【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、基于肿瘤特异性抗原的治疗性疫苗作为下一代个体化癌症免疫疗法具有很大的前景。例如，具有高突变负荷的癌症，诸如非小细胞肺癌(nsclc)和黑色素瘤，由于产生新抗原的可能性相对较大，因此是此类疗法特别有吸引力的目标。早期证据表明，基于新抗原的疫苗接种可以引发t细胞应答，并且新抗原靶向细胞疗法可以在某些情况下引起所选患者的肿瘤消退。
2、新抗原疫苗设计的一个问题是受试者肿瘤中存在的许多编码突变中的哪一个可以产生“最佳”治疗性新抗原，例如，可以引发抗肿瘤免疫并引起肿瘤消退的抗原。患有癌症的患者所共有的靶向抗原作为疫苗策略具有很大的前景，包括靶向具有突变的新抗原和没有突变的肿瘤抗原(例如，不正确表达的肿瘤抗原)。
3、共享抗原疫苗策略的挑战至少包括在向受试者施用癌症疫苗之前或之后监测癌症状态和/或疫苗效力。例如，许多监测疾病的标准方法是侵入性的或繁重的，诸如放射评估(例如，ct扫描)或肿瘤活检。此外，某些现有的无细胞dna监测方法遭遇癌症状态和负荷的监测能力降低，例如监测灵敏度降低，因为它们仅监测与肿瘤外显子...
【技术保护点】
1.一种用于富集cfDNA的多核苷酸探针组，所述组包含：
2.如权利要求1所述的组，其中所述一个或多个肿瘤知情多核苷酸探针被配置为捕获包含由施用于受试者的癌症疫苗编码的表位序列的靶序列，其中所述受试者已被确定具有表达所述表位序列的肿瘤。
3.如权利要求2所述的组，其中所述表位序列包含KRAS突变。
4.如权利要求3所述的组，其中所述KRAS突变选自由以下组成的群组：KRAS_G12C突变、KRAS_G12D突变、KRAS_G12V突变和KRAS_Q61H突变。
5.如权利要求2所述的组，其中所述表位序列包含选自由以下组成...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于富集cfdna的多核苷酸探针组，所述组包含：
2.如权利要求1所述的组，其中所述一个或多个肿瘤知情多核苷酸探针被配置为捕获包含由施用于受试者的癌症疫苗编码的表位序列的靶序列，其中所述受试者已被确定具有表达所述表位序列的肿瘤。
3.如权利要求2所述的组，其中所述表位序列包含kras突变。
4.如权利要求3所述的组，其中所述kras突变选自由以下组成的群组：kras_g12c突变、kras_g12d突变、kras_g12v突变和kras_q61h突变。
5.如权利要求2所述的组，其中所述表位序列包含选自由以下组成的群组的突变：kras_g13d、kras_q61k、tp53_r249m、ctnnb1_s45p、ctnnb1_s45f、erbb2_y772_a775dup、kras_g12d、kras_q61r、ctnnb1_t41a、tp53_k132n、kras_g12a、kras_q61l、tp53_r213l、braf_g466v、kras_g12v、kras_q61h、ctnnb1_s37f、tp53_s127y、tp53_k132e和kras_g12c。
6.如权利要求2所述的组，其中所述表位序列包含egfr突变。
7.如权利要求6所述的组，其中所述egfr突变包括egfr_l858r突变。
8.如权利要求2所述的组，其中所述表位序列包含一个或多个受试者特异性表位，其中所述受试者的所述肿瘤已被测序以确定将由所述癌症疫苗编码的所述受试者特异性表位。
9.如权利要求8所述的组，其中所述一个或多个受试者特异性表位包含至少2个受试者特异性表位、至少10个受试者特异性表位、至少20个受试者特异性表位或2至20个受试者特异性表位。
10.如权利要求8所述的组，其中所述一个或多个受试者特异性表位包含2至20个受试者特异性表位。
11.如权利要求2-10中任一项所述的组，其中所述组还包含捕获额外靶序列的额外肿瘤知情多核苷酸探针，其中所述肿瘤已被确定表达所述额外靶序列，并且其中所述额外靶序列不由所述癌症疫苗编码。
12.如权利要求11所述的组，其中所述额外靶序列包含至少10个靶序列、至少20个靶序列、至少30个靶序列、至少100个靶序列、10至500个靶序列、30至500个靶序列、100至500个靶序列、10至100靶序列、30至100个靶序列或100至100个靶序列。
13.如权利要求11或12所述的组，其中所述额外靶序列已被预测为由所述受试者的至少一个hla呈递。
14.如权利要求1-13中任一项所述的组，其中所述一个或多个肿瘤不知情多核苷酸探针被配置为捕获靶序列，所述靶序列包含选自由以下组成的群组的感兴趣序列：癌症相关基因、癌基因、肿瘤抑制基因、干扰素-γ信号传导途径基因、抗原加工途径基因以及它们的组合。
15.如权利要求1-13中任一项所述的组，其中所述一个或多个肿瘤不知情多核苷酸探针被配置为捕获靶序列，所述靶序列包含选自以下中的每一者的感兴趣序列：癌症相关基因、癌基因、肿瘤抑制基因、干扰素-γ信号传导途径基因和抗原加工途径基因。
16.如权利要求14或15所述的组，其中所述癌症相关基因选自由以下组成的群组：abca12、acvr2a、akap9、bmpr2、col12a1、csmd3、dnah5、dock3、fat2、fat3、fat4、fgf10、fgf6、flg、magi1、mdn1、mmab、nbea、obscn、pcbp1、pclo、plekha6、proc、rad54l、reln、rpl22、ryr2、tcerg1、wrn和zdbf2。
