诊断和治疗具有或发展对于第一种癌症治疗的抗性的患者中的癌症的方法技术

提供了鉴定具有可能获益于用组合疗法的治疗的癌症的受试者的方法，所述组合疗法利用RAF抑制剂和第二种抑制剂。还提供了治疗在有此需要的受试者中的癌症的方法，并且包括给受试者施用有效量的RAF抑制剂和有效量的第二种抑制剂，其中所述第二种抑制剂是MEK抑制剂、CRAF抑制剂、CrkL抑制剂或TPL2/COT抑制剂。还提供了鉴定赋予对于第一种抑制剂的抗性的激酶靶的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】相关申请 本申请根据35 U.S.C. §119 (e)要求下述临时美国专利申请序列号的提交日期的利益于2010年3月9日提交的61/312，193 ;于2010年3月10日提交的61/312，519 ;于2010年4月20日提交的61/326，021 ;和于2010年11月19日提交的61/415，569，所有这些在此整体引入作为参考。联邦赞助的研究或开发 本专利技术在由美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)授予的联邦授权号K08 CA115927和1DP20D002750下由政府支持进行。政府在本专利技术中拥有一定权利。背景 丝氨酸/苏氨酸激酶B-RAF(也称为BRAF)中的致癌突变在50 - 70%的恶性黑素瘤中发现。(Davies, H.等k，Nature 417,949 - 954 (2002)。)临床前研究已证实 B-RAF (V600E)突变预测对黑素瘤中的丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号传导级联的依赖性(Hoeflich，K.P.等}Cancer Res. 69,3042 - 3051(2009)；McDermott,U.等人Natl Acad. Sc1.USA 104,19936 - 19941 (2007)；Solit,D. B.等人 BRAF mutation predicts sensitivityto MEK inhibition. Nature 439,358 - 362 (2006)；ffan,P. T.等k，Cell 116,855 - 867(2004) ；ffellbrock, C.等人，Cancer Res. 64,2338 - 2342 (2004))—已通过 RAF 或 MEK抑制剂在临床试验中的成功得到验证的观察(Flaherty, Κ. T.等人，Λ Engl. J. Med.363,809 - 819 (2010) ; Infante，J. R.等人，7； Clin. Oncol. 28 (suppl. ；,2503 (2010)；Schwartz, G. K.等人，J Clin . Oncol. 27 (suppl. ), 3513 (2009)。)然而，对革巴向抗癌治疗的临床应答频繁地被从新或获得的抗性挫败。(Engelman, J. A.等人，Science 316,1039 - 1043 (2007)；Gorre,M. E.等k,Science 293,876 - 880 (2001)；Heinrich,M. C.等人，7； Clin. Oncol. 24，4764 - 4774 (2006) ;Daub，Η·，Specht，K. & Ullrich, A. NatureRev. Drug Discov. 3，1001 - 1010 (2004)。)相应地，存在用于以阐明用于有效长期治疗策略的“可用药物控制的(druggable)”靶的方式鉴定抗性机制的新方法，鉴定可能获益于治疗策略的患者的新方法，和用有效的长期治疗策略治疗患者的方法的需要。概述 本专利技术涉及在癌症治疗中对治疗剂的抗性的发展和赋予对癌症治疗的抗性的靶的鉴定。本专利技术还涉及用于促进有效的长期治疗策略的平行药物靶的鉴定且鉴定将获益于此类治疗的患者。相应地，在一个方面，提供了鉴定具有可能获益于用组合疗法的治疗的癌症的受试者的方法，所述组合疗法利用RAF抑制剂和第二种抑制剂。该方法包括测定得自受试者的癌细胞中选自下述的一种或多种激酶靶的基因拷贝数、mRNA或蛋白质水平或磷酸化MAP3K8 rTPL2/C0T)、似/7 (m、CRKL (CrkL)1^ft (Vgr),PRKCE ^Prkce),PRKCH TPrkch),ERBB2 rErbB2), AXL ΓΑχΙ)或(Pak3)。该方法进一步包括比较基因拷贝数、mRNA或蛋白质水平或磷酸化与得自不含癌症的受试者的细胞中靶激酶的基因拷贝数、mRNA或蛋白质水平或磷酸化，并且将相对于不含癌症的受试者的细胞，在癌细胞中靶激酶的增加的基因拷贝数或mRNA表达中的改变或蛋白质过表达或磷酸化与具有可能获益于用组合疗法的治疗的癌症的受试者关联。在另一个方面，提供了治疗在有此需要的受试者中的癌症的方法。该方法包括给受试者施用有效量的RAF抑制剂和有效量的第二种抑制剂，其中所述第二种抑制剂是MEK抑制剂或TPL2/C0T抑制剂。在另一个方面，提供了鉴定赋予对于第一种抑制剂的抗性的激酶靶的方法。该方法包括培养对于第一种抑制剂具有敏感性的细胞且在细胞培养物中表达多个激酶ORF克隆，每种细胞培养物表达不同的激酶ORF克隆。该方法进一步包括使每种细胞培养物暴露于抑制剂，且鉴定在暴露于抑制剂后具有大于对照细胞培养物的生存的细胞培养物，以鉴定赋予对于第一种抑制剂的抗性的激酶ORF克隆。