一种面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具制造技术

本发明专利技术涉及一种面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其包括四个功能模块，sgRNA设计单元用于设计sgRNA；基因组编辑设计单元用于实现基因组编辑设计；任务管理与可视化系统用于监控和管理基因编辑设计任务的进度和状态；报错处理单元用于自动化识别和解决在进行基因组编辑设计过程中出现的错误。该在线工具面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计，设计的sgRNA、引物和同源臂可实现对基因组编辑实验的全流程支持，通过整合多种基因组编辑任务和流程实现了对多种基因组编辑实验场景的支持，通过整合同源臂和引物脱靶风险评估及优化有助于提高基因组编辑的成功率。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因组编辑，具体地说，涉及一种面向基于crispr/cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具。

技术介绍

1、现有的基因组编辑设计工具由于对单功能编辑序列设计工具的集成度低，造成在处理多步骤的复杂基因组编辑任务时自动化程度低，导致效率低下、错误率高和设计通量受限。基因组编辑技术具有多样化的技术变种和实验场景，但当前的基因组编辑设计工具缺乏对多实验场景的支持功能。此外，基因组包含不同类型和比例的重复序列，它们可能造成编辑序列的脱靶，进而导致基因组编辑的错误定位，但现有的基因组编辑设计工具在编辑序列的脱靶评估方面存在缺陷。

2、面向基于crispr/cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具旨在通过搭建自动化编辑序列设计流程实现基因组编辑的自动化和高通量设计；通过整合多种基因组编辑任务的设计流程实现对多种基因组编辑实验场景的支持；通过整合同源臂和引物脱靶风险评估及优化提高基因组编辑成功率。

技术实现思路

1、本专利技术的目的在于提供一种面向基于crispr/cas技术的基因组编辑自动化设计本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其特征在于：所述sgRNA设计单元(1)包含数据预处理模块和sgRNA生成器，sgRNA设计所涉及的具体步骤如下：

3.根据权利要求2所述的面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其特征在于：所述数据预处理模块用于接收用户上传的基因组序列文件，对这些文件进行格式化处理，所涉及的具体步骤如下：

4.根据权利要求1所述的面向基于CRISPR/Cas技术的基...

【技术特征摘要】

1.一种面向基于crispr/cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的面向基于crispr/cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其特征在于：所述sgrna设计单元(1)包含数据预处理模块和sgrna生成器，sgrna设计所涉及的具体步骤如下：

3.根据权利要求2所述的面向基于crispr/cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其特征在于：所述数据预处理模块用于接收用户上传的基因组序列文件，对这些文件进行格式化处理，所涉及的具体步骤如下：

4.根据权利要求1所述的面向基于crispr/cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其特征在于：所述基因组编辑设计单元(2)通过设计特定的sgrna和pcr引物，以及提供同源臂模板，利用细胞的同源重组机制精确修复crispr/cas系统介导的dna双链断裂，从而在基因组上实现目标序列的定点编辑，基因组编辑设计单元(2)包括数据预处理模块、质粒图谱编辑模块、pcr引物设计模块、同源臂脱靶检测模块、测序验证引物设计模块和基因组测序验证引物脱靶优化模块；

5.根据权利要求4所述的面向基于crispr/cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其特征在于：所述基因组编辑...

【专利技术属性】
技术研发人员：马红武，杨毅，杨春贺，储光芸，王若宇，李浩然，毛雨丰，廖小平，王猛，
申请(专利权)人：中国科学院天津工业生物技术研究所，
类型：发明
国别省市：