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【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及测序领域,特别是涉及一种试剂盒及其应用以及一种核酸杂交方法。
技术介绍
1、二代测序技术(next-generation sequencing,ngs)又称为高通量测序(high-throughput sequencing),是基于pcr和基因芯片发展而来的dna测序技术。该技术主要涉及的步骤是测序文库构建(待测序列的一端或两端连接接头序列得到测序文库)、测序文库杂交(通过芯片表面固定的探针与测序文库的接头序列互补杂交以捕获测序文库)、对测序文库进行扩增、扩增后解链将原始测序文库切除,留下与测序文库对应的模板链、利用聚合酶由探针开始依据模板链合成子链,过程中利用荧光信号辨别子链添加的每一个核苷酸,完成对待测序列中碱基次序的测定。
2、ngs的测序过程中,测序文库杂交这一步骤通常需要在一个有一定离子强度、中性的溶液体系中进行。在将测序文库杂交到芯片表面上时,测序文库的片段越短,其杂交效率越高,主要原因有两点:①片段越短,分子运动速率越快;②片段越短,该片段形成发卡结构的概率越低,因此,短片段测序文库在杂交这一过程中会比长片段测序文库优先杂交,导致在最终的测序结果中,出现较多的测穿序列(即测序文库长度小于测序平台的最大测序读长,测序平台在自身的测序读长之内,即可测定测序文库的全部碱基的情况),轻则造成资源浪费,重则直接影响测序质量,导致错误率急剧攀升,进而影响结果判读。
技术实现思路
1、为了解决测序文库杂交过程中,存在长度差异的测序文库的杂交概率不同,导致最
2、第一方面,本专利技术提供了一种试剂盒,该试剂盒用于第一核酸片段和第二核酸片段结合,其中,第一核酸片段的至少一端含有第一单链末端,第二核酸片段含有第二单链末端,且第一核酸片段和第二核酸片段通过第一单链末端和第二单链末端结合,试剂盒至少包括第一试剂和第二试剂,且试剂盒中的各试剂混合形成的混合溶液的粘度为1-6mpa.s。
3、该试剂盒中各试剂混合形成的混合溶液是专利技术人意外发现作出的,适于在涉及核酸分子杂交的应用中作为杂交的溶液体系使用。混合溶液的粘度范围为1-6mpa.s,能够降低短片段测序文库在其中的分子运动速率,从而降低短片段测序文库的杂交效率,使得长片段测序文库的杂交比率上升,以此达到降低测穿序列比率的目的,使得测序结果准确性得以提高。
4、在一个示例中,第一试剂为增粘剂。增粘剂可以增加混合溶液的粘度,使其达到一定范围,降低短片段测序文库在其中的分子运动速率,从而降低短片段测序文库的杂交效率,以此达到降低测穿序列占比的目的。
5、较佳地,增粘剂为多聚体。
6、在一些示例中,增粘剂为硫酸葡聚糖钠盐、硫酸葡聚糖及其衍生物、聚乙二醇6000、聚乙二醇8000或聚丙烯酸中的至少一种。
7、在一些示例中,增粘剂在混合溶液中的质量浓度为0%~7.5%。
8、在另一示例中,第二试剂为变性剂。使用加入了变性剂的混合溶液进行杂交时的杂交温度比使用未添加变性剂的溶液进行杂交时的杂交温度低,能够降低长片段测序文库形成发卡结构的概率,从而提高长片段测序文库的杂交效率,进而提高长片段测序文库的占比,使测序结果更准确,减少资源浪费。
9、在一些示例中,变性剂为酰胺和/或亚砜。
10、较佳地,变性剂为二甲基亚砜和/或甲酰胺。
11、在一些示例中,变性剂在混合溶液中的体积百分比浓度为0%~50%。
12、在一些示例中,试剂盒还包括缓冲液和/或表面活性剂。
13、较佳地,表面活性剂为聚山梨醇酯20、聚氧乙烯山梨糖醇酐单棕榈酸酯、聚山梨酸酯60、聚山梨醇酯80、十二烷基磺酸钠、十二烷基硫酸钠、十二烷基苯磺酸钠或triton x-100中的至少一种。
14、在一些示例中,表面活性剂在混合溶液中的体积百分比浓度为0.1%~1%。
15、在一些示例中,试剂盒还包括金属离子螯合剂。
16、较佳地,金属离子螯合剂为乙二胺四乙酸、乙二醇双(2-氨基乙基醚)四乙酸或二羟乙基甘氨酸中的至少一种。
17、在又一示例中,试剂盒中至少一种试剂分装,或试剂盒中的所有试剂混合形成混合溶液。
18、第二方面,本专利技术还提供了上述试剂盒在核酸分子杂交中的应用。在核酸分子杂交反应中应用上述试剂盒,能够提高长片段核酸分子的杂交效率。
19、第三方面,本专利技术还提供一种核酸杂交方法,包括:将第一核酸片段、第二核酸片段和上述试剂盒中的混合溶液混合,使得第一核酸片段与第二核酸片段结合,其中,第一核酸片段的至少一端含有第一单链末端,第二核酸片段含有第二单链末端,且第一核酸片段和第二核酸片段通过第一单链末端和第二单链末端结合。
20、在一个示例中,第一核酸片段为dna双链片段、dna单链片段或rna片段。
21、在另一示例中,第二核酸片段为dna双链片段、dna单链片段或rna片段。
22、该方法适用于核酸分子杂交过程。核酸杂交过程可以是基因测序中的测序文库和探针的杂交过程、识别特异性核苷酸序列实验中的探针与待测靶核苷酸的杂交过程等。
23、本专利技术实施方式的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出,部分将从下面的描述中变得明显,或通过本专利技术实施方式的实践了解到。
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1.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒用于第一核酸片段和第二核酸片段结合,其中,所述第一核酸片段的至少一端含有第一单链末端,所述第二核酸片段含有第二单链末端,且所述第一核酸片段和所述第二核酸片段通过所述第一单链末端和所述第二单链末端结合,
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述第一试剂为增粘剂,
3.根据权利要求1或2所述的试剂盒,其特征在于,所述第二试剂为变性剂,
4.根据权利要求1-3任一项所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括缓冲液和/或表面活性剂,
5.根据权利要求1-4任一项所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括金属离子螯合剂,
6.根据权利要求1-5任一项所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中至少一种试剂分装,或所述试剂盒中的所有试剂混合形成所述混合溶液。
7.权利要求1-6任一项所述的试剂盒在核酸分子杂交中的应用。
8.一种核酸杂交方法,其特征在于,包括:
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,所述第一核酸片段为DNA双链片段、DNA单链片段或RNA
10.根据权利要求8或9所述的方法,其特征在于,所述第二核酸片段为DNA双链片段、DNA单链片段或RNA片段。
...【技术特征摘要】
1.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒用于第一核酸片段和第二核酸片段结合,其中,所述第一核酸片段的至少一端含有第一单链末端,所述第二核酸片段含有第二单链末端,且所述第一核酸片段和所述第二核酸片段通过所述第一单链末端和所述第二单链末端结合,
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述第一试剂为增粘剂,
3.根据权利要求1或2所述的试剂盒,其特征在于,所述第二试剂为变性剂,
4.根据权利要求1-3任一项所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括缓冲液和/或表面活性剂,
5.根据权利要求1-4任一项所述的试剂...
【专利技术属性】
技术研发人员:尚欢,
申请(专利权)人:深圳市真迈生物科技有限公司,
类型:发明
国别省市:
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