本申请属于生物技术领域，公开了一种检测鸡白痢沙门菌的引物和探针，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示，所述探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。该引物和探针是针对于鸡白痢标准菌（Salmonella enterica subsp.enterica serovar Pullorum str.ATCC 9120）中的798087~799391 bp（靶标group_17537基因）及其中第170 bp的SNP位点开发，其具有高度特异，能够准确鉴别是否存在鸡白痢沙门菌。同时，本发明专利技术还提出了一种检测体系和用途。
【技术实现步骤摘要】
本申请为生物领域，具体涉及检测鸡白痢沙门菌的引物和探针、检测体系和用途。
技术介绍
1、病原微生物现有的核酸检测鉴定靶标通常通过研究功能基因而获得，这些基因常常是与病原体相关的代谢、繁殖或毒力相关的基因，如细菌的16s rrna基因或沙门菌中侵袭相关的蛋白基因inva。通过选择病原体这些特定的功能基因序列作为核酸检测靶标，从而对病原体进行定性检测。
2、功能基因筛选通常会关注与微生物的致病性、毒力等直接相关的基因，仅仅依靠功能基因筛选可能无法全面覆盖所有变种和亚型。这可能导致对于变种或亚型中的其他基因的忽视，因此常常难以作为检测特定亚型或血清型的检测靶标，对于更适合进行分型的具有多态性位点（如snp位点）的dna序列通常不作为靶标考虑，从而限制了检测的适用范围和特异性。
3、常规鸡白痢沙门菌的检测技术包括分离、选择性培养、纯化、血清学鉴定。血清学鉴定需进行如凝集反应、不溶性抗原反应、杀灭试验等以确定沙门菌的血清型。此外常规鸡白痢沙门菌的检测技术还包括聚合酶链式反应（pcr）和新一代测序（ngs）技术，聚合酶链式反应（pcr）是一种常用的分子检测技术，可用于快速、敏感地检测鸡白痢沙门菌。通过选择特异性引物，可以扩增目标沙门菌基因片段，如鸡白痢沙门菌的
ipaj等基因。pcr扩增后，通过凝胶电泳检测方法可以确定是否存在目标基因片段。新一代测序（ngs）技术：ngs技术可高通量地测序沙门菌的全基因组信息，并通过对比分析来确定沙门菌的血清型如鸡白痢血清型。
4、上述针对鸡白痢沙门菌的检测技术的缺陷如下：传统培养法需要进行菌落分离、纯化和血清学反应等多个步骤，整个过程耗时较长，可能需要数天至数周。且对培养条件要求严格，包括温度、氧气和湿度等，如果不符合要求可能会影响鉴定结果解读和判断血清学鉴定结果也比较困难；pcr需要开盖操作，可能造成气溶胶污染，凝胶电泳等步骤繁多，耗时长；ngs测序的费用较高，不是一项经济实惠的检测鉴定选择。
5、传统的血清学分型方法存在着许多缺陷，不能及时、准确地鉴定菌株的血清型。分子分型方法以快速、灵敏、准确等优点逐渐成为替代方法之一，但分子检测靶标的特异性和数量仍然是建立病原体快速检测技术的瓶颈。在分子检测方法方面，常用的鸡白痢沙门菌分子检测方法主要是基于ipaj等基因进行pcr检测。但针对鸡白痢血清型的特异性保守基因较少，有些基因还存在特异性不佳等问题；且pcr需要较长时间的反应后进行电泳跑胶、测序等验证，在便捷性方面存在一定的局限性。
6、本方案需要解决的问题：如何开发出一种基于snp位点的，具有针对性、特异性、敏感的适用于鸡白痢沙门菌的检测引物和探针。
技术实现思路
1、本专利技术的目的是提供一种检测鸡白痢沙门菌的引物和探针，该引物和探针是针对于鸡白痢标准菌（salmonella enterica subsp. enterica serovar pullorum str. atcc9120）中的798087 ~ 799391 bp及其中第170bp的snp位点（靶标group_17537基因）开发，其具有高度特异，能够准确鉴别是否存在鸡白痢沙门菌。
2、同时，本专利技术还提出了一种检测体系和用途。
3、为实现上述目的，本申请公开了一种检测鸡白痢沙门菌的引物和探针，所述引物的核苷酸序列如seq id no.1和seq id no.2所示，所述探针的核苷酸序列如seq id no.3所示。
4、更为具体来说，上游引物的序列为：ggcatttgaaaagacaatcc（seq id no.1）；
5、下游引物的序列为：ggtcgaaatccacaaaccag（seq id no.2）；
6、探针的序列为：gttgttat(fam)cgggct(rna)aagtgg-c3-bhq1；
7、其中fam为荧光基团；rna为核糖核苷酸修饰；c3为间臂类修饰；bhq1为淬灭基团；
8、需要说明的是，上述fam、rna、c3-bhq1为本领域常用的引物修饰；其还可以被cy5、bhq3等常用的荧光基团、猝灭基团等替代；
9、同时，本专利技术还公开了一种检测体系，含有如上所述的引物和探针。
10、在上述的检测体系中，包括10μltaq hs perfect mix (2×)，各0.5μl浓度为1μm的上下游引物和0.5μl浓度为1μm的探针，0.01μl浓度为2u/μl的rnase h2 酶，1μl的dna模板，去离子水补足至20μl。
11、最后，本专利技术还公开了采用如上所述的引物和探针制备用于检测鸡白痢沙门菌的试剂盒用途。
12、本申请的有益效果是：
13、1、高度特异：利用snp位点作为特异性靶标，具有更高的特异性，避免了沙门菌中其他非目标血清型的干扰，同时通过鸡白痢特异性检测靶标的分布情况表评估，基于该基因的检测能减少鸡白痢的漏检情况。
14、2、快速、便捷：利用snp位点作为特异性靶标建立qpcr检测方法，极大缩短了鸡白痢沙门菌鉴定所需的时间，只需通过一步荧光观测，无需测序，可进行特定snp位点的精准区分。
15、3、建立基于snp位点的鉴定方法，为鸡白痢沙门菌的检测提供了一种新的选择，且具有更广阔的应用前景。
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【技术保护点】
1.一种检测鸡白痢沙门菌的引物和探针，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQID NO.1和SEQ ID NO.2所示，所述探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
2.一种检测体系，其特征在于，含有如权利要求1所述的引物和探针。
3.根据权利要求2所述的检测体系，其特征在于，包括10μLTaq HS Perfect Mix (2×)，各0.5μL浓度为1μM的上下游引物和0.5μL浓度为1μM的探针，0.01μL浓度为2U/μL的RNase H2 酶，1μL的DNA模板，去离子水补足至20μL。
4.采用如权利要求1所述的引物和探针制备用于检测鸡白痢沙门菌的试剂盒的用途。
【技术特征摘要】
1.一种检测鸡白痢沙门菌的引物和探针，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如seqid no.1和seq id no.2所示，所述探针的核苷酸序列如seq id no.3所示。
2.一种检测体系，其特征在于，含有如权利要求1所述的引物和探针。
3.根据权利要求2所述的检测体系，其特征在于，包...
【专利技术属性】
技术研发人员：张建民，梁玉岑，廖明，林琦杰，徐成刚，郑泽鑫，蔡倩仪，许晓振，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：
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