一种用于检测血液ctDNA超低频突变的全位点生物信息分析方法技术

技术编号:43612627 阅读:53 留言:0更新日期:2024-12-11 14:56
本申请公开了一种用于检测肿瘤患者血液ctDNA超低频突变的生物信息分析方法,涵盖了数据拆分、二代测序数据质控、往人类参考基因组进行比对、UMI去重校正比对结果、对比对结果进行左对齐操作并校正碱基质量值、统计检测区域内全部位点的碱基组成、根据阴性样本确定背景值、临床样本背景抛光和变异结果第一轮过滤、变异结果注释和第二轮过滤。与市面上常见的变异检测软件不同,本申请提供的方法通过详细统计肿瘤Panel检测区域内全部位点的碱基组成情况,并制定背景抛光算法及变异筛选方法,能够精准检测肿瘤患者血液中超低频率的ctDNA突变,最低检测频率可达万分之五,在癌症早期筛查、病情监测、治疗效果评估及预后监测等方面具有重要的临床应用前景。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物信息,具体涉及一种用于检测肿瘤患者血液ctdna中的超低频突变的全位点生物信息方法。


技术介绍

1、ctdna(circulating tumor dna),即循环肿瘤dna,指存在于血液、脑脊液等体液中,游离于细胞外的肿瘤dna,长度在170bp左右,当肿瘤细胞生长、分裂或死亡时,它们释放出的dna片段可以进入血液循环中,形成循环肿瘤dna。循环肿瘤dna(ctdna)作为一种潜在的生物标志物,近年来在肿瘤诊断和监测领域备受关注。随着个体化治疗理念的兴起,以ctdna为代表的液体活检技术作为一种非侵入性的肿瘤诊断和监测方法,逐渐成为研究热点。ctdna携带着肿瘤细胞的遗传信息,包括肿瘤特有的突变、基因重排等变异信息,通过检测血液样本中的ctdna,可以实现非侵入性、实时性的肿瘤遗传信息获取,为肿瘤的早期诊断、治疗效果监测、预后评估等提供了一种新的手段。

2、传统的基因突变检测方法主要依赖于pcr及其衍生技术,例如数字pcr和数字滴定pcr(ddpcr)等。然而,这些方法通常用于已知突变位点的检测,对于多个位点或大规模筛查的效本文档来自技高网...

【技术保护点】

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2.根据权利要求1中所述的一种用于检测肿瘤患者血液ctDNA超低频突变的生物信息分析方法,其特征在于,步骤S-4所述的UMI去重校正比对结果,包括以下几个步骤:

3.根据权利要求1中所述的一种用于检测肿瘤患者血液ctDNA超低频突变的生物信息分析方法,其特征在于,步骤S-6所述的通过统计检测区域内全部位点的碱基组成进行变异检测,原则如下:

4.根据权利要求1中所述的一种用于检测肿瘤患者血液ctDNA超低频突变的生物信息分析方法,其特征在于,步骤S-7所述的根...

【技术特征摘要】

1.一种用于检测肿瘤患者血液ctdna超低频突变的生物信息分析方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1中所述的一种用于检测肿瘤患者血液ctdna超低频突变的生物信息分析方法,其特征在于,步骤s-4所述的umi去重校正比对结果,包括以下几个步骤:

3.根据权利要求1中所述的一种用于检测肿瘤患者血液ctdna超低频突变的生物信息分析方法,其特征在于,步骤s-6所述的通过统计检测区域内全部位点的碱基组成进行变异检测,原则如下:

4.根据权利要求1中所述的一种用于检测肿瘤患者血液ctdna超低频突变的生物信息分析方法,其特征在于,步骤s-7所述的根据阴性样本确定背景值,包括如下步骤:

5.根据权利要求1中所述的一种用于检测肿瘤患者血液ctdna超低频突变的生物信息分析方法,其特征在于,步骤s-8所述的临床样本背景抛光,指的是位点实际突变read数减去该位点read背...

【专利技术属性】
技术研发人员:鲍乾谢展李姗珊
申请(专利权)人:杭州洛兮医学检验实验室有限公司
类型:发明
国别省市:

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