附图简述 附图说明图1举例说明基于ORF的功能筛选，其鉴定COT和C - RAF激酶作为对于B - RAF抑制的抗性的驱动物。(a)CCSB/Broad Institute激酶ORF集合的示意性概述。指出了激酶分类和每个分类的激酶数目；(b)表达CCSB/Broad Institute激酶ORF集合的A375细胞就在ΙμΜ PLX4720中的相对生存测定，且针对组成性活化的MEKl (MEKlDD)标准化。九个ORFs (圆圈)评分距所有ORFs平均值(虚线，44. 26%)的2个标准差(虚线，58. 64%) ; (c)所示ORFs在5个B - RAFv600e细胞系中表达，且用DMSO或I μ M PLX4720处理。在4天后定量生存(相对于DMSO)。误差条代表在重复(n=6)之间的标准差；(d)在A375和SKMEL28中的二次筛选对跨越多点PLX4720浓度标度的前9个候选ORFs区分优先次序。图2举例说明经由MAPK途径活化对于B -RAF抑制的抗性。(a)所示ORFs在A375中表达。磷酸化MEK和ERK的水平在用DMSO (-)或PLX4720 (所示浓度)18小时处理后进行测定；(b)表达所示ORFs的A375的增殖。误差条代表在重复(n=6)之间的标准差。(c)在来自表达所示ORFs的A375的裂解产物中的C - RAF (S338)和ERK磷酸化。(d)在来自表达BRAFV600E或空载体的永生化原代黑素细胞的裂解产物中的COT表达。COT mRNA具有内部起始密码子(30M)，导致不同长度的两种蛋白质产物；由箭头指出的氨基酸1-467或30 -467。(e)相对于对照shRNA (shLuc)，在shRNA介导的B -RAF缺失(shBRAF)后，在来自表达所示ORFs的A375的裂解产物中的COT和ERK磷酸化。(f)在用DMSO (-)或Iμ M PLX4720 ( + ) 18小时处理后，在来自在shRNA介导的C-RAF缺失(shCRAF)后表达所示ORFs的A375的裂解产物或对照shRNA (shLuc)中的ERK磷酸化。图3举例说明COT表达预测在癌细胞系中对于B - RAF抑制的抗性。U、MAP3K8/COT拷贝数；红色条C0T扩增，蓝色条非扩增的COT ; (b)在B -本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.03.09 US 61/312193;2010.03.10 US 61/312519;201.一种鉴定具有可能获益于用组合疗法的治疗的癌症的受试者的方法，所述组合疗法利用RAF抑制剂和第二种抑制剂，所述方法包括(a)测定得自受试者的癌细胞中选自下述的一种或多种激酶靶的基因拷贝数、mRNA或蛋白质水平或磷酸化:姻/^妨 rTPL2/C0T), RAFl (m、CRKL (CrkL), FGR (Ygr)、PRKCE rPrkce)、PRKCH (Prkch)、ERBB2 (ErbB2)、AXL ΓΑχΙ)或(Pak3)，并且比较所述基因拷贝数、mRNA或蛋白质水平或磷酸化与得自不含癌症的受试者的细胞中靶激酶的基因拷贝数、mRNA或蛋白质水平或磷酸化；和(b)将相对于来自不含癌症的受试者的细胞在癌细胞中增加的靶激酶的基因拷贝数或 mRNA表达中的改变或蛋白质过表达或磷酸化与具有可能获益于用组合疗法的治疗的癌症的受:试者关联。2.权利要求1的方法，其进一步包括(c)就核酸分子中的突变的存在测定得自所述癌细胞的核酸样品，所述核酸分子编码在约氨基酸位置600处具有突变的B-RAF多肽，和(d) 将编码B-RAF多肽的核酸分子中的突变的存在与可能获益于用所述组合疗法的治疗的受试者关联。3.权利要求1的方法，其包括将编码B-RAF的核酸分子中在约氨基酸位置600处的缬氨酸至谷氨酸突变(V600E)的存在与可能获益于用所述组合疗法的治疗的受试者关联。4.权利要求1的方法，其包括测定姻rTPL/COT)的基因拷贝数、mRNA或蛋白质水平。5.权利要求1的方法，其包括测定在氨基酸S338处C-RAF的磷酸化。6.权利要求1的方法，其中所述第二种抑制剂是MEK抑制剂、CRAF抑制剂、CrkL抑制剂或TPL2/C0T抑制剂。7.权利要求1的方法，其中所述RAF抑制剂是B-RAF抑制剂或泛RAF抑制剂。8.权利要求1的方法，其中所述RAF抑制剂选自RAF265、索拉非尼、SB590885、PLX 4720、PLX4032、GDC-0879 和 ZM 336372。9.权利要求1的方法，其中所述受试者具有对于所述RAF抑制剂的先天抗性或可能发展对于所述RAF抑制剂的抗性。10.权利要求1的方法，其中所述癌症选自黑素瘤、乳腺癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、 肺癌、卵巢癌、肉瘤和甲状腺 癌。11.权利要求10的方法，其中所述癌症是黑素瘤。12.—种治疗在有此需要的受试者中的癌症的方法，其包括给所述受试者施用有效量的RAF抑制剂和有效量的第二种抑制剂，其中所述第二种抑制剂是MEK抑制剂或MAP3K8 (TPL2/C0T)抑制剂。13.权利要求12的方法，其中所述受试者具有包含在B-RAF中的突变的癌细胞。14.权利要求12的方法，其中所述受试者具有包含B-RAFv6cicie突...

【专利技术属性】
技术研发人员：LA加拉维，CM约翰尼森，
申请(专利权)人：达纳法伯癌症研究所公司，布罗德研究所有限公司，
类型：
国别省市：