用于预测对抗TNF治疗的响应的方法技术

本发明专利技术涉及基于低密度粒细胞基因或一种或多种干扰素调节的生物标志物的表达来预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的患者对抗TNF治疗的响应的方法。还提供了用于执行本发明专利技术的试剂盒以及治疗和监测对治疗的响应的相关方法。

A method for predicting response to TNF therapy

The present invention relates to a method for predicting response to TNF therapy in patients with autoimmune or immune mediated diseases based on the expression of a low density granulocyte gene or one or more interferon regulated biomarkers. A kit for carrying out the invention and a related method for treating and monitoring the response to treatment are also provided.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于预测对抗TNF治疗的响应的方法本专利技术涉及用于预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的患者对抗TNF治疗的响应的方法。类风湿性关节炎(RA)是一种全身性炎症疾病，其在英国造成超过50万成年人的残疾和差的生活质量。其还导致过早死亡。类风湿性关节炎攻击关节的滑液，导致关节囊的炎症和增厚。受影响的关节变得柔软、温暖和肿胀，并且由于关节僵硬使得运动受到限制。最常受影响的关节是手、脚和颈椎的关节，但较大关节如肩和膝也可能受到影响。许多其它器官也会受到这种病症的影响，例如眼睛、心脏、肺和皮肤。目前，风湿性关节炎被认为是遗传因素和环境因素结合的结果。该疾病是异质性的，并且对药物治疗的响应在受影响的个体之间差异很大。引入了2010美国风湿病学会(AmericanCollegeofRheumatology，ACR)和欧洲风湿病联盟(EuropeanLeagueAgainstRheumatism，EULAR)类风湿性关节炎分类标准(RheumatoidArthritisClassificationCriteria)，以便能够更好地鉴定那些可能发展慢性病症的人。该分类标准根据包括关节症状(jointinvolvement)、血清学参数(包括类风湿因子(RF)和ACPA(抗瓜氨酸蛋白抗体))、急性期反应物和关节炎持续时间的标准建立了0至10之间的点值。6分或以上的分数明确地分类为诊断为类风湿性关节炎的人。为了在发生关节破坏之前更早地诊断疾病，血清学和自身免疫诊断具有重要的权重。有许多工具可用于监测类风湿性关节炎的缓解。28关节疾病活动度评分(DiseaseActivityScoreof28joints，DAS28)被广泛用作RA疾病活动度和对象对治疗的响应的指标。使用DAS28评分，可以对受影响人的疾病活动度进行分类。类风湿性关节炎治疗旨在使疼痛和肿胀最小化，预防骨骼畸形，并保持日常的功能。用于类风湿性关节炎的前线治疗包括改善疾病的抗风湿药物(disease-modifyinganti-rheumaticdrug，DMARD)，如甲氨蝶呤。尽管许多患者对DMARD响应良好，但很大比例(约30％)未能实现充分的疾病控制。肿瘤坏死因子(TNF)参与与自身免疫和免疫介导的疾病如类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、炎性肠病、银屑病，银屑病性关节炎、化脓性汗腺炎和难治性哮喘有关的临床问题。对DMARD无响应的患者通常会被处方以生物制剂-DMARD，如抗TNF。生物制剂价格昂贵，因此在英国仅用于具有最高的疾病活动度水平(DAS28>5.1)的患者。同样，患有其它炎性关节炎如银屑病性关节炎和强直性脊柱炎的患者需要证明对一线药物无响应并且具有高疾病活动度，从而有资格接受抗TNF治疗。遗憾的是，约40％的接受抗TNF治疗的患者未能达到或保持足够的响应，并且必须采用一系列替代生物制剂-DMARD进行试错法(trialanderrorapproach)，直到能够找到合适的治疗。这种在耐药患者中实现充分疾病控制的延长的延迟对其关节造成严重和不可逆的损害，并且浪费了宝贵的医疗资源。例如，抗TNF治疗一年的治疗费用为每名患者约12,000英镑，因此给医疗护理和福利系统带来相当大的负担。由于这些原因，非常希望能够预测患者对抗TNF治疗的可能响应。Sekiguchi等人(Rheumatology200847:780-788)描述了在类风湿性关节炎的治疗中在抗TNF生物制剂英夫利昔的响应者和非响应者之间表达不同的包括OAS1、OAS2和IFIT1在内的一组基因的鉴定。WO2008/132176描述了一种用于评估患者对用于治疗类风湿性关节炎的抗TNF治疗的响应的方法，其使用包括IFI44和LY6E在内的生物标志物的增加的表达将患者归类为良好响应者。该分析对患者的滑液进行。