本公开内容涉及一类工程化多肽，并提供了包含序列EX<subgt;2</subgt;X<subgt;3</subgt;X<subgt;4</subgt;AX<subgt;6</subgt;X<subgt;7</subgt;EIX<subgt;10</subgt;X<subgt;11</subgt;LPNLX<subgt;16</subgt;X<subgt;17</subgt;X<subgt;18</subgt;QX<subgt;20</subgt; X<subgt;21</subgt;AFIX<subgt;25</subgt;X<subgt;26</subgt;LX<subgt;28</subgt;X<subgt;29</subgt;X<subgt;30</subgt;PX<subgt;32</subgt;QSX<subgt;35</subgt;X<subgt;36</subgt;LLX<subgt;39</subgt;E AKKX<subgt;45</subgt;X<subgt;46</subgt;X<subgt;47</subgt;Q的多肽。本公开内容还涉及基于共同支架的多肽变体的群体，所述群体中的每个多肽包含氨基酸序列EX<subgt;2</subgt;X<subgt;3</subgt;X<subgt;4</subgt;AX<subgt;6</subgt;X<subgt;7</subgt;EIX<subgt;10</subgt;X<subgt;11</subgt;LPNL X<subgt;16</subgt;X<subgt;17</subgt;X<subgt;18</subgt;QX<subgt;20</subgt;X<subgt;21</subgt;AFIX<subgt;25</subgt;X<subgt;26</subgt;LX<subgt;28</subgt;X<subgt;29</subgt;X<subgt;30</subgt;PX<subgt;32</subgt;QSX<subgt;35</subgt;X<subgt;36</subgt;LLX<subgt;39</subgt;E AKKLX<subgt;45</subgt;X<subgt;46</subgt;X<subgt;47</subgt;Q；并涉及用于从所述群体选择具有对预定靶的亲和力的期望的多肽的方法。
【技术实现步骤摘要】
专利
本专利技术涉及新的多肽、其产生方法以及基于共同支架的新的多肽变体的群体。例如，群体可被用来提供新的结合蛋白和多肽。背景用于构建新的结合蛋白的不同方法已被描述(nygren pa和uhlén m(1997)curropin struct biol 7：463-469)。一种策略是将文库产生和筛选与选择期望的特性组合。基于共同的、第一代支架的第一代z变体多肽，此类分子的群体和涉及它们的方法已在wo95/19374中描述。另外，基于第二代支架的z变体多肽，此类分子的群体以及涉及它们的方法已在wo2009/080811中描述。这两个公开内容的教导通过引用并入本文。对于一些应用，期望z变体多肽或其群体具有改进的特性，诸如较高的碱稳定性、低抗原性、结构稳定性、易于化学合成和亲水性。wo2009/080811公开了具有改进的特性的具有共同支架的z变体，但并不是每个期望的特性都可通过如其中描述的z变体多肽来获得。多肽药物成功的一个关键因素是其稳定性。显示高结构稳定性的多肽将最有可能在生产期间以及在人体内在功能上经受化学修饰、物理条件和蛋白水解中的变化。此外，稳定性将影响多肽药物的活性保质期，以及多肽药物在人体内的有效寿命。因此，对改进z变体多肽的稳定性存在持续需求。专利技术描述本专利技术的一个目的是提供具有新的支架的多肽，所述多肽减轻了当前可得的z变体多肽的以上提到的缺点和其他缺点。本专利技术的另一个目的是提供一种用于基于新的支架产生多肽的方法。本专利技术的又一个目的是提供此类改进的多肽变体的群体，所述变体的全部都基于新的支架。本专利技术的另一个目的是提供多核苷酸的群体。本专利技术的又另一个目的是提供多肽的群体和多核苷酸的群体的组合。本专利技术的另外的目的是提供一种用于从多肽的群体选择具有对预定靶的亲和力的期望的多肽的方法。