一种遗传图谱的标记校正方法及装置制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种遗传图谱的标记校正方法及装置，其中的方法包括：根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分，获得拆分结果，其中，所述待校正的遗传图谱为CP群体，所述CP群体包含至少两种标记类型；根据所述拆分结果，对子代的标记来源进行判断，获得判断结果；根据所述判断结果，判断所述子代位点的标记是否有误；如果有误，则对所述子代位点的标记进行校正。本发明专利技术解决了现有技术无法对包含多种类型标记的遗传图谱进行校正的技术问题。

【技术实现步骤摘要】
一种遗传图谱的标记校正方法及装置
本专利技术属于生物化学
，尤其涉及一种遗传图谱的标记校正方法及装置。
技术介绍
遗传图谱即遗传连锁图谱，是基因组研究中的一个重要组成部分，它是指基因组中基因以及专一的多态性标记之间相对位置的图谱。目前在遗传图谱构建过程中主要的两种标记校正方法为Smooth算法(平滑处理算法)与Maskov算法，上述两种算法只能对单一的标记类型进行校正，而利用CP群体构建遗传图谱在基因组组装和性状定位方面都有非常重要的作用，CP群体的图谱构建相较于其他群体会有更多类型的标记，例如常用的标记类型为lm*ll、nn*np、hk*hk，从而采用现有的标记校正方法无法对包含多种类型标记的遗传图谱进行校正。可见，现有技术存在无法对包含多种类型标记的遗传图谱进行校正的技术问题。
技术实现思路
本专利技术提供了一种遗传图谱的标记校正方法及装置，用以解决现有技术无法对包含多种类型标记的遗传图谱进行校正的技术问题。本专利技术第一方面提供了一种遗传图谱的标记校正方法，所述方法包括：根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分，获得拆分结果，其中，所述待校正的遗传图谱为CP群体，所述CP群体包含至少两种标记类型；根据所述拆分结果，对子代的标记来源进行判断，获得判断结果；根据所述判断结果，判断所述子代位点的标记是否有误；如果有误，则对所述子代位点的标记进行校正。可选地，所述方法还包括：在所述根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分之前，去除完全相同的标记，并在校正完成后将所述完全相同的标记补回遗传图谱中。可选地，所述根据所述判断结果，判断所述子代位点的标记是否有误，包括：判断所述子代位点的标记的D值是否高于阈值；如果高于阈值，则所述位点的标记有误。可选地，所述对所述子代位点的标记进行校正，包括：根据所述子代位点的标记与相邻位点的基因型之间的关系，对所述子代位点标记的基因型进行推断，获得推断结果；基于所述推断结果，对所述子代位点标记进行校正。可选地，在所述对所述子代位点的标记进行校正之后，所述方法还包括：将新的构图数据与校正后的位点信息进行统计后输出，并进一步重新构图，获得构图结果。可选地，在所述将新的构图数据与校正后的位点信息进行统计后输出并进一步构图之后，所述方法还包括：判断所述构图结果是否合格；如果不合格，则对所述构图结果进行再次校正。可选地，在所述将新的构图数据与校正后的位点信息进行统计后输出并进一步构图之后，所述方法还包括：重新调整阈值；并基于调整后的阈值对所述构图结果进行再次校正。基于同样的专利技术构思，本专利技术第二方面提供了一种遗传图谱的标记校正装置，所述装置包括：拆分模块，用于根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分，获得拆分结果，其中，所述待校正的遗传图谱为CP群体，所述CP群体包含至少两种标记类型；来源判断模块，用于根据所述拆分结果，对子代的标记来源进行判断，获得判断结果；标记判断模块，用于根据所述判断结果，判断所述子代位点的标记是否有误；校正模块，用于当所述子代位点的标记是否有误时，对所述子代位点的标记进行校正。可选的，所述装置还包括：去除模块和补回模块，其中，所述去除模块用于在所述根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分之前，去除完全相同的标记，所述补回模块用于在校正完成后将所述完全相同的标记补回遗传图谱中。可选的，所述标记判断模块用于：判断所述子代位点的标记的D值是否高于阈值；如果高于阈值，则所述位点的标记有误。可选的，所述校正模块还用于：根据所述子代位点的标记与相邻位点的基因型之间的关系，对所述子代位点标记的基因型进行推断，获得推断结果；基于所述推断结果，对所述子代位点标记进行校正。可选的，所述装置还包括构图模块，用于在所述对所述子代位点的标记进行校正之后：将新的构图数据与校正后的位点信息进行统计后输出，并进一步重新构图，获得构图结果。可选的，所述装置还包括第一处理模块，用于在所述将新的构图数据与校正后的位点信息进行统计后输出并进一步构图之后：判断所述构图结果是否合格；如果不合格，则对所述构图结果进行再次校正。