本发明专利技术公开了一组评估乳腺癌分子分型基因群及其检测试剂盒。所述评估乳腺癌分子分型基因群是由216个基因组成的基因群。本发明专利技术还公开了一种评估乳腺癌分子分型基因群的检测试剂盒，所述检测试剂盒包括可以检测所述评估乳腺癌分子分型和癌症复发风险的基因群中的基因的引物。本发明专利技术采用Illumina的二代测序技术DASL-Seq对癌症组织进行表达谱检测，并以此为基础对中国妇女的乳腺癌病例进行五类分子分型：1)管腔A型、2)管腔B型、3)HER2富集型、4)基底细胞型和5)类似正常细胞型，同时结合增殖和免疫指数计算癌症复发风险，预测10年内复发的可能性，以此指导乳腺癌个体化治疗。
【技术实现步骤摘要】
-组评估乳腺癌分子分型基因群及其检测试剂盒
本专利技术属于生物
，具体涉及一组评估乳腺癌分子分型基因群及其检测试 剂盒。
技术介绍
乳腺癌在都市人群中的发病率自20世纪80年代末开始一直呈上升趋势，已渐渐 成为对都市女性威胁最大的恶性肿瘤。最新调查结果显示：目前上海每年新发乳腺癌的病 人已经超过4500人，发病率高居全国榜首。每300名上海女性中，就有1名患乳腺癌。就全 国来说，每年大约有30万女性乳腺癌新发病例，并以每年2-3%的比例在上升。美国2013 年数据显示，1期乳腺癌的生存率到达100 %，2期达到93 %，3期达到72 %，1990-2007年期 间，美国乳腺癌的死亡率以每年2. 2%的速度下降，与此同时，中国的乳腺癌死亡率却上升 了 155%。导致这个差距的重要原因之一是，美国80%的乳腺癌诊断于早期，而中国只有大 约20%的乳腺癌患者诊断于早期。对乳腺癌患者的个性化管理，将是提升乳腺癌患者生存 率的一大关键点。 乳腺癌并非一个简单的单一疾病，而是包括了多种具有不同细胞来源、体细胞突 变和病因的肿瘤亚型。因此，乳腺癌病人的病程会有极大差别。常规临床上常用分期、分级 结合激素受体状态来显示这些差异）。遗憾的是这些参数对疾病结果的预测能力有限，所 以乳腺癌病人常常面临如何选择系统的治疗方案的难题。原发性乳腺癌的基因表达分析 揭示了肿瘤内在的异质性，而且作为一种新的分子分型方法弥补了现有标准分级的不足。 斯坦福大学前期应用基因表达谱划分的五种乳腺癌亚型是来源于两类功能完全不同的细 胞类型，基底细胞和管腔上皮细胞（Perou，C.M·，T. Sorlie，et al. 2000 ;Hu，Z.，C. Fan, et al. 2006)。这一分类是基于一种本征分析，为一种统计方法，可以发现同一肿瘤内表达 差异很小而不同肿瘤间表达差异很大的基因。这些基因可以最好地反映出肿瘤的本征和固 有特性。而基因表达的检测则是亚型分型的最佳方法。目前，基于基因表达对乳腺癌进行 分型和预后分析的产品主要有Genomic Health的Oncotype Dx，Agendia的MammaPrint以 及 Prosigna 的 PAM50。 Oncotype DX是针对早期、雌激素受体阳性乳腺癌患者复发的危险性以及化疗是 否对患者有一的一种检测。Oncotype DX采用定量PCR的方法，通过分析肿瘤组织中21个 基因的表达来计算出一个癌症复发风险。复发指数是一个0到100之间的数值，以此预 测初期诊断后10年复发的危险。通过对患者危险度进行低、中、高分类，帮助医生和病人决 定治疗方案，尤其是是否需要化疗或仅需内分泌治疗，以避免过度治疗。 MammaPrint是评估乳腺癌是否会转移到身体其他部位的一种检测。也可以帮助医 生判断化疗是否对患者有益。MammaPrint采用基因芯片的方法检测肿瘤组织中70个乳腺 癌相关基因表达。2007年2月，美国FDA批准了 MammaPrint可用于对淋巴结阴性、雌激素 受体阴性或阳性且肿瘤小于5厘米的任何年龄的乳腺癌患者进行检测。 PAM50同样是用于评估乳腺癌10年内远处转移的危险性的一种检测。PAM50米用 NanoString nCounter? Dx分析系统检测55个基因表达水平，结合增殖系数、肿瘤体积和 其他一些临床变量来计算Prosigna分数（0-100)，以此预测复发危险及内分泌治疗或联合 治疗效果。PAM50适用于淋巴结阴性和阳性、HER2阴性患者的评估，目前已获得美国FDA批 准。 现有的乳腺癌基因表达分子分型的方法仍然存在着一些缺陷和不足。首先，现最 为重要的缺陷在于由于缺乏有效的分析手段，无法识别乳腺癌预后及治疗效果密切相关的 免疫调控基因并将其纳入分析系统，使最终的分型评分系统有一定局限性，尤其是结果不 能配合指导目前日益受到重视的肿瘤细胞免疫治疗方案。