单细胞DNA甲基化检测方法技术

本公开提供了单细胞DNA甲基化分析的方法，其能够实现高通量，可应用于多种组织内单细胞的全基因组DNA甲基化测序。

【技术实现步骤摘要】

本公开提供了单细胞dna甲基化检测方法。

技术介绍

0、技术背景

1、dna甲基化作为一种重要的表观遗传学修饰，在基因组调控过程中发挥着重要作用。dna甲基化的建立与去除通常与细胞命运决定、胚胎发育、疾病发生等过程息息相关。研究者通过分析不同组织或不同细胞类型其基因组中dna甲基化修饰分布差异，探索dna甲基化与细胞类型特异性基因表达、细胞状态维持及转化之间的关系。随着研究的深入，研究者发现提取组织基因组dna进行测序的方式会掩盖组织内细胞间的异质性。为针对大脑、癌症等复杂生物学组织实现高精度的dna甲基化分析，高通量单细胞dna甲基化测序技术显得尤为重要。

2、甲基化测序的原理是将携带与不携带甲基化修饰的胞嘧啶利用化学反应差异进行区分，其中包括基于重亚硫酸盐转化的全基因组dna甲基化测序技术，taps流程(liu etal.,nature biotechnology(2019).“bisulfite-free direct detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytos本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.分析单细胞基因组DNA的甲基化特征的方法，其包括：

2.权利要求1所述的方法，其中，所述模板转换寡核苷酸所包含的转座酶结合位点结合序列包括锁核苷酸(LNA)修饰；

3.权利要求1或2所述的方法，其中，所述填充缺口和/或延伸步骤包括使用A、T、C、G四种核苷酸，其中胞嘧啶核苷酸(例如dCTP)包含经修饰的胞嘧啶，所述经修饰的胞嘧啶耐受所述转化步骤；

4.权利要求1-3任一项所述的方法，其中，所述第一引物结合序列不含胞嘧啶核苷酸。

5.权利要求1-3任一项所述的方法，其中，所述第一引物结合序列包含胞嘧啶核苷酸，所述胞嘧啶核苷酸含有经修饰的胞...

【技术特征摘要】

1.分析单细胞基因组dna的甲基化特征的方法，其包括：

2.权利要求1所述的方法，其中，所述模板转换寡核苷酸所包含的转座酶结合位点结合序列包括锁核苷酸(lna)修饰；

3.权利要求1或2所述的方法，其中，所述填充缺口和/或延伸步骤包括使用a、t、c、g四种核苷酸，其中胞嘧啶核苷酸(例如dctp)包含经修饰的胞嘧啶，所述经修饰的胞嘧啶耐受所述转化步骤；

4.权利要求1-3任一项所述的方法，其中，所述第一引物结合序列不含胞嘧啶核苷酸。

5.权利要求1-3任一项所述的方法，其中，所述第一引物结合序列包含胞嘧啶核苷酸，所述胞嘧啶核苷酸含有经修饰的胞嘧啶，其中所述经修饰的胞嘧啶耐受所述转化步骤；

6.权利要求1-5任一项所述的方法，其中，所述转座子dna在第一引物结合序列的下游、所述转座酶结合位点的上游包含多个(例如2个，3个或4个)连续的尿嘧啶核苷酸。

7.权利要求1-6任一项所述的方法，其中，所述第一引物结合序列的3’端紧邻所述尿嘧啶核苷酸；

8.权利要求1-7任一项所述的方法，其中，在载体dna存在的情况下处理所述混合文库以将胞嘧啶转化为尿嘧啶；

9.权利要求1-8任一项所述的方法，其还包括对所述扩增子进行测序。

10.权利要求1-9任一项所述的方法，其中，使用第一和第二引物扩增经转化处理的混合文库以产生扩增子，所述扩增子在每个末端包含测序接头，从而生成测序文库。

11.权利要求10所述的方法，其中，所述测序接头为illumina测序接头。

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【专利技术属性】
技术研发人员：曹云龙，谢晓亮，袁天骄，白雅丽，
申请(专利权)人：北京昌平实验室，
类型：发明
国别省市：