自扩增RNA组合物及其使用方法技术

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】

1.一种用于递送包含单链rna(ssrna)载体的自扩增表达系统的组合物，其中所述ssrna载体包含7-甲基鸟苷酸(m7g帽)、聚腺苷酸化(聚a)尾、自扩增骨架以及一种或多种经修饰核苷，其中所述一种或多种经修饰核苷包括m5c并且不包括其他经修饰核苷酸，任选地除了m7g帽类似物之外。

2.一种用于递送包含单链rna(ssrna)载体的自扩增表达系统的组合物，其中所述ssrna载体包含7-甲基鸟苷酸(m7g帽)、聚腺苷酸化(聚a)尾、自扩增骨架和一种或多种经修饰核苷。

3.如权利要求1或2所述的组合物，其中所述自扩增骨架包含选自自复制rna病毒的多核苷酸。

4.如权利要求1-3中任一项所述的组合物，其中所述自复制rna病毒选自包括甲病毒、黄病毒、麻疹病毒和弹状病毒的组。

5.如权利要求2-4中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰核苷包括甲基-5-胞嘧啶(m5c)、甲基-6-腺苷(m6a)、核糖-甲基化(2'-o-me)、s-硫尿苷(s2u)、5-甲基尿苷(m5u)、n1-甲基假尿苷(m1ψ)、假尿苷(ψ)或其任何组合。

6.如权利要求2-4中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰核苷包括m5c。

7.如权利要求2-4中任一项所述的组合物，其中所述一种或多种经修饰核苷包括m5c并且不包括其他经修饰核苷酸，任选地除了m7g帽类似物之外。

8.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体是纯化的。

9.如权利要求8所述的组合物，其中所述ssrna载体通过色谱来纯化。

10.如权利要求9所述的组合物，其中所述色谱包括纤维素色谱系统或基于亲和力的分离系统。

11.如权利要求10所述的组合物，其中所述基于亲和力的分离系统是脱氧胸苷(dt)寡核苷酸(oligo(dt))系统。

12.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体的大于10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或100％的腺嘌呤、鸟嘌呤、胞苷和/或尿苷核苷是经修饰核苷。

13.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体的大于25％的腺苷、鸟苷、胞苷和/或尿苷核苷包含经修饰核苷。

14.如权利要求13所述的组合物，其中所述ssrna载体的100％的腺嘌呤、鸟嘌呤、胞苷和/或尿苷核苷包含经修饰核苷。

15.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体包含10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或100％的胞苷核苷包含经修饰核苷。

16.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体的大于25％的胞苷核苷包含经修饰核苷。

17.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna包含100％的胞苷核苷是经修饰核苷。

18.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含小于30％、小于25％、小于20％、小于15％、小于10％、小于5％、小于2％、小于1％、小于0.5％、或小于0.1％的污染物。

19.如权利要求18所述的组合物，其中所述污染物包括盐、洗涤剂和/或双链rna(dsrna)。

20.如权利要求18所述的组合物，其中所述污染物包括dsrna。

21.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体占所述组合物中存在的总rna的70％或更多、80％或更多、85％或更多、90％或更多、或95％或更多。

22.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体占所述组合物中存在的总rna的97％或更多、98％或更多、99％或更多、或99.5％或更多。

23.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体是所述组合物中存在的唯一rna种类。

24.如权利要求18-23中任一项所述的组合物，其中所述总rna、dsrna和/或ssrna含量通过斑点印迹或elisa来评估，任选地其中所述斑点印迹或elisa评估包括用对rna、dsrna和/或ssrna具有特异性的抗体进行检测。

25.如权利要求18-23中任一项所述的组合物，其中所述总rna、dsrna和/或ssrna含量通过毛细管电泳来评估。

26.如权利要求18-23中任一项所述的组合物，其中所述总rna、dsrna和/或ssrna含量通过液相色谱来评估。

27.如权利要求24或26中任一项所述的组合物，其中所述rna、dsrna和/或ssrna含量被量化为曲线下面积(auc)。

28.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体通过体外转录产生。

29.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述m7g帽包含m7g帽类似物。

30.如权利要求29所述的组合物，其中所述m7g帽类似物包括三核苷酸m7g-ppp-a-u帽类似物或二核苷酸m7g-ppp-a帽类似物。

31.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述ssrna载体包含盒，所述盒包含至少一种用于递送的核酸序列，任选地其中所述至少一种核酸序列包含多肽编码核酸序列，任选地其中所述多肽编码核酸序列是抗原编码核酸序列，并且其中所述盒可操作地连接至所述自扩增骨架或可操作地插入至所述自扩增骨架中。