其次，以上所有测试体系的研发 均在美国或欧洲进行，所纳入的病例种族绝大多数为高加索人、少量非洲人和极少数的亚 洲人，中国人对测试体系的敏感性和特异性尚未得到有效验证。第三，每种检测体系在敏感 度、检测能力都有一定局限性。第四、所有检测的检测成本均相对较高，不适合当前我国的 经济条件。第五，目前的测试方法只提供复发指数给医生作为参考，没有明确提供分子分型 的结果。实际上分子分型可以进一步指导治疗方案。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是针对目前评估乳腺癌分子分型基因群的方法较为 局限，特别是针对亚洲人群和中国人群的评估乳腺癌分子分型基因群的研究非常有限，现 有的评估方法检测的敏感性和特异性有待验证且成本较高患者花费过高的缺陷，提供了一 组评估乳腺癌分子分型基因群及其检测试剂盒。 本专利技术提供一组评估乳腺癌分子分型基因群，所述评估乳腺癌分子分型基因群包 含216个所评估乳腺癌分子分型基因群如表1所示。 更佳地，所述评估乳腺癌分子分型基因群包含60个基因，所述评估乳腺癌分子分 型基因群如表3所示。 本专利技术提供一种评估乳腺癌分子分型的检测试剂盒，所述检测试剂盒包括：扩增 本专利技术所述评估乳腺癌分子分型基因群的引物。 其中，所述的引物为本领域常规的引物，所述引物较佳地为基因专一性高的合成 寡聚核苷酸片段，只要能与本专利技术所述评估乳腺癌分子分型基因群中的基因部分序列互 补，并扩增出本专利技术所述评估乳腺癌分子分型基因群的基因即可。较佳地，所述引物的序列 如表2或表3所示。较佳地，所述引物的序列如序列表中SEQ ID NO. 1?SEQ ID NO. 10所 示。所述引物的制备方法为本领域常规制备方法，较佳地为人工合成。 其中，所述的检测试剂盒较佳地还包括：总RNA抽提试剂、逆转录试剂和/或二代 测序试剂。 其中，所述总RNA抽提试剂为本领域常规的总RNA抽提试剂。 其中，所述的逆转录试剂是本领域常规的逆转录试剂，较佳地包括dNTP溶液和/ 或RNA逆转录酶。 其中，所述二代测序试剂为本领域常规使用的试剂，只要能够满足对所得序列进 行二代测序的要求即可。所述二代测序试剂较佳地为市售可得。所述的二代测序为本领域 常规的二代测序，较佳地，为DASL-Seq技术。所述的二代测序试剂较佳地还包括可供构建 RASL-seq的文库的试剂。 本专利技术所述的检测试剂盒较佳地还包括从检测对象提取检测样本的器械；更佳 地，还包括从检测对象或肿瘤患者体内提取组织或血液的器械，所述器械较佳地为任何能 用于取血的釆血针、注射器等。 本专利技术所述的检测样本较佳地为来自检测对象的组织，只要能从检测样本中抽提 检测对象的总RNA即可。所述检测样本较佳地为组织样本、血液、血浆和体液中的一种或几 种，更佳地为组织样本，更佳地为石蜡组织样本，优选地为肿瘤细胞含量高的组织。 本专利技术所述检测试剂盒的使用方法，其包括以下步骤： (1)利用本专利技术所述检测试剂盒提取检测对象的总RNA(total RNA); (2)将纯化的RNA反转录为cDNA，然后制成可供二次测序的文库； (3)对步骤⑵所得DNA测序文库进行测序即得。 其中，步骤（1)所述的本文档来自技高网...
【技术保护点】
一组评估乳腺癌分子分型基因群，其特征在于，所述评估乳腺癌分子分型基因群是由216个基因组成的基因群，所述基因群如表1所示。
【技术特征摘要】
1. 一组评估乳腺癌分子分型基因群，其特征在于，所述评估乳腺癌分子分型基因群是 由216个基因组成的基因群，所述基因群如表1所示。2. -组评估乳腺癌分子分型基因群，其特征在于，所述评估乳腺癌分子分型基因群是 由60个基因组成的基因群，所述基因群如表3所示。3. -种评估乳腺癌分子分型基因群的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包括： 扩增权利要求1或权利要求2所述评估乳腺癌分子分型基因群的基因的引物。4. 如权利要求3所述的检测试剂盒，其特征在于，所述引物的序列如表2或表3所示。5. 如权利要求3所述的检测试剂盒，其特征在于，所述引物的序列如序列表中SEQ ID NO. 1 ?SEQ ID NO....
【专利技术属性】
技术研发人员：周彤，
申请(专利权)人：周彤，胡志元，周伟庆，
类型：发明
国别省市：上海;31
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。