一种用于评估甲基化转化效果的引物探针组合及方法技术

技术编号:41994453 阅读:22 留言:0更新日期:2024-07-12 12:20
一种用于评估甲基化转化效果的引物探针组合及方法,所述引物探针组合包括上游引物序列、下游引物序列和两条探针序列,所述方法包含了用于评估甲基化转化效果的引物探针组合、模板以及模板转化率与回收率的计算公式。所述计算方法中,转化效率=转化后模板的定量结果(F/R/PT)/转化后模板的定量结果(F/R/PC),回收率=转化后模板的定量结果(F/R/PC)/转化前模板的定量结果(F/R/PC)。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因检测,尤其是涉及一种用于评估甲基化转化效果的引物探针组合及方法


技术介绍

1、dna甲基化是基因表观遗传学修饰的一种重要方式,是指在dna甲基化转移酶(dnmt)的催化下,以s-腺苷甲硫氨酸为甲基供体,将活性甲基转移至dna链中特定碱基上的化学修饰过程。在哺乳动物中,dna甲基化主要发生在胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(cpg)岛5′端胞嘧啶上,生成为5′甲基胞嘧啶。

2、近年来的大量研究表明,dna异常甲基化与肿瘤的发生、发展及细胞癌变有着密切的联系,甲基化的检测对肿瘤的筛查和风险评估、早期诊断、分期分型、预后判断及治疗监测都具有重要的意义。

3、甲基化检测常用的方法是pcr检测以及ngs检测,这两种方法使用前通常要对基因组模板进行转化,通过转化实现甲基化胞嘧啶与非甲基化胞嘧啶的区分,从而实现甲基化的检测。

4、甲基化检测的模板转化的方法主要有三种:

5、第一种也是最经典的方法,即亚硫酸盐转化法,用亚硫酸氢盐处理dna,dna中没有甲基化的c碱基会被转化成u碱基。在弱酸性条件下,亚硫酸氢根离子会结本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于评估甲基化转化效果的引物探针组合,其特征在于,所述引物探针组合包括上游引物序列、下游引物序列和两条探针序列,

2.根据权利要求1所述的一种用于评估甲基化转化效果的引物探针组合,其特征在于,所述上游引物序列F1:5'-CTAGTAGCTGAAGGCATGCTTG-3',

3.一种用于评估甲基化转化效果的方法,其特征在于,所述方法包括权利要求1-2中任一所述的引物探针组合。

4.根据权利要求3所述的一种用于评估甲基化转化效果的方法,其特征在于,所述方法具体步骤如下:

5.根据权利要求4所述的一种用于评估甲基化转化效果的方法,其特征在...

【技术特征摘要】

1.一种用于评估甲基化转化效果的引物探针组合,其特征在于,所述引物探针组合包括上游引物序列、下游引物序列和两条探针序列,

2.根据权利要求1所述的一种用于评估甲基化转化效果的引物探针组合,其特征在于,所述上游引物序列f1:5'-ctagtagctgaaggcatgcttg-3',

3.一种用于评估甲基化转化效果的方法,其特征在于,所述方法包括权利要求1-2中任一所述的引物探针组合。

4.根据权利要求3所述的一种用于评估甲基化转化效果的方法,其特征在于,所述方法具体步骤如下:

5.根据权利要求4所述的一种用于评估甲基化转化效果的方法,其特征在于,步骤s1中,所述模板中与上游引物对应的序列位置以及与下游引物互补序列对应的位置均不包含有c或包含的c均为甲基化的c。

6.根据权利要求4所述的一种用于评估甲基化转化效果的方法,其特征在于,步骤s1中,所述模板中与两条探针对应的序列位置,两处均包含有两个及两个以上的c;其中一处包含的c...

【专利技术属性】
技术研发人员:王晓楠汪元清王冰欣吕晶静周寅夏懿
申请(专利权)人:复星诊断科技上海有限公司
类型:发明
国别省市:

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