32.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述自扩增骨架包含选自自复制rna病毒的多核苷酸，其包含至少一种由下式从5’至3’描述的核酸序列：

33.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述组合物还包含纳米粒子递送媒介物。

34.如权利要求33所述的组合物，其中所述纳米粒子递送媒介物是脂质纳米粒子(lnp)。

35.一种药物组合物，所述药物组合物包含如前述权利要求中任一项所述的组合物和药学上可接受的载剂。

36.一种用于治疗患有疾病的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用一定量的如前述组合物权利要求中任一项所述的组合物或如权利要求35所述的药物组合物。

37.如权利要求36所述的方法，其中所述疾病为癌症或感染性疾病。

38.如权利要求37所述的方法，其中所述感染性疾病由选自包括以下的组的病毒引起：hpv、流感、tb、cmv、hmpv、piv、基孔肯雅病毒、寨卡病毒、sars-cov-2和泛冠状病毒。

39.如权利要求36-38中任一项所述的方法，其中所述组合物中的所述ssrna载体的量为1000μg或更少、100μg或更少、50μg或更少、30μg或更少、10μg或更少、5μg或更少、或1μg或更少。

40.如权利要求36-39中任一项所述的方法，其中与接受包含不含经修饰核苷的核酸序列的组合物的对照受试者相比，所述受试者中的先天性免疫响应降低。

41.如权利要求40所述的方法，其中所述先天性免疫响应是ifn响应。

42.如权利要求41所述的方法，其中所述ifn响应是irf-3表达、irf-7表达或其组合。

43.如权利要求36-42中任一项所述的方法，其中与包含另外相同的ssrna载体但不包含经修饰核苷的对照组合物相比，所述ssrna载体的复制增加。

44.一种从核酸混合物中纯化自扩增表达系统的方法，所述方法包括通过纤维素色谱系统或基于亲和力的分离系统纯化所述自扩增表达系统，其中所述自扩增表达系统包含单链rna(ssrna)载体，并且其中所述ssrna载体包含m7g帽、聚a尾和自扩增骨架。

45.一种减少核酸混合物中的双链rna(dsrna)的方法，所述方法包括：

46.如权利要求44或45所述的方法，其中所述基于亲和力的分离系统包括脱氧胸苷(dt)寡核苷酸(oligo(dt))系统。

47.如权利要求44所述的方法，其中所述ssrna载体包含经修饰核苷。

48.如权利要求45-47中任一项所述的方法，其中所述经修饰核苷包括甲基-5-胞嘧啶(m5c)、甲基-6-腺苷(m6a)、核糖-甲基化(2'-o-me)、s-硫尿苷(s2u)、5-甲基尿苷(m5u)、n1-甲基假尿苷(m1ψ)、假尿苷(ψ)或其任何组合。

49.如权利要求45-47中任一项所述的方法，其中所述经修饰核苷由甲基-5-胞嘧啶(m5c)组成。

50.一种组合物混合物，其中所述组合物包含自扩增表达系统，所述自扩增表达系统包含：

51.一种组合物混合物，其中所述组合物包含自扩增表达系统，所述自扩增表达系统包含：

52.如权利要求50或51所述的混合物，其中所述唯一可检测的rna包含所述ssrna载体。

53.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述总rna、dsrna和/或ssrna含量通过斑点印迹或elisa来评估，任选地其中所述斑点印迹或elisa评估包括用对rna、dsrna和/或ssrna具有特异性的抗体进行检测。

54.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述总rna、dsrna和/或ssrna含量通过毛细管电泳来评估。

55.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述总rna、dsrna和/或ssrna含量通过液相色谱来评估。

56.如权利要求53-55中任一项所述的组合物，其中所述rna、dsrna和/或ssrna含量被量化为曲线下面积(auc)。

57.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述ssrna通过体外转录产生。

58.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述m7g帽包含m7g帽类似物。

59.如权利要求58所述的混合物，其中所述m7g帽类似物包括三核苷酸m7g-ppp-a-u帽类似物或二核苷酸m7g-ppp-a帽类似物。

60.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述ssrna载体包含盒，所述盒包含至少一种用于递送的核酸序列，任选地其中所述至少一种核酸序列包含多肽编码核酸序列，任选地其中所述多肽编码核酸序列是抗原编码核酸序列，并且其中所述盒可操作地连接至所述自扩增骨架或可操作地插入至所述自扩增骨架中。

61.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述自扩增骨架包含选自自复制rna病毒的多核苷酸，其包含至少一种由下式从5’至3’描述的核酸序列：