17.如权利要求14或15所述的组，其中所述癌症相关基因包括以下中的每一者：abca12、acvr2a、akap9、bmpr2、col12a1、csmd3、dnah5、dock3、fat2、fat3、fat4、fgf10、fgf6、flg、magi1、mdn1、mmab、nbea、obscn、pcbp1、pclo、plekha6、proc、rad54l、reln、rpl22、ryr2、tcerg1、wrn和zdbf2。
18.如权利要求14-17中任一项所述的组，其中所述癌基因选自由以下组成的群组：abl1、akt2、alk、ar、bcl6、bcl9l、braf、btk、card11、ccnd1、ccnd3、ctnnb1、ddr2、egfr、erbb2、erbb3、fgfr1、fgfr3、fhod3、flt1、flt3、gnas、hras、kdr、kit、kras、map2k1、map2k2、mecom、med12、met、mtor、notch1、notch2、notch3、nras、nrg1、ntrk1、ntrk3、pdgfra、pdgfrb、pik3ca、pik3cg、psmb2、ret、ros1、sf3b1、smo、syne1和zbtb20。
19.如权利要求14-17中任一项所述的组，其中所述癌基因包括以下中的每一者：abl1、akt2、alk、ar、bcl6、bcl9l、braf、btk、card11、ccnd1、ccnd3、ctnnb1、ddr2、egfr、erbb2、erbb3、fgfr1、fgfr3、fhod3、flt1、flt3、gnas、hras、kdr、kit、kras、map2k1、map2k2、mecom、med12、met、mtor、notch1、notch2、notch3、nras、nrg1、ntrk1、ntrk3、pdgfra、pdgfrb、pik3ca、pik3cg、psmb2、ret、ros1、sf3b1、smo、syne1和zbtb20。
20.如权利要求14-19中任一项所述的组，其中所述肿瘤抑制基因选自由以下组成的群组：tp53、pten、arid1a、apc、amer1、asxl1、atm、atr、atrx、axin2、bard1、brca1、brca2、casp8、cfh、crebbp、dnmt3a、ep300、ercc2、ercc5、ext1、fanca、fancd2、fanci、fancm、fat1、fbxw7、hnf1a、max、mlh1、msh3、msh6、nf1、pik3r1、ptch1、ptprt、recql4、rnf43、robo1、slx4、smad2、smad3、smad4、sox9、tcf7l2、tert启动子、tet2、tgfbr2、tp53bp1、tsc1、tsc2、wnt16、xpc、zfp36l2和znrf3。
21.如权利要求14-19中任一项所述的组，其中所述肿瘤抑制基因包括以下中的每一者：tp53、pten、arid1a、apc、amer1、asxl1、atm、atr、atrx、axin2、bard1、brca1、brca2、casp8、cfh、crebbp、dnmt3a、ep300、ercc2、ercc5、ext1、fanca、fancd2、fanci、fancm、fat1、fbxw7、hnf1a、max、mlh1、msh3、msh6、nf1、pik3r1、ptch1、ptprt、recql4、rnf43、robo1、slx4、smad2、smad3、smad4、sox9、tcf7l2、tert启动子、tet2、tgfbr2、tp53bp1、tsc1、tsc2、wnt16、xpc、zfp36l2和znrf3。
22.如权利要求14-21中任一项所述的组，其中所述干扰素-γ信号传导途径基因选自由以下组成的群组：ifngr1、infgr2、jak1、jak2和stat1。
23.如权利要求14-21中任一项所述的组，其中所述干扰素-γ信号传导途径基因包括以下中的每一者：ifngr1、infgr2、jak1、jak2和stat1。
24.如权利要求14-23中任一项所述的组，其中所述抗原加工途径基因选自由以下组成的群组：b2m、hla-a、hla-b、hla-c、hla-e、tap1、tap2、nlrc5、calr、canx、psmb2和tapbp。
25.如权利要求14-23中任一项所述的组，其中所述抗原加工途径基因包括以下中的每一者：b2m、hla-a、hla-b、hla-c、hla-e、tap1、tap2、nlrc5、calr、canx、psmb2和tapbp。
