【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及蛋白质序列氨基酸残基位点的进化起源时间预测，特别是涉及一种推断位点起源时间的方法、装置和存储介质。
技术介绍
1、比较基因组学对一个物种的多个个体基因组(群体)或多个物种基因组的结构和功能基因区域进行比较分析，包括比较多个物种的基因组结构特征的异同、研究物种间基因家族收缩与扩张、研究分化时间和演化关系、研究新基因的产生与进化等。比较基因组学基于物种基因序列相似性，即物种间基因序列同源性越高，基因组共线性越好，说明物种的亲缘关系越近；相反，如果物种间基因序列变异越大，说明物种分化时间越久远，亲缘关系就越远。通过系统发育地层确认进化时间轴，得到系统发育图谱，比较基因组学可以揭示基因、基因家族的起源和功能及其在进化过程中复杂化和多样化的机制。比较基因组学研究有助于进一步阐明物种进化的分子基础，探索基因起源机制，从基因进化的角度研究基因序列与功能的关系。虽然比较基因组学应用于基因分析取得了丰硕的成果，但至今相关领域仍少缺少对位点进化的分析，而对疾病和相关生物学过程的理解离不开对位点进化起源及保守性的认识。
2、癌症作为...
【技术保护点】
1.一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，包括：
2.根据权利要求1所述的一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，将最古老祖先的参考物种作为目标物种的进化谱系的系统发育地层1，越往后，其他参考物种，对应的系统发育地层排序越高，直到目标物种所在的系统发育地层。
3.根据权利要求2所述的一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，在基于全对全的序列比对框架内，利用图论原理，采用BLAST工具定义序列的相似性，通过设置E-value截断标准，筛选出具有显著同源性的蛋白质序列。
4.根据权利要求3所述的一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，...
【技术特征摘要】
1.一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，包括：
2.根据权利要求1所述的一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，将最古老祖先的参考物种作为目标物种的进化谱系的系统发育地层1，越往后，其他参考物种，对应的系统发育地层排序越高，直到目标物种所在的系统发育地层。
3.根据权利要求2所述的一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，在基于全对全的序列比对框架内，利用图论原理，采用blast工具定义序列的相似性，通过设置e-value截断标准，筛选出具有显著同源性的蛋白质序列。
4.根据权利要求3所述的一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，采用mafft工具通过命令行方式执行多序列比对，对齐序列，确定蛋白质序列之间的进化关系和序列保守性以得到蛋白质序列对齐结果。
5.根据权利要求4所述的一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，在忽视进化速率的异质性、氨基酸理化性质和功能以及种间生态差异的情况下，通过递归方法分析蛋白质序列对齐结果中目标物种的各个氨基酸残基位点的进化起源，以揭示位点进化特征。
6.根据权利要求5所述的一种推断位点起源时间的方法，其特征在于，构建递归函数f...
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