US2009/0142769描述了通过检测选自CXCL10、C1orf29、MX1、IFIT1、IFI44、PRKR、OAS3、GBP1、IRF1、SERPING1、CXC、CXCL9、CXCl10、PSMB8、GPR105、CD64、FCGR1A、IL-1ra、TNRSF1B的至少一种干扰素诱导性基因的表达来鉴定会对抗TNF治疗具有响应的患有诸如类风湿性关节炎的疾病的患者。作者还表明，较高的IFNβ/α比率指示对抗TNF治疗的良好响应。WO2012/066536描述了对抗TNF治疗的响应者或非响应者的鉴定。指示良好响应的生物标志物包括IFIT1和IFI44的表达。对抗TNF治疗的响应者的鉴定是有用的，但是这样的方法可以鉴定那些为抗TNF治疗的良好响应者的患者。可以看出，为了更好地鉴定那些不太可能响应于抗TNF治疗的患者，其需要改进。专利技术概述第一方面，提供了一种用于预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的对象对抗TNF治疗的响应的方法，其中所述方法包括分析获自所述对象的样品以确定指示低密度粒细胞(LDG)基因的表达的靶分子的水平，其中与参考值相比所述靶分子的升高的水平预测所述对象对抗TNF治疗的不利响应。LDG基因可以是由LDG细胞特异性表达的基因。其可以是选自由AZU1、BPI、CEACAM8、CRISP3、CTSG、DEFA4、ELANE、LCN2、LTF、MMP8、MPO、RNASE2、RNASE3组成的组的一种或多种基因。第二方面，本专利技术提供了一种用于预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的对象对抗TNF治疗的响应的方法，其中所述方法包括分析获自所述对象的样品以确定指示选自由CMPK2、IFI6、RSAD2、和USP18组成的组的一种或多种干扰素调节的生物标志物的表达的靶分子的水平，其中与参考值相比所述靶分子的升高的水平预测所述对象对抗TNF治疗的有利响应。在一个实施方案中，第二方面可以还包括确定指示选自由IFFI44LLY6E、OAS1、OAS2、OAS3和IFIT1B组成的组的一种或多种干扰素调节的生物标志物的表达的靶分子的水平。第三方面，本专利技术提供了一种用于预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的对象对抗TNF治疗的响应的方法，其中所述方法包括分析获自所述对象的样品以确定以下的水平：i)指示低密度粒细胞(LDG)基因的表达的靶分子，和ii)指示选自由CMPK2、IFI6、RSAD2、USP18、IFFI44LLY6E、OAS1、OAS2、OAS3和IFIT1B组成的组的一种或多种干扰素调节的生物标志物的表达的靶分子；其中与参考值相比i)的水平没有显著升高且2)的水平升高预测所述对象对抗TNF治疗的有利响应。附图简述下面参照附图进一步描述本专利技术的实施例，其中：图1显示了Ingenuity(IPA)分析的结果。IPA预测：(A)在开始治疗前TNFi响应者中的干扰素信号传导显著上调，并且(B)CSF3(G-CSF)调节基因在TNFi响应者中下调，因此相反地在TNFi非响应者中上调，其中*＝上调，§＝下调，灰色＝无变化。图2是在来自类风湿性关节炎患者的外周血嗜中性粒细胞上进行的研究的图示。被鉴定为在原始组中的TNFi响应者和非响应者之间显著差异表达(edgeRFDR<0.05)的10种IFN相关基因和13种LDG基因的表达水平(每百万比对读段的每千碱基转录物的读段(Rea本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的对象对抗TNF治疗的响应的方法，其中所述方法包括分析获自所述对象的样品以确定指示低密度粒细胞(LDG)基因的表达的靶分子的水平，其中与参考水平相比所述靶分子的升高的水平预测所述对象对抗TNF治疗的不利响应。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.12.03 GB 1521357.21.一种用于预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的对象对抗TNF治疗的响应的方法，其中所述方法包括分析获自所述对象的样品以确定指示低密度粒细胞(LDG)基因的表达的靶分子的水平，其中与参考水平相比所述靶分子的升高的水平预测所述对象对抗TNF治疗的不利响应。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述LDG基因选自由AZU1、BPI、CEACAM8、CRISP3、CTSG、DEFA4、ELANE、LCN2、LTF、MMP8、MPO、RNASE2、RNASE3组成的组。3.根据权利要求2所述的方法，其包括确定指示两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、七种或更多种、八种或更多种、九种或更多种、十种或更多种、十一种或更多种、十二种或更多种、或十三种权利要求2的生物标志物中每一种的表达的靶分子的水平。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述参考水平是来自不具有自身免疫或免疫介导的疾病的对象的样品中所述靶分子的水平。