一种Gromacs软件的性能测试方法技术

本发明专利技术提出一种Gromacs软件的性能测试方法，使用配置的不同编译器、数学库以及编译参数对Gromacs软件进行编译，对编译后的Gromacs软件执行模拟测试并收集编译性能数据，执行编译性能对比，选择编译性能最优的编译器、数学库和编译参数设置，再调整nPME参数，进行Gromacs软件的后续优化。所述方法能够提高Gromacs软件运行效率。

【技术实现步骤摘要】
一种Gromacs软件的性能测试方法
本专利技术涉及计算机
，具体涉及一种Gromacs软件的性能测试方法。
技术介绍
GROMACS软件是主要用来进行分子动力学模拟的一个通用开源程序包，可以模拟数百个到数百万个规模粒子系统运动的牛顿方程组。它主要用来模拟蛋白质和脂质这样的生物分子，也可以用来研究诸如聚合物等非生物分子体系。GROMACS软件支持目前常见的几乎所有分子动力学算法，包括各种热浴、压浴以及静电相互作用计算等等。GROMACS软件应用非常广泛，但是随着计算机规模的不断增大，计算平台不断更新以及模拟体系不断增大，大家对计算效率的愈加重视，但是目前还没有人对gromacs的优化提出系统全面的方案。
技术实现思路
本专利技术提出一种Gromacs软件的性能测试方法，以提高软件运行效率，所述方法包括：步骤1：配置硬件平台、编译器、数学库和编译参数；步骤2：使用配置的不同编译器、数学库以及编译参数对Gromacs软件进行编译，对编译后的Gromacs软件执行模拟测试并收集编译性能数据；步骤3：执行编译性能对比，选择编译性能最优的编译器、数学库和编译参数设置；步骤4：调整nPME参数，进行Gromacs软件的后续优化。本专利技术的有益效果是提高Gromacs软件运行效率。附图说明图1是本专利技术提出的一种Gromacs软件的性能测试方法的流程图。图2是本专利技术提出的方法对nPME参数优化原理图。具体实施方式参照图1，图1示出了本专利技术提出的方法的流程图，所述方法包括如下步骤：步骤1：配置硬件平台、编译器、数学库和编译参数。步骤2：使用不同编译器和编译参数配置对Gromacs软件进行编译。本步骤中可以使用不同编译器和编译参数对Gromacs软件进行编译，例如首先使用GNU编译器，fft数学库对Gromacs软件进行编译，编译参数使用默认值；编译完成，进行分子动力学模拟；收集编译性能数据；然后再使用INTEL编译器，MKL数学库进行Gromacs软件的编译，编译参数如下：-DCMAKE_C_COMPILER=mpiicc-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpiicpc-DGMX_MPI=ON-DGMX_GPU=OFF-DGMX_DOUBLE=ON-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF-DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON-DCMAKE_C_FLAGS="-ipxAVX-funroll-all-loops-static-O3"-DCMAKE_EXE_LINKER_FLAGS="-L/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64/-lmkl_intel_lp64-lmkl_intel_thread-lmkl_core；编译完成后，进行分子动力学模拟；收集编译性能数据。步骤3：执行编译性能对比，选择编译性能最优的编译器、数学库和编译参数设置。例如通过对比GNU/INTEL编译器的编译性能差异，GNU编译出的GROMACS性能较intel编译器低10%左右，则使用INTEL编译器、MKL数学库和相应编译参数进行后续运行参数优化测试。步骤4：调整nPME参数，进行Gromacs软件的后续优化。在GROMACS中通常使用PME（Particle-meshEwald），P3M（Particle-Particle-ParticleMesh），Worf等方法处理全局相互作用，采用Ewald加和方法来处理的长程相互作用时，gromacs软件可以通过nPME参数来指定专门用于进行PME计算节点的数目，其余节点进行PP（particle-particle）处理，这样就会将参与计算的计算节点划分为两部分，因此nPME参数的设置对运行效率影响较大。Gromacs软件在运行时会默认分配nPME，我们在测试时参照默认值在其左右浮动，经过大量测试总结nPME的选择规律，图2示出了这一过程。当然，本专利技术还可有其他多种实施例，在不背离本专利技术精神及其实质的情况下，熟悉本领域的技术人员当可根据本专利技术作出各种相应的改变和变形，但这些相应的改变和变形都应属于本专利技术的权利要求的保护范围。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种Gromacs软件的性能测试方法，其特征在于，所述方法包括：步骤1：配置硬件平台、编译器、数学库和编译参数；步骤2：使用配置的不同编译器、数学库以及编译参数对Gromacs软件进行编译，对编译后的Gromacs软件执行模拟测试并收集编译性能数据；步骤3：执行编译性能对比，选择编译性能最优的编译器、数学库和编译参数设置；步骤4：调整nPME参数，进行Gromacs软件的后续优化。

【技术特征摘要】
1.一种Gromacs软件的性能测试方法，其特征在于，所述方法包括：步骤1：配置硬件平台、编译器、数学库和编译参数；步骤2：先使用GUN编译器、FFT数学库对Gromacs软件进行编译，编译参数使用默认值；编译完成后，对编译后的Gromacs软件执行模拟测试并收集编译性能数据；然后再使用INTEL编译器、MKL数学库进行Gromacs软件的编译，编译完成后，对编译后的Gromacs软件执行模拟测试并收集编译性能数据；其中，使用INTEL编译器、MKL数学库进行Gromacs软件的编译的编译参数如下：-DCMAKE_C_COMPILER＝mpiicc-DCMAKE_CXX_COMPILER＝mpiicpc-DGMX_MPI＝ON-DG...

【专利技术属性】
技术研发人员：金莲，
申请(专利权)人：浪潮北京电子信息产业有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11