可选的，所述装置还包括第二处理模块，用于在所述将新的构图数据与校正后的位点信息进行统计后输出并进一步构图之后，所述方法还包括：重新调整阈值；并基于调整后的阈值对所述构图结果进行再次校正。本专利技术实施例中提供的一个或多个技术方案，至少具有如下技术效果或优点：本专利技术提供的遗传图谱的标记校正方法，通过对待校正的遗传图谱进行排序后的基因型分布结果和所述标记类型对亲本的四条同源染色体进行拆分，获得拆分结果；并根据所述拆分结果，对子代的标记来源进行判断，从而可以得到子代标记的来源，然后根据判断结果判断所述子代位点的标记是否有误；如果有误，则对所述子代位点的标记进行校正。由于本专利技术提供的方法可以对包含多种标记类型的CP群体进行拆分，然后针对拆分后的部分进行来源判断以及错误的子代位点标记的判断，并进行校正，从而可以实现对包含多种标记类型的CP群体的标记进行校正，并且通过对错误的位点标记进行校正，保证了标记的准确度。解决了现有技术无法对包含多种类型标记的遗传图谱进行校正的技术问题。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为本专利技术实施例中遗传图谱的标记校正方法的流程图；图2为本专利技术实施例中排序后的遗传图谱基因型分布结果示意图；图3为图2的拆分结果图示意图；图4为图3的来源结果判断示意图；图5为图4的校正结果示意图；图6为完全相同标记示意图；图7为本专利技术实施例中遗传图谱的标记校正装置的结构图(这里面的排序模块不是我的)；具体实施方式本专利技术提供了一种遗传图谱的标记校正方法及装置，用以解决现有技术无法对包含多种类型标记的遗传图谱进行校正的技术问题。本申请实施例中的技术方案，总体思路如下：一种遗传图谱的标记校正方法，其特征在于，所述方法包括：根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分，获得拆分结果，其中，所述待校正的遗传图谱为CP群体，所述CP群体包含至少两种标记类型；根据所述拆分结果，对子代的标记来源进行判断，获得判断结果；根据所述判断结果，判断所述子代位点的标记是否有误；如果有误，则对所述子代位点的标记进行校正上述方法中，由于可以对包含多种标记类型的CP群体进行拆分，然后针对拆分后的部分进行来源判断以及错误的子代位点标记的判断，并进行校正，从而可以实现对包含多种标记类型的CP群体的标记进行校正，并且通过对错误的位点标记进行校正，保证了标记的准确度。解决了现有技术无法对包含多种类型标记的遗传图谱进行校正的技术问题。为使本本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种遗传图谱的标记校正方法，其特征在于，所述方法包括：根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分，获得拆分结果，其中，所述待校正的遗传图谱为CP群体，所述CP群体包含至少两种标记类型；根据所述拆分结果，对子代的标记来源进行判断，获得判断结果；根据所述判断结果，判断所述子代位点的标记是否有误；如果有误，则对所述子代位点的标记进行校正。

【技术特征摘要】
1.一种遗传图谱的标记校正方法，其特征在于，所述方法包括：根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分，获得拆分结果，其中，所述待校正的遗传图谱为CP群体，所述CP群体包含至少两种标记类型；根据所述拆分结果，对子代的标记来源进行判断，获得判断结果；根据所述判断结果，判断所述子代位点的标记是否有误；如果有误，则对所述子代位点的标记进行校正。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：在所述根据对待校正的遗传图谱进行排序后获得的基因型分布结果和所述待校正的遗传图谱的标记类型，对亲本的四条同源染色体进行拆分之前，去除完全相同的标记，并在校正完成后将所述完全相同的标记补回遗传图谱中。3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述判断结果，判断所述子代位点的标记是否有误，包括：判断所述子代位点的标记的D值是否高于阈值；如果高于阈值，则所述位点的标记有误。4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对所述子代位点的标记进行校正，包括：根据所述子代位点的标记与相邻位点的基因型之间的关系，对所述子代位点标记的基因型进行推断，获得推断结果；基于所述推断结果，对所述子代位点标记进行校正。5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述对所述子代位点的标记进行校正之后，所述方法还包括：将新的构图数据与校正后的位点信息进行统计后输出，并进一步重新构图，获得构图结果。6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘致浩，
申请(专利权)人：江汉大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42