一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法技术

本发明专利技术公开了一项基于二代测序技术的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，涵盖了创建物种清单，基因组序列下载、数据库搭建、测序数据质控、人源序列去除、基于k‑mer和LCA算法得出菌种鉴定列表A、基于bwa‑mem算法得到菌种鉴定列表B、采用列表B校正列表A以及菌种注释与筛选等步骤。与目前市场上的方案相比，本发明专利技术提供的方法具有明显的不同。首先，为确保分析结果的准确性和全面性，建立了人源序列数据库、微生物比对数据库和微生物注释数据库。此外，本发明专利技术结合了目前主流的基于k‑mer和bwa‑mem比对的菌种鉴定方法，实现了两种算法的有机结合，在低丰度物种识别方面表现出明显优势。这些改进措施为病原微生物宏基因组检测带来了更可靠、更有效的解决方案。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息学领域，特别是涉及一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法。

技术介绍

1、宏基因组(metagenomics)是一种研究微生物群落中所有微生物的遗传信息的方法，与传统基因组学研究不同，宏基因组学旨在分析整个微生物群落的基因组，而不是单个微生物的基因组。它通过直接从环境样品中提取dna或者rna，对其中的所有微生物dna或者rna进行高通量测序，然后利用生物信息学技术来分析和解读这些混合dna或者rna序列数据；illumina二代测序技术是一种大规模平行测序技术，具有通量高，测序准确度高，时效短等特点，是最常用的高通量测序技术。病原微生物是指能够引起疾病或感染的微生物，这些微生物包括细菌、病毒、真菌和寄生虫等，它们可以进入人体、动物或植物，破坏宿主的正常生理功能，导致疾病的发生。宏基因组测序(mngs)可以实现对样本中所有的微生物进行鉴定，并且可以鉴定新的物种，这是采用常规的实验方法如涂片、抗原和抗体的免疫学检测、培养鉴定、基于代谢产物的质谱检测及基于多重pcr的检测技术所无法实现的。mngs因无需培养、不依赖探针序列本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1中所述的一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，其特征在于，步骤S-7中所述微生物参考基因组数据库是由S-1中所创建物种清单中被NCBI数据库标注为reference的基因组序列组成。

3.根据权利要求1中所述的一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，其特征在于，步骤S-8中所述用列表B校正列表A的校正原则如下：

4.根据权利要求3中所述的一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，其特征在于，步骤(2)...

【技术特征摘要】

1.一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1中所述的一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，其特征在于，步骤s-7中所述微生物参考基因组数据库是由s-1中所创建物种清单中被ncbi数据库标注为reference的基因组序列组成。

3.根据权利要求1中所述的一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，其特征在于，步骤s-8中所述用列表b校正列表a的校正原则如下：

4.根据权利要求3中所述的一种基于二代测序的病原微生物宏基因组检测的生物信息方法，...

【专利技术属性】
技术研发人员：席保航，周淑芳，
申请(专利权)人：杭州洛兮医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：