本发明专利技术在于提供一种即使在特别是有关基因多态性的多态分析中得到了包
含有频率少的多态性的多态性数据的情况下，也能够客观地评价这种多态性数据
的可靠性的试样数据可靠性评价方法和试样数据可靠性评价装置。本发明专利技术基于试
样数据集合，对每个试样数据计算相同组试样间典型距离和不同组试样间典型距
离，基于计算出的相同组试样间典型距离和不同组试样间典型距离的1个以上的
组，对每个试样数据集合的部分集合即试样数据部分集合，计算用于评价试样数
据部分集合的可靠性的指标即可靠性评价指标，基于计算出的1个以上的可靠性
评价指标，对每个该试样数据部分集合，评价试样数据部分集合的可靠性。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及用于区分i^的i，数据的可靠性im和i^数据的品质管理。
技术介绍
在取自生物的试样的多态分析中，根据试样浓度和有无阻碍物质等，每賴 样进行多态识别反应的进行速度不同。因此就在多态分析中得到分布很广的多态 性維以往，对Ti辦的信号都i顿统计学方法和遗传学方法进行多絲析。 但是，特别是在关于基因多态性的多态分析中，由于具有在数百is式样中仅存在几^i式样这样的频率少的多态性，因此，禾偶以前的统计学方法统计出的统计量有时并没有意义。因此，在关于基因多态性的多态分析时， 一般都是利用哈代温伯格平衡来在遗传统计学上iWr该多态分析中得到的多态性数据的可靠性。此外，作为评价在关于基因多态性的多态分析中得到的多态性数据的可靠性的技术，非专利文献i已予以公开。具体地说，在非专利文献l中公开的i，指标CSS中利用旨组的统计值。但是，在这些现有的评价方法中，其前提都是将从已进行了随机交配的群体 中采样的试样中得到的多态性数据来作为im对象，因此，从例如家族系谱试样和患者i，等偏于一方抽样的试样中得到的多态1iic据，就不适合作为评价，。 此外，在如图10所示的例如将基因型BB只有1个的多晶型多态'ia据作为i愤鄉的情况下，由于不能得到与基因BB的组相对应的分散和平均，因此，在，的现有iwr方法中^隹以计算出im值。艮口，在未进行随机交配的群体或者有关基因多态性的多态分析中得到了包含有频率少的多态性的多态性数据的情况下，用现有的评价方法难以评i^种多态性 的可靠性。因此，在现有技术中就依靠熟练的操作人员主观地i刊介包含有频率少的多态性的多态性数据的可靠性，然后再决定鶴離的抽出和分类型的阈值。非专利文献l: Kevin L Gunderson， Frank J Steemers， Grace Lee ， Leo G Mendoza， and Mark S Chee， A genome—wide scalable SNP genotyping assay using microarray technology ， NATURE GENETICS, VOLUME37, NUMBER5， MAY， 200
技术实现思路
但是，在现有技术中是操作人员主观地i愤多态性数据的可靠性，因此会产 生如下问题，即，不论是否将相同的多态性数据作为评价对象，若操作人员不同， 其i啊介结果也就不同。本专利技术鉴于上述问题点，其目的在于提供一种试样数据可靠性评价方法和试 样数据可靠性评价装置，该试样数据可靠性评价方法和试样数据可靠性评价装置 即使在特别是有关基因多态性的多态分析中得到了包含有频率少的多态性的多态性数据的情况下，也能够客观地iW^种多态性i^的可靠性。为了解决上述问题，达到战目的，本专利技术涉及的技术方案1中记载的微数据可靠性刑介方法的特征在于，包括基于以有关已分组试样的多1^#数据 为要素的试样 集合，计算上述试样和与该^#所属的组属于相同的上述组的上述试样之间的典型距离，即相同组试样间典型距离的工序；基于上述试样薩集合，计算上述试样和与该试样所属的上述组属于不同的战组的上述试样之间的典型距离即不同组试样间典型距离的工序；基于在上述工序中计算出的上述相 同组试样间典型距离和上述不同组试样间典型距离，计算用于i啊條个上述试样 数据的可靠性的指标即可靠性im指标的工序；基于在上述工序中计算出的上述 可靠性评价指标，评价上述试样 集合的部分集合或者上述试样数据集合的全 #*合的±^可靠性的工序。此外，本专利技术涉及的技术方案2中记载的，,可靠性im方法的特征在于，在技术方案i中记载的，i^可靠性iWr方法中，上述相同组试样间典型距离^i:述试样和与该试样所属的上述组属于相同的上述组的上述试样之间的平 均距离，，不同组试样间典型距离^i:述，和与该试样所属的上述组属于不 同的，组的上述试样之间的最小距离，上述可靠性评价指标处述相同组试样 间典型距离与，不同组WW司典型距离的比或者该比的平均。此外，本专利技术涉及的技术方案3中记载的i，i^可靠性i判介方法的特征在 于，在技术方案i或2中记载的辦i^可靠性im方法中，戶;f^h^i維娜 集合的，部分集合或者上述试样i^集合全体的，可靠性的，iWr， M 述可靠性低的战试样数据集合的上述部分集合或者上述试样数据集合全体的抽 出、或者在，分组中^ffi的算法的，可靠性的Ji^im。此外，本专利技术涉及的技术方案4中记载的i^fi^可靠性i刊介方法的特征在 于，在技术方案1至3的任一项中记载的试样繊可靠性粥介方法中，进一步包 括输出:^±3￡工序中计算出的上述可靠性i刊介指标的工序。