26.如权利要求1-13中任一项所述的组，其中所述一个或多个肿瘤不知情多核苷酸探针被配置为捕获靶序列，所述靶序列包含选自由以下组成的群组的感兴趣序列：abca12、acvr2a、akap9、bmpr2、col12a1、csmd3、dnah5、dock3、fat2、fat3、fat4、fgf10、fgf6、flg、magi1、mdn1、mmab、nbea、obscn、pcbp1、pclo、plekha6、proc、rad54l、reln、rpl22、ryr2、tcerg1、wrn、zdbf2、abl1、akt2、alk、ar、bcl6、bcl9l、braf、btk、card11、ccnd1、ccnd3、ctnnb1、ddr2、egfr、erbb2、erbb3、fgfr1、fgfr3、fhod3、flt1、flt3、gnas、hras、kdr、kit、kras、map2k1、map2k2、mecom、med12、met、mtor、notch1、notch2、notch3、nras、nrg1、ntrk1、ntrk3、pdgfra、pdgfrb、pik3ca、pik3cg、ret、ros1、sf3b1、smo、syne1、zbtb20、tp53、pten、arid1a、apc、amer1、asxl1、atm、atr、atrx、axin2、bard1、brca1、brca2、casp8、cfh、crebbp、dnmt3a、ep300、ercc2、ercc5、ext1、fanca、fancd2、fanci、fancm、fat1、fbxw7、hnf1a、max、mlh1、msh3、msh6、nf1、pik3r1、ptch1、ptprt、recql4、rnf43、robo1、slx4、smad2、smad3、smad4、sox9、tcf7l2、tert启动子、tet2、tgfbr2、tp53bp1、tsc1、tsc2、wnt16、xpc、zfp36l2、znrf3、ifngr1、infgr2、jak1、jak2、stat1、b2m、hla-a、hla-b、hla-c、hla-e、tap1、tap2、nlrc5、calr、canx、psmb2、tapbp以及它们的组合。
27.如权利要求1-13中任一项所述的组，其中所述一个或多个肿瘤不知情多核苷酸探针被配置为捕获靶序列，所述靶序列包含选自以下中的每一者的感兴趣序列：abca12、acvr2a、akap9、bmpr2、col12a1、csmd3、dnah5、dock3、fat2、fat3、fat4、fgf10、fgf6、flg、magi1、mdn1、mmab、nbea、obscn、pcbp1、pclo、plekha6、proc、rad54l、reln、rpl22、ryr2、tcerg1、wrn、zdbf2、abl1、akt2、alk、ar、bcl6、bcl9l、braf、btk、card11、ccnd1、ccnd3、ctnnb1、ddr2、egfr、erbb2、erbb3、fgfr1、fgfr3、fhod3、flt1、flt3、gnas、hras、kdr、kit、kras、map2k1、map2k2、mecom、med12、met、mtor、notch1、notch2、notch3、nras、nrg1、ntrk1、ntrk3、pdgfra、pdgfrb、pik3ca、pik3cg、psmb2、ret、ros1、sf3b1、smo、syne1、zbtb20、tp53、pten、arid1a、apc、amer1、asxl1、atm、atr、atrx、axin2、bard1、brca1、brca2、casp8、cfh、crebbp、dnmt3a、ep300、ercc2、ercc5、ext1、fanca、fancd2、fanci、fancm、fat1、fbxw7、hnf1a、max、mlh1、msh3、msh6、nf1、pik3r1、ptch1、ptprt、recql4、rnf43、robo1、slx4、smad2、smad3、smad4、sox9、tcf7l2、tert启动子、tet2、tgfbr2、tp53bp1、tsc1、tsc2、wnt16、xpc、zfp36l2、znrf3、ifngr1、infgr2、jak1、jak2、stat1、b2m、hla-a、hla-b、hla-c、hla-e、tap1、tap2、nlrc5、calr、canx、psmb2和tapbp。
28.如权利要求1-13中任一项所述的组，其中所述一个或多个肿瘤不知情多核苷酸探针被配置为捕获靶序列，所述靶序列包含选自以下中的每一者的感兴趣序列：abl1、akt2、alk、apc、ar、atr、atrx、bard1、bcl6、bmpr1a、braf、brca1、brca2、btk、card11、ccnd1、ccnd3、cdk12、cfh、crebbp、ctnnb1、ddr2、dnmt3a、egfr、ep300、erbb2、erbb3、ercc2、ercc5、ext1、fanca、fancd2、fanci、fancm、fbxw7、fgf10、fgf6、fgfr1、fgfr3、fli1、flt1、flt3、gnas、hnf1a、hras、kdr、kit、kras、magi1、map2k1、map2k2、max、med12、met、mlh1、mmab、msh3、msh6、mtor、nf1、nfe2l2、notch1、notch2、notch3、nras、nrg1、ntrk1、ntrk3、pdgfra、pdgfrb、pik3ca、pik3cg、pik3r1、pms2、pparg、proc、ptch1、rad54l、raf1、recql4、ret、ros1、sf3b1、sf3b2、slx4、smo、tert启动子、tet2、tp53bp1、tsc1、tsc2、w...
【专利技术属性】
技术研发人员：D·申克，M·J·戴维斯，O·斯皮罗，
申请(专利权)人：磨石生物公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。