另一个目的是提供一种用于分离多核苷酸的方法，所述多核苷酸编码具有对预定靶的亲和力的期望的多肽。另一个目的是提供一种用于鉴定具有对预定靶的亲和力的期望的多肽的方法。另外的目的是提供一种用于选择和鉴定具有对预定靶的亲和力的期望的多肽的方法。相关的目的是提供一种用于产生具有对预定靶的亲和力的期望的多肽的方法。这些和其他目的可通过在本申请中公开的不同方面来实现。在本公开内容的第一方面，提供了多肽，所述多肽包含选自以下的氨基酸序列：i)ex2x3x4ax6x7eix10 x11lpnlx16x17x18qx20x21afix25x26lx28x29x30px32qsx35x36llx39eakklx45x46x47q，其中，x2、x3、x4、x6、x7、x10、x11、x17、x18、x20、x21、x25和x28的每个独立地对应于任何氨基酸残基；且其中，彼此独立地，x16选自n和t；x26选自k和s；x29x30px32选自ddps和rqpe；x35选自a和s；x36选自e和n；x39选自a、c和s；x45选自e、n和s；x46选自d、e和s，条件是当x45是n时x46不是d；x47选自a和s；以及ii)与i)中定义的序列具有至少91％同一性的氨基酸序列，条件是当x45为n时x46不是d。在以上多肽序列i)内，定义为“独立地对应于任何氨基酸”的每个氨基酸x单独地对应于选自所有可能的氨基酸的氨基酸残基。为了清楚起见，这适用于对应于以上序列i)中的位置x2、x3、x4、x6、x7、x10、x11、x17、x18、x20、x21、x25和x28的氨基酸位置。这意味着，每个此类x可独立于该序列中指示的任何其他残基x的身份为任何氨基酸残基。在氨基酸序列中，这些氨基酸x可以以这样的方式选自所有20种天然存在的氨基酸残基，所述方式为这20种天然存在的氨基酸残基的任一种可存在于任何给定的变体中相应的x位置。在每个位置中的氨基酸残基的选择可以是或多或少随机化的。还可能的是，限制不同变化的氨基酸残基从其选择的组为20种天然存在的氨基酸残基的19种、18种、17种、16种或更少。在不同的位置中的变化性可在一种(意味着不随机化)直至所有20种氨基酸之间被单独调整。氨基酸的较小子集的随机引入可通过引入的脱氧核糖核苷酸碱基的仔细选择来获得，例如密码子t(a/c)c可被引入以获得在多肽链中给定的位置处的丝氨酸或酪氨酸的随机引入。同样地，密码子(t/c/a/g)cc可被引入以获得在多肽链中给定的位置处的苯丙氨酸、亮氨酸、丙氨酸和缬氨酸的随机引入。技术人员知道脱氧核糖核苷酸碱基组合的许多替代性选择，其可被用来获得在多肽链中给定的位置处的氨基酸的不同组合。可出现在多肽链中给定的位置处的氨基酸的集合还可通过在寡核苷酸合成期间引入三核苷酸而不是一次一个脱氧核糖核苷酸碱基来确定。氨基酸的定义的集合还可使用裂池合成法(split-pool synthesis)使定义的密码子在合成中掺入期望的位置来获得。获得随机化双链接头的又另一个替代性选择是通过使用连接和随后建立的双链dna的限制性酶切掺入三核苷酸构造块的随机化集合。在本公开内容的一个实施方案中，提供了具有对预定靶的亲和力的多肽。在一个此类实施方案中，提供靶结合特异性的氨基酸残基是在对应于以上序列i)中位置2、3、4、6、7、10、11、17、18、20、21、25和28的位置中的氨基酸残基。同样地，在此类多肽中，未提供靶结合特异性的氨基酸残基被称为“支架氨基酸”或简称为“支架”。因此，在一个实施方案中，如本文定义的支架氨基酸残基是在对应于以上序列i)中位置1、5、8、9、12-15、19、22-24、27、31、33-34、37-38、40-44和48的位置中的氨基酸残基。技术人员将理解，由如本文定义的多肽的支架氨基酸提供的有利特性独立于所述多肽的靶结合特异性。如技术人员将认识到的，任何多肽诸如本公开内容的多肽的功能，取决于多肽的三级结构。因此，对多肽中的氨基酸序列作出微小改变而不影响其功能是可能的。因此，本公开内容包括所述多肽的修饰的变体，所述变体不改变多肽的功能特性，诸如其改进的稳定性和/或其对预定靶的结合亲和力。