此外，本专利技术还涉及K^数据可靠性ifi^置，技术方案5中记载的试样数据可靠性评价装置的特征在于，具有基于以有关已分组试样的多^样数据为 要素的试样数据集合，计算上述试样和与该，所属的组属于相同的上述组的上述试样之间的典型距离，艮湘同组试样间典型距离的装置；基于上述试样数据集合，计算上述试样和与该试样所属的上述组属于不同的战组的上述试样之间的典型距离，即不同组试样间典型距离的装置；基于在上述装置中计算出的上述相同组试样间典型距离和上述不同组试样间典型距离，计算用于im上述试样数据的可靠性的指标即可靠性评价指标的装置；基于在，装置中计算出的上述可靠 性评价指标，刑介上述，数据集合的部分集合或者，试样数据集合的集合全 体的，可靠性的，。此外，本专利技术涉及的技术方案6中记载的试样i^可靠性i刊，置的特征在于，在技术方案5中记载的i辦l^可靠性iW^置中，上述相同组试样间典型 距离^ll述试样和与该试样所属的上述组属于相同的上述组的J^试样之间的平 均距离，上述不同组试样间典型距离^Jl述试样和与该i^f所属的上述组属于不 同的上述组的上述试样之间的最小距离，上述可靠性im指标^Jl^相同组试样 间典型距离与上述不同组i，间典型距离的比或者该比的平均。此外，本专利技术涉及的技术方案7中记载的，M可靠性评J皿置的特征在 于，在技术方案5或6中记载的i辦,可靠性iW^S中，上述i辦数据集合 的上述部分集合或者上述试样数据集合全体的上述可靠性的上述评价，^Jl述可 靠性低的上述试样M集合的上述部分集合或者上述试样数据集合全体的抽出、或者^j^分组中^^的算法的，可靠性的，im。It[^卜，本专利技术涉及的技术方案8中记载的试祥数据可靠性iTO^置的特征在于，在技术方案5至7的任一项中记载的離i^可靠性im^g中，进一步具有输出在上,置中计算出的，可靠性荆介指标的^a。根据本专利技术，由于基于以有关已分组试样的多个试样数据为要素的 试样数据集合，计算试样和与该试样所属的组属于相同组的试样之间的 典型距离即相同组试样间典型距离，基于试样数据集合，计算试样和与 该试样所属的组属于不同组的试样之间的典型距离即不同组试样间典 型距离，基于计算出的相同组试样间典型距离和不同组试样间典型距 离，计算用于评价试样数据集合的部分集合即试样数据部分集合(例如， 具有i个试样数据作为要素的试样数据部分集合、具有属于相同组的多 个试样数据作为要素的试样数据部分集合、具有全部试样数据作为要素 的试样数据部分集合等)的可靠性的指标即可靠性评价指标(例如，用 于评价试样数本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种试样数据可靠性评价方法，其特征在于，包括： 基于以有关被分组的试样的多个试样数据为要素的试样数据集合，计算出上述试样和与该试样所属的组属于相同的上述组的上述试样之间的典型距离即相同组试样间典型距离的工序； 基于上述试样数据集 合，计算出上述试样和与该试样所属的上述组属于不同的上述组的上述试样之间的典型距离即不同组试样间典型距离的工序； 基于在上述工序中计算出的上述相同组试样间典型距离和上述不同组试样间典型距离，计算出用于评价上述试样数据的可靠性的指标即可靠 性评价指标的工序；以及 基于在上述工序中计算出的上述可靠性评价指标，评价上述试样数据集合的部分集合或者上述试样数据集合的全体的上述可靠性的工序。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2006.9.14 JP 249837/20061、一种试样数据可靠性评价方法，其特征在于，包括基于以有关被分组的试样的多个试样数据为要素的试样数据集合，计算出上述试样和与该试样所属的组属于相同的上述组的上述试样之间的典型距离即相同组试样间典型距离的工序；基于上述试样数据集合，计算出上述试样和与该试样所属的上述组属于不同的上述组的上述试样之间的典型距离即不同组试样间典型距离的工序；基于在上述工序中计算出的上述相同组试样间典型距离和上述不同组试样间典型距离，计算出用于评价上述试样数据的可靠性的指标即可靠性评价指标的工序；以及基于在上述工序中计算出的上述可靠性评价指标，评价上述试样数据集合的部分集合或者上述试样数据集合的全体的上述可靠性的工序。2、 如权利要求1所述的i^f数据可靠性im方法，其特征在于， 上述相同组试样间典型距离^±述试样和与该试样所属的上述组属于相同上述组的上述试样之间的平均距离，上述不同组试样间典型距离^Jl述试样和与该试样所属的上述组属于不同的，组的J:^i^之间的最小距离，上述可靠性tm指标紅述相同组试样间典型距离与上述不同组试样间典型距离的比或者该比的平均。3、 如权利要求l或2戶臓的i^fl^可靠性im方法，^#征在于， 上述试样 集合的上述部分集合或者±^试样数据集合全体的上述可靠性的战评价，^JlM可靠性低的上述试样娜集合的上述部分集合或者上述试样 数据集合全体的抽出、或者在上述分组中JOT的算法的，可靠性的上述iTO。4、 如权利要求1至3的任一项戶腿的i辦i^可靠性i愤方法，其特征在于，进一步包括...
【专利技术属性】
技术研发人员：荻原真也，田边哲也，
申请(专利权)人：奥林巴斯株式会社，
类型：发明
国别省市：JP
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