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定指示生物标志物RNASE3和任选的RNASE2的表达的靶分子的水平。6.根据权利要求5所述的方法，其中RNASE3的升高的水平为相对于参考值至少0.75、1或1.2倍或更多差异。7.一种用于预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的对象对抗TNF治疗的响应的方法，其中所述方法包括分析获自所述对象的样品以确定指示选自由CMPK2、IFI6、RSAD2和USP18组成的组的一种或多种干扰素调节的生物标志物的表达的靶分子的水平，其中与来自不具有自身免疫或免疫介导的疾病的对象的样品中所述靶分子的水平相比所述靶分子的升高的水平预测所述对象对抗TNF治疗的有利响应。8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定指示选自由IFFI44LLY6E、OAS1、OAS2、OAS3和IFIT1B组成的组的一种或多种干扰素调节的生物标志物的表达的靶分子的水平。9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种或六种靶分子的水平，每种靶分子指示选自由IFFI44L、LY6E、OAS1、OAS2、OAS3和IFIT1B组成的组的不同生物标志物的表达。10.根据权利要求1所述的方法，其包括预测患有自身免疫或免疫介导的疾病的对象对抗TNF治疗的响应，其中所述方法包括分析获自所述对象的样品以确定以下的水平：i)指示选自由AZU1、BPI、CEACAM8、CRISP3、CTSG、DEFA4、ELANE、LCN2、LTF、MMP8、MPO、RNASE2、RNASE3组成的组的生物标志物的表达的靶分子；ii)指示选自由CMPK2、IFI6、RSAD2、USP18、IFFI44LLY6E、OAS1、OAS2、OAS3和IFIT1B组成的组的一种或多种干扰素调节的生物标志物的表达的靶分子；其中与来自不具有自身免疫或免疫介导的疾病的对象的样品中所述靶分子的水平相比i)的水平没有显著升高且ii)的水平升高预测所述对象对抗TNF治疗的有利响应。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述方法包括确定CMPK2、IFI44L、IFIT1B和RNASE3的水平。12.根据权利要求11所述的方法，其包括确定i)指示AZU1、BPI、CEACAM8、CRISP3、CTSG、DEFA4、ELANE、LCN2、LTF、MMP8、MPO、RNASE2、RNASE3中每一种的表达的靶分子的水平以提供预测对抗TNF治疗无响应的基因信号，和ii)指示CMPK2、IFI6、RSAD2、USP18、IFFI44LLY6E、OAS1、OAS2、OAS3和IFIT1B中每一种的表达的靶分子的水平以提供预测对抗TNF治疗响应的基因信号。13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中自身免疫或免疫介导的疾病选自由类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、炎性肠病、血管炎、幼年型皮肌炎、硬皮病、克罗恩氏病、溃疡性结肠炎、银屑病和系统性红斑狼疮组成的组。14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中抗TNF治疗选自由抑制TNF的蛋白质、抗体、抗体片段、融合蛋白(例如Ig融合蛋白或Fc融合蛋白)、多价结合蛋白(例如，DVDIg)、小分子TNF拮抗剂和类似的天然或非天然存在的分子，和/或其重组和/或工程改造形式。15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述抗TNF治疗选自由单克隆抗体，例如英夫利昔单抗(Remicade)、阿达木单抗(Humira)、塞妥珠单抗(Cimzia)和戈利木单抗(Simponi)；循环受体融合蛋白，例如依那西普(Enbrel)；和简单分子，例如黄嘌呤衍生物(例如己酮可可碱和安非他酮)。16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是全血样品。17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是嗜中性粒细胞部分，优选纯化的嗜中性粒细胞部分。18.根据权利要求7和当从属于权利要求7时的权利要求8至17中任一项所述的方法，其中对抗TNF治疗的有利响应包括疼痛、炎症、肿胀、僵硬的降低，活动度提高，疾病进展的时间减少，缓解的时间增加。19.根据权利要求7和当从属于权利要求7时的权利要求8至17中任一项所述的方法，其中所述疾病是类风湿性关节炎，并且有利响应是在开始抗TNF治疗后第12周时DAS28的变化大于或等于0.8，优选大于或等于1，且更优选大于或等于1.2，和/或在开始抗TNF治疗后第12周时DAS28小于或等于3.2。20.根据权利要求1至6和当从属于权利要求1至6时...

【专利技术属性】
技术研发人员：海伦·路易丝·赖特，罗伯特·约翰·穆特，史蒂文·威廉·爱德华，
申请(专利权)人：利物浦大学，
类型：发明
国别省市：英国,GB