以这种方式，本公开内容还包括多肽，所述多肽包含与i)中定义的序列具有91％或更大的同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多肽可包含与i)中定义的序列为至少93％，诸如至少95％，诸如至少97％相同的序列。在一些实施方案中，序列定义i)和ii)之间的此类差异可见于如本文公开的多肽的序列的任何位置中。在其他实施方案中，此类变化可仅见于支架氨基酸残基中。在其他实施方案中，所述变化可仅见于提供靶结合特异性的氨基酸残基中。例如，可能的是，属于氨基酸残基的特定功能分组(例如疏水性、亲水性、极性等等)的氨基酸残基可被交换为来自相同功能组的另一个氨基酸残基。例如，如在整个说明书中使用的术语“％同一性”可如下计算。使用clustal w算法(thompson等，nucleic acids research，22：4673-4680(1994))比对查询序列与靶序列。比较在对应于一个比对的序列(例如最短的)的窗口上作出。窗口可在某些情况下通过靶序列来定义。在其他情况下，窗口可通过查询序列来定义。将在每个位置处的氨基酸残基进行比较，并且在靶序列中具有相同的对应物的查询序列中的位置的百分比被报告为％同一性。本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.多肽，所述多肽包含选自以下的氨基酸序列：
2.根据权利要求1所述的多肽，其中X45是S。
3.根据权利要求1或2所述的多肽，其中X45X46选自ES和SE。
4.根据权利要求3所述的多肽，其中X45X46是SE。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的多肽，所述多肽包含选自以下的氨基酸序列：
6.融合多肽，所述融合多肽包含根据权利要求1-5中任一项所述的多肽作为部分。
7.多核苷酸，所述多核苷酸编码根据权利要求1-6中任一项所述的多肽或融合多肽。
8.基于共同支架的多肽变体的群体，所述群体中的每个多肽包含选自以下的氨基酸序列：
9.根据权利要求8所述的群体，所述群体包含至少1x104个独特的多肽分子。
10.多核苷酸的群体，其特征在于其每个成员编码根据权利要求8-9中任一项所述的多肽的群体的成员。
11.根据权利要求8-9中任一项所述的多肽的群体与根据权利要求10所述的多核苷酸的群体的组合，其中所述多肽的群体的每个成员与编码该成员的多核苷酸经由用于基因型-表型偶联的方法在物理上或空间上关联。
12.根据权利要求11所述的组合，其中所述用于基因型-表型偶联的方法包括噬菌体展示系统。
13.用于从多肽的群体选择具有对预定靶的亲和力的期望的多肽的方法，所述方法包括以下步骤：
14.用于分离多核苷酸的方法，所述多核苷酸编码具有对预定靶的亲和力的期望的多肽，所述方法包括以下步骤：
15.用于鉴定具有对预定靶的亲和力的期望的多肽的方法，所述方法包括以下步骤：
16.用于从多肽的群体选择和鉴定具有对预定靶的亲和力的期望的多肽的方法，所述方法包括以下步骤：
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【技术特征摘要】
1.多肽，所述多肽包含选自以下的氨基酸序列：
2.根据权利要求1所述的多肽，其中x45是s。
3.根据权利要求1或2所述的多肽，其中x45x46选自es和se。
4.根据权利要求3所述的多肽，其中x45x46是se。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的多肽，所述多肽包含选自以下的氨基酸序列：
6.融合多肽，所述融合多肽包含根据权利要求1-5中任一项所述的多肽作为部分。
7.多核苷酸，所述多核苷酸编码根据权利要求1-6中任一项所述的多肽或融合多肽。
8.基于共同支架的多肽变体的群体，所述群体中的每个多肽包含选自以下的氨基酸序列：
9.根据权利要求8所述的群体，所述群体包含至少1x104个独特的多肽分子。
10.多核苷酸的群体，其特征在于其每个成员编码根据权...
【专利技术属性】
技术研发人员：埃里克·努德林，乔金·尼尔森，帕特里克·斯托姆博格，
申请(专利权)人：阿菲博迪公司，
类型：发明
国别省市：
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