62.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述ssrna载体包含一种或多种经修饰核苷。

63.如权利要求62所述的混合物，其中所述一种或多种经修饰核苷包括甲基-5-胞嘧啶(m5c)、甲基-6-腺苷(m6a)、核糖-甲基化(2'-o-me)、s-硫尿苷(s2u)、5-甲基尿苷(m5u)、n1-甲基假尿苷(m1ψ)、假尿苷(ψ)或其任何组合。

64.如权利要求62所述的混合物，其中所述一种或多种经修饰核苷包括m5c。

65.如权利要求62所述的混合物，其中所述一种或多种经修饰核苷包括m5c并且不包括其他经修饰核苷酸，任选地除了帽类似物之外。

66.如上述权利要求中任一项所述的混合物，其中所述ssrna载体是纯化的。

67.如权利要求66所述的混合物，其中所述ssrna载体通过色谱来纯化。

68.如权利要求67所述的混合物，其中所述色谱包括纤维素色谱系统或基于亲和力的分离系统。

69.如权利要求68所述的混合物，其中所述基于亲和力的分离系统是脱氧胸苷(dt)寡核苷酸(oligo(dt))系统。

70.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，

71.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中用于递送所述自扩增表达系统的所述组合物中的所述盒的每个元件的有序序列描述于下式，从5’至3’包含：

72.如权利要求71所述的组合物，其中对于每个x，相应的nc是不同的mhc i类表位编码核酸序列。

73.如权利要求71或72所述的组合物，其中对于每个y，相应的uf是不同的mhc ii类表位编码核酸序列。

74.如权利要求71-73中任一项所述的组合物，其中

75.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中用于递送的所述至少一种核酸序列包含多肽编码核酸序列。

76.如权利要求75所述的组合物，其中所述多肽编码核酸序列编码所述抗原编码核酸序列。

77.如权利要求76所述的组合物，其中所述抗原编码核酸序列包含mhc i类表位、mhcii类表位、能够刺激b细胞响应的表位或其组合。

78.如权利要求76或77所述的组合物，其中所述抗原编码核酸序列包含编码全长蛋白质、蛋白质亚基、蛋白质结构域或其组合的序列。

79.如权利要求75所述的组合物，其中所述多肽编码核酸序列编码全长蛋白质或其功能部分。

80.如权利要求79所述的组合物，其中所述全长蛋白质或其功能部分选自由以下各项组成的组：抗体、细胞因子、嵌合抗原受体(car)、t细胞受体和基因组编辑系统核酸酶。

81.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中用于递送的所述至少一种核酸序列包含至少一种包含非编码核酸序列的核酸序列。

82.如权利要求81所述的组合物，其中所述非编码核酸序列是rna干扰(rnai)多核苷酸或基因组编辑系统多核苷酸。

83.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述lnp包含选自由以下各项组成的组的脂质：可电离氨基脂质、磷脂酰胆碱、胆固醇、基于peg的外壳脂质或其组合。

84.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述lnp包含可电离氨基脂质、磷脂酰胆碱、胆固醇和基于peg的外壳脂质。

85.如权利要求83或84所述的组合物，其中所述可电离氨基脂质包含mc3样(二亚油醇甲基-4-二甲基氨基丁酸酯)分子。

86.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述lnp包封的表达系统具有60-140nm之间的直径。

87.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中用于递送所述自扩增表达系统的所述组合物被配制用于肌内(im)、皮内(id)、皮下(sc)、玻璃体内(ivt)、鞘内或静脉内(iv)施用。

88.如上述权利要求中任一项所述的组合物，其中用于递送所述自扩增表达系统的所述组合物被配制用于肌内(im)施用。

89.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中所述盒整合在所述至少一种启动子核苷酸序列和所述至少一种聚(a)序列之间。

90.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中所述至少一种启动子核苷酸序列可操作地连接至所述盒。

91.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中所述ssrna载体包含正链rna载体。

92.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中所述ssrna载体包含负链rna载体。

93.如权利要求92所述的组合物，其中所述负链rna载体包含麻疹病毒或弹状病毒的至少一种多核苷酸序列。

94.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中所述ssrna载体在哺乳动物细胞内自扩增。

95.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中所述自复制rna病毒选自由以下各项组成的组：甲病毒；黄病毒、麻疹病毒和弹状病毒。

96.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中所述自扩增骨架包含甲病毒的至少一种多核苷酸序列，任选地其中所述甲病毒选自由以下各项组成的组：奥拉病毒、摩根堡病毒、委内瑞拉马脑炎病毒、罗斯河病毒、塞姆利基森林病毒、辛德毕斯病毒和马雅罗病毒。

97.如上述权利要求中任一项所述的组合物、混合物或方法，其中所述自扩增骨架包含委内瑞拉马脑炎病毒的至少一种核苷酸序列。