一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法和应用技术

本发明专利技术属于生物信息学技术领域，具体涉及一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法和应用。该方法利用三个适用于植物转录本编码能力预测效果极佳且对植物具有较强针对性的预测鉴定软件(RNAplonc、PINC、LncFinder)以及进行蛋白数据库比对的Trinotate软件进行紫萍LncRNA鉴定以及功能注释。本发明专利技术的LncRNA鉴定方法准确率高达到97％，具有高度的可靠性以及准确性，能够更准确更全面的鉴定出可能参与紫萍生长发育的LncRNA基因。此外，在靶基因的预测时，本发明专利技术对miRNA前体和非前体部分均进行了预测，更有助于揭示紫萍在硫胁迫下的LncRNA作用及其分子机理。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物信息学，具体涉及一种预测紫萍lncrna以及功能注释的方法和应用。

技术介绍

1、紫萍(spirodela polyrhiza)作为湖泊中常见的水生植物，其研究具有多方面的重要性。首先，紫萍在生态系统中扮演着重要角色，具有吸收营养物质、生物质积累以及对水体营养化的调控等生态功能，对水体生态系统的稳定性和持续性具有重要影响。其次，紫萍富含营养物质和生物能源，可用于生物能源生产、动物饲料以及人类食物的生产，因此研究其资源利用潜力有助于开发新的可持续资源来源。此外，紫萍还具有环境修复和净化的潜力，通过研究其吸收和生物质积累机制，可以开发出更有效的水体治理和环境修复方法，有助于改善水质和生态环境。最后，紫萍作为重要的水生生物，具有简单的结构和生长特性，为研究光合作用形态建成、遗传进化等基础科学问题提供了重要平台，更有助于揭示生物体内部机制和生物学过程的规律性。因此，深入研究紫萍的生物学特性和生态学功能，不仅有助于增进对水生生态系统的理解，还为解决环境问题、发展可持续资源利用技术和推动基础科学研究提供了重要的研究对象和平台。可见，紫萍在解决人类面临本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法，其特征在于，S1所述紫萍LncRNA为硫胁迫下的紫萍LncRNA。

3.根据权利要求1所述的一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法，其特征在于，S5进行编码能力预测前，先对所有的转录本进行长度过滤，过滤掉长度小于200nt的转录本序列。

4.根据权利要求1所述的一种预测紫萍LncRNA以及功能注释的方法，其特征在于，S5中，使用RNAplonc、PINC、LncFinder软件按默认参数对转录本进行编码能力...

【技术特征摘要】

1.一种预测紫萍lncrna以及功能注释的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种预测紫萍lncrna以及功能注释的方法，其特征在于，s1所述紫萍lncrna为硫胁迫下的紫萍lncrna。

3.根据权利要求1所述的一种预测紫萍lncrna以及功能注释的方法，其特征在于，s5进行编码能力预测前，先对所有的转录本进行长度过滤，过滤掉长度小于200nt的转录本序列。

4.根据权利要求1所述的一种预测紫萍lncrna以及功能注释的方法，其特征在于，s5中，使用rnaplonc、pinc、lncfinder软件按默认参数对转录本进行编码能力预测，保留编码能力小于0的转录本。

5.根据权利要求1所述的一种预测紫萍lncrna以及功能注释的方法，其特征在于，s6中，将紫萍lncrna序列比对到mirbase数据库时，选取的阈值是比对率大于90且e值小于10的-5次方。<...

【专利技术属性】
技术研发人员：谢淳，傅明辉，黄伟文，潘晓伟，詹杰群，熊馨玫，
申请(专利权)人：广东工业大学，
类型：发明
国别省市：