能够评价金湖乌凤鸡遗传多样性的分子标记是目前有待解决的问题。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供了一种金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法，缓解了目前对金湖乌凤鸡研究中缺少高效的分子生物学方法导致的成本高、精确度低的技术问题。本专利技术的目的还在于提供了一种金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法和筛选出的分子标记的应用，缓解了金湖乌凤鸡保种效果评价过程及开发利用中缺少分子生物学标记的技术问题。为实现上述目的，特采用以下技术方案：一种金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法，所述方法包括通过高通量测序检测SNP标记，计算遗传统计量分析比较金湖乌凤鸡群体与其他鸡种群体的遗传差异，筛选出金湖乌凤鸡的分子标记。优选地，所述的高通量测序为RAD-seq。优选地，采用ddRAD建库方式构建pair-end文库；优选地，所述的文库长度范围在300～500bp。优选地，SNP质控条件包括Q20>95％、ddRADdepth>60％、所有鸡种群体中的SNPCallrate>70％、单个鸡种中的SNPCallrate>90％和MAF>0.05。优选地，所述计算遗传统计量包括计算近交系数Fis、群体分化指数Fst值、群体θπ值、核苷酸多样度Pi、观察杂合度Ho、平均基因流Nm、连锁不平衡LD和群体遗传聚类分析。优选地，所述筛选方法包括选择清除分析和基因功能富集分析。优选地，所述选择清除分析基于群体分化Fst值和群体θπ值计算。优选地，所述基因功能富集分析是基于GO和KEGG的富集分析方法。优选地，筛选出的所述金湖乌凤鸡分子标记主要富集的功能区域包括：黑色素沉积、脂肪酸代谢、就巢行为、皮肤发育和免疫力。本专利技术还提供了上述金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法和筛选出的分子标记筛选出的分子标记在如下(a1)-(a5)中的应用：(a1)个体识别；(a2)家系管理；(a3)种质资源鉴定；(a4)新品系选育；(a5)遗传多态性位点分析。与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：本专利技术提供的金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法采用了高通量测序技术检测金湖乌凤鸡中的SNP位点，包含多重分析，可对金湖乌凤鸡鸡种进行全面有效的种质分析，筛选得到金湖乌凤鸡的受选择基因作为金湖乌凤鸡种质特性的分子标记，用来评价金湖乌凤鸡保种效果，成本低，数据量丰富，检测精度高，为后续的金湖乌凤鸡的种质鉴定和保种效果的监测提供了技术保障。同时，利用品种特异性的分子标记来开展鸡种资源遗传进化研究和评价这一品种的保护状况，而不受常规的形态学标记手段及环境因素的影响，也便于对金湖乌凤鸡这一宝贵的品种资源进行开发利用。本专利技术提供的金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法和筛选出的分子标记的应用，可应用于评价金湖乌凤鸡的保种效果、品种特性评价、金湖乌凤鸡新品系的选育、遗传分化分析等领域，应用广泛。附图说明为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为本专利技术实施例1提供的金湖乌凤鸡SNP在染色体上的分布图；图2为本专利技术实施例1提供的金湖乌凤鸡和其它品种LD随距离增长的衰减图；图3为本专利技术实施例1提供的金湖乌凤鸡及其他鸡种聚类图；图4为本专利技术实施例1提供的金湖乌凤鸡受选择的基因GO注释分类统计图；图5为本专利技术实施例1提供的金湖乌凤鸡受选择基因的KEGG通路注释统计图。具体实施方式下面将结合附图对本专利技术的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所本专利技术提供了一种金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法，上述方法包括通过高通量测序检测SNP标记，计算遗传统计量分析比较金湖乌凤鸡群体与其他鸡种群体的遗传差异，筛选出金湖乌凤鸡的分子标记。传统的SNP检测方法采用PCR-单链构象多态性、毛细管电泳及变性高效液相色谱等，由于传统方法均通过凝胶电泳进行分析因此通过量受到限制，因此，本实施方式中选用高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术("Next-generation"sequencingtechnology)，全面的分析了金湖乌凤鸡与其他鸡种的SNP，通过生物信息学方法对大数据量的SNP位点进行统计分析，从而分析金湖乌凤鸡进化的方式。本专利技术提供的金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法采用了高通量测序技术检测金湖乌凤鸡中的SNP位点，包含多重分析，可对金湖乌凤鸡鸡种进行全面有效的种质分析，筛选得到金湖乌凤鸡的受选择基因作为金湖乌凤鸡种质特性的分子标记，用来评价金湖乌凤鸡保种效果，成本低，数据量丰富，检测精度高，为后续的金本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法，其特征在于，所述方法包括通过高通量测序检测SNP标记，计算遗传统计量分析比较金湖乌凤鸡群体与其他鸡种群体的遗传差异，筛选出金湖乌凤鸡的分子标记。

【技术特征摘要】
1.一种金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法，其特征在于，所述方法包括通过高通量测序检测SNP标记，计算遗传统计量分析比较金湖乌凤鸡群体与其他鸡种群体的遗传差异，筛选出金湖乌凤鸡的分子标记。2.根据权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，所述的高通量测序为RAD-seq。3.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，采用ddRAD建库方式构建pair-end文库；优选地，所述的文库长度范围在300～500bp。4.根据权利要求3所述的筛选方法，其特征在于，SNP质控条件包括Q20>95％、ddRADdepth>60％、所有鸡种群体中的SNPCallrate>70％、单个鸡种中的SNPCallrate>90％和MAF>0.05。5.根据权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，所述计算遗传统计量包括计算近交系数Fis、群体分化指...

【专利技术属性】
技术研发人员：李国辉，韩威，殷建玫，张会永，朱静，朱云芬，苏一军，盛中伟，沈海玉，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：江苏,32