RNA病毒引物优选的设计的方法、设备、介质和程序产品技术

本发明专利技术涉及一种RNA病毒引物优选的设计的方法、设备、介质和程序产品。该方法包括：将所筛选出的关于待测RNA病毒的多个参考株基因组按预定长度和步长进行片段化，以便将所形成的每个序列片段作为引物设计模板；针对每个引物设计模板，将引物对比对到待测RNA病毒的所有已知亚型毒株的基因组上，以评估引物对对于每一种亚型毒株的扩增效果；基于每个引物对对于亚型毒株的覆盖度生成覆盖度二维矩阵，二维矩阵的每个元素指示元素所在行所关联的引物对于该元素所在列所关联的亚型毒株的覆盖度；以及针对覆盖度二维矩阵求解最少的行覆盖最多的列，以确定关于RNA病毒的目标引物的推荐组合。本发明专利技术能显著提高RNA病毒检测的准确性和可靠性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术总体上涉及生物信息处理，并且具体地，涉及用于rna病毒引物优选的设计的方法、计算设备、计算机存储介质和计算机程序产品。

技术介绍

1、目前临床常用的病原体检测方法主要有涂片镜检法、培养法、免疫学抗原抗体检测方法、分子生物学技术等，但这些检测方法均存在一定局限性。例如，涂片镜检法具有操作简单、用时短的优势，但其敏感性低，且无法辨认形态相似的细菌。培养法是病原学诊断的金标准，但其耗时长，不利于早期诊断，且阳性率较低，仅适用于少部分病毒检测。免疫学抗原抗体检测方法、以及分子生物学技术检测方法虽然可以快速、灵敏地鉴定病原微生物，但其每次只能鉴定一种或少数几种病原体，会出现检测方法未覆盖致病病原体的情况。因此，亟需一种能够快速、准确、全面地检测致病病原体的方法。

2、基于多重靶向病原体和二代测序技术（targeted-ngs，简称tngs）在感染性疾病诊断中具有重要的临床意义。tngs是对特定的目标病原体基因组片段进行富集或扩增后进行测序。tngs主要检测已发现的致病病原体，其优势在于：敏感性和特异性更高，耗时更短，数据分析更简易，成本更低，因本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于RNA病毒引物优选的设计的方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，针对每个引物设计模板，将引物对比对到待测RNA病毒的所有已知亚型毒株的基因组上，用以评估引物对对于每一种亚型毒株的扩增效果包括：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，确定引物针对所有亚型毒株中的每一种亚型毒株的扩增效果包括：

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于每个引物对对于亚型毒株的覆盖度生成覆盖度二维矩阵包括：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，将覆盖度二维矩阵的各元素分别与预定覆盖度阈值进行比较，以便基于比...

【技术特征摘要】

1.一种用于rna病毒引物优选的设计的方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，针对每个引物设计模板，将引物对比对到待测rna病毒的所有已知亚型毒株的基因组上，用以评估引物对对于每一种亚型毒株的扩增效果包括：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，确定引物针对所有亚型毒株中的每一种亚型毒株的扩增效果包括：

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于每个引物对对于亚型毒株的覆盖度生成覆盖度二维矩阵包括：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，将覆盖度二维矩阵的各元素分别与预定覆盖度阈值进行比较，以便基于比较结果将覆盖度二维矩阵进行转换包括：

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，预定覆盖度阈...

【专利技术属性】
技术研发人员：王晶，房柯池，
申请(专利权)人：中国科学院心理研究所，
类型：发明
国别省市：