【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及一种粉红椋鸟的线粒体基因组序列的应用。
技术介绍
1、线粒体是生物体内的一种半自主细胞器，参与能量转换和细胞凋亡等重要生理过程。鸟类的线粒体基因组与脊椎动物相近，是闭合环型双链dna，主要由一重一轻两条链构成，结构较为简单，易于纯化，对于探索dna结构及其基因表达的进化较为理想。线粒体基因组由编码区和非编码区所构成，鸟类线粒体基因组共编码37个基因，其中包括13个蛋白质编码基因、22个trna基因和2个rrna基因，非编码区又称取代环(displacementloop，d-loop)，是线粒体基因组的控制区。鸟类线粒体严格遵循母系遗传，具有碱基突变率高及进化速率快等特点，从而使其在分子系统学及分子进化研究领域占有一席之地。
2、粉红椋鸟(pastor roseus)属于雀形目，椋鸟科，粉红椋鸟属，是一种长距离迁徙鸟类。印度、斯里兰卡是其越冬地，春季迁至中西亚、东欧等地繁殖。鸟群于每年5月初迁徙至我国新疆繁殖，繁殖期间主要以蝗虫为食，8月下旬返回越冬地。粉红椋鸟的繁殖期与新疆草原蝗虫发生同步，可大幅降低草原蝗虫密度，通过人工招引粉红椋鸟进行生物防控蝗害不仅成本低廉，还可改善生态环境，因此对其全面深入研究对草原蝗虫防治具有重要意义。
3、目前有关粉红椋鸟的研究较少，国内主要集中在生物学和治蝗效果等方面。如，利用人工筑建的石巢和砖巢招引粉红椋鸟控制草原蝗虫数量；明确了部分地区粉红椋鸟的繁殖规律。国外集中于粉红椋鸟的发现记录以及迁徙过程的能量物质代谢等生理变化研究。目前对迁徙至新疆各地
技术实现思路
1、为解决上述技术问题，本专利技术提供了一种粉红椋鸟的线粒体基因组序列的应用。
2、一种粉红椋鸟的线粒体基因组序列在粉红椋鸟鉴定中的应用，所述线粒体基因组序列为genbank登录号pp792558的序列。
3、优选的，所述线粒体基因组序列通过以下方法获得：
4、粉红椋鸟基因组dna的提取；
5、提取的dna进行酶切打断、末端修复和da尾添加，得到打断末修加a产物，而后进行接头连接，得到连接产物；
6、将连接产物纯化，得到片筛产物；
7、将纯化后的片筛产物进行pcr扩增得到所述线粒体基因组序列。
8、优选的，打断末修加a产物两端的接头引物序列如seq id no.1-2所示。
9、优选的，pcr扩增所述片筛产物的引物为vahtstm universal plus dna libraryprep kit for illumina试剂盒中的引物pcr primer mix 3。
10、优选的，所述pcr扩增的反应体系为：pcr primer mix 32.5μl、vahtshifiamplification mix 12.5μl、片筛产物10μl、总体积25μl。
11、优选的，所述pcr扩增的反应条件为95℃3min；98℃20s，60℃15s，72℃30s，8～10cycles；72℃5min；4℃。
12、优选的，从待鉴定的粉红椋鸟中获取待测线粒体dna，通过分析待测线粒体dna碱基特征并与粉红椋鸟完整线粒体基因组中的at skew值、gc skew值对比，进而确定待测物种分类。
13、优选的，at skew＝0.14，gc skew＝-0.37
14、所述的粉红椋鸟线粒体基因组序列在粉红椋鸟系统发育研究中的应用。
15、与现有技术相比，本专利技术的有益效果之处在于：
16、本专利技术采用二代测序技术首次获得并注释了粉红椋鸟的线粒体基因组的完整序列，分析了粉红椋鸟线粒体全基因组的结构特点，其序列特征与其他椋鸟科物种相似。利用nj法与ml法构建系统发育树，结果表明粉红椋鸟与黑领椋鸟的亲缘关系最近。本专利技术测序的线粒体基因组数据可为椋鸟科其他物种的线粒体基因组挖掘提供参考，为探讨粉红椋鸟种内亲缘关系提供了线粒体基因组分子依据，并且为粉红椋鸟遗传资源的保护与利用奠定基础。
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1.一种粉红椋鸟的线粒体基因组序列在粉红椋鸟鉴定中的应用，其特征在于，所述线粒体基因组序列为GenBank登录号PP792558的序列。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述线粒体基因组序列通过以下方法获得：
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，打断末修加A产物两端的接头引物序列如SEQ ID NO.1-2所示。
4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，PCR扩增所述片筛产物的引物为VAHTSTMUniversal Plus DNA Library Prep Kit for illumina试剂盒中的引物PCR Primer Mix3。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系为：PCR PrimerMix 32.5μL、VAHTS HiFiAmplificationMix 12.5μL、片筛产物10μL、总体积25μL。
6.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述PCR扩增的反应条件为95℃3min；98℃20s，60℃15s，72℃30s，8～10cycles；72℃5
7.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，从待鉴定的粉红椋鸟中获取待测线粒体DNA，通过分析待测线粒体DNA碱基特征并与粉红椋鸟完整线粒体基因组中的AT skew值、GCskew值对比，进而确定待测物种分类。
8.根据权利要求9所述的应用，其特征在于，AT skew＝0.14，GC skew＝-0.37。
9.权利要求1中所述的粉红椋鸟线粒体基因组序列在粉红椋鸟系统发育研究中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种粉红椋鸟的线粒体基因组序列在粉红椋鸟鉴定中的应用，其特征在于，所述线粒体基因组序列为genbank登录号pp792558的序列。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述线粒体基因组序列通过以下方法获得：
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，打断末修加a产物两端的接头引物序列如seq id no.1-2所示。
4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，pcr扩增所述片筛产物的引物为vahtstmuniversal plus dna library prep kit for illumina试剂盒中的引物pcr primer mix3。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述pcr扩增的反应体系为：pcr primermix 32.5...
【专利技术属性】
技术研发人员：叶小芳，王潇杰，孙溪秀，李冉，季荣，林俊，王晗，刘慧霞，杨坤，努尔兰·哈斯木，
申请(专利权)人：新疆师范大学，
类型：发明
国别省市：
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