【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因工程领域，特别是一种基于 erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记及其检测方法。
技术介绍
1、文昌鸡一般指海南文昌鸡，是原产自中国海南省的肉鸡品种，文昌鸡与其他鸡种相比，从外型到肉质都具有较为突出的特点。需要一种方法能够通过检测变异进行筛选，作为分子标记应用于文昌鸡选育中。
2、 erbb4 是tyr蛋白激酶家族和表皮生长因子受体亚家族的成员，编码的i型膜蛋白与神经调节蛋白和其他因子结合并被其激活，诱导多种细胞反应，包括有丝分裂和分化。调节动物心脏、中枢神经系统的发育、基因转录、细胞增殖、分化、迁移和凋亡。同时 erbb4 被发现是家鸡基因组中被正向选择的基因之一，在胚胎发育和骨骼发育的调节中起着重要作用。
3、本专利技术通过检测筛选得到一个作为分子标记应用于文昌鸡选育的结构变异标记序列，在实际育种工作中，可以为体重的定向选育提供有力的参考。
技术实现思路
1、为解决现有技术的不足，本专利技术的目的在于提供一种基于 erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记及其检测方法，本专利技术通过检测筛选得到一个作为分子标记应用于文昌鸡选育的结构变异标记序列。
2、为了实现上述目标，本专利技术采用如下的技术方案：
3、一种基于
4、前述的一种基于 erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记，文昌鸡插入结构变异标记序列的个体的体重高于无插入结构变异标记序列个体的体重。
5、前述的一种基于 erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，
6、包括如下步骤：
7、步骤一，二代测序的sv鉴定：
8、获得个体的illumina双端测序数据，再通过多种检测软件并结合多种sv检测算法计算，再使用survivor软件合并每个样本得到的sv，对合并的sv进行过滤，根据sv的最高频率位置来细化它们的断点；
9、步骤二，基于组装的sv鉴定：
10、使用pggb软件构建泛基因组变异图来检测基于组装的结构变异，组装的基因组包括：新组装的基因组wchap1和已发表的组装基因组；接下来，使用vg工具包鉴定wchap1上所有常染色体和z染色体的sv；生成的vcf文件包含了所有31个组装基因组的sv；
11、 erbb4在所述新组装的基因组wchap1中位于chr7:3090622-3581723；
12、在参考基因组bgalgal1.mat.broiler.grcg7b(gcf_016699485.2)的位置为nc_052539.1 3133650-3625134;
13、在参考基因组bgalgal1.pat.whiteleghornlayer.grcg7w(gcf_016700215.2)的位置为nc_052580.1 3074777-3566088；
14、步骤三，构建泛基因组图；
15、将wchap1作为泛基因组图的主干，在不删除任何替代等位基因的情况下，使用vg工具包的construct模块，将先前识别的基于二代测序和基于组装的sv合并到泛基因组变异图中；然后对生成的泛基因组图进行索引；sv在图中被描述为气泡，路径代表相应的等位基因；所述路径包括参考序列的起始节点和终止节点，以及遍历这些节点的路径；
16、步骤四，基于图的sv基因分型：
17、使用泛基因组图再对354个高深度测序（>10×）的样本进行基因分型；将每个样本的clean reads与图基因组进行比对，得到gam格式的结果文件，排除比对质量<5或碱基质量<5的比对；随后使用“vg pack”建立索引；在构建的泛基因组图上，使用“vg call”产生354个样本的sv基因分型结果；
18、步骤五，sv的gwas，筛选得到一个作为分子标记应用于文昌鸡选育的结构变异标记序列：
19、在sv数据集上使用线性混合模型进行gwas，并将性别、亲属关系和群体结构作为辅助因子进行调整，使用snp计算亲缘关系矩阵，确定群体结构；使用统一阈值确定全基因组显著性阈值；筛选得到一个作为分子标记应用于文昌鸡选育的结构变异标记序列。
20、前述的一种基于 erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，
21、二代测序的sv鉴定的方法具体为：获得354个个体的illumina双端测序数据，获得个体的illumina双端测序数据，再通过多种检测软件并结合多种sv检测算法计算，再使用survivor软件合并每个样本得到的sv，参数如下：50 1 1 1 0 50；然后，使用以下参数对合并的sv进行过滤：na 50 100000 0 -1；接下来，根据sv的最高频率位置来细化它们的断点；
22、多种sv检测算法为：read-pair (rp), split-read (sr), read depth (rd)和assembly (as)；
23、多种检测软件为：manta、delly、wham、smoove、dysgu和grids2。
24、前述的一种基于 erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，步骤二，基于组装的sv鉴定：
25、除了新组装的基因组wchap1外，还使用了来自ncbi的30个样本的已发表组装基因组，以通过构建泛基因组变异图来检测基于组装的结构变异；这一步使用pggb软件完成，参数为-p 95-s 10000 -t 20 --poa-params 1,9,16,2,41,1；接下来，在默认参数的deconstruct模式下，使用vg工具包鉴定wchap1上所有常染色体和z染色体的sv；生成的vcf文件包含了所有31个组装基因组的sv。
26、前述的一种基于 erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，步骤三，构建泛基因组图：
27、将wchap1作为泛基因组图的主干，在不删除任何替代等位基因的情况下，使用vg工具包的construct模块，将先前识别的基于二代测序和基于组本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记，其特征在于，所述结构变异标记位于染色体chr7上的ERBB4基因，插入位点在3538284，插入的结构变异标记序列为SEQ ID No:01。
2.根据权利要求1所述的一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记，其特征在于，文昌鸡插入结构变异标记序列的个体的体重高于无插入结构变异标记序列个体的体重。
3.根据权利要求1所述的一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：
4.根据权利要求3所述的一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，其特征在于，步骤一，二代测序的SV鉴定：获得354个个体的Illumina双端测序数据，获得个体的Illumina双端测序数据，再通过多种检测软件并结合多种SV检测算法计算，再使用SURVIVOR软件合并每个样本得到的SV，参数如下：50 1 1 1 0 50；然后，使用以下参数对合并的SV进行过滤：NA 50 100000 0 -1；接下来，根据SV的最高频率位置来细化它
5.根据权利要求3所述的一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，其特征在于，步骤二，基于组装的SV鉴定：
6.根据权利要求3所述的一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，其特征在于，步骤三，构建泛基因组图：
7.根据权利要求3所述的一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，其特征在于，步骤四，基于图的SV基因分型：
8.根据权利要求3所述的一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，其特征在于，步骤五，SV的GWAS，筛选得到一个作为分子标记应用于文昌鸡选育的结构变异标记序列：
9.根据权利要求1所述的一种基于ERBB4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的应用，其特征在于，通过检测变异进行筛选，作为分子标记应用于文昌鸡选育中。
...【技术特征摘要】
1.一种基于erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记，其特征在于，所述结构变异标记位于染色体chr7上的erbb4基因，插入位点在3538284，插入的结构变异标记序列为seq id no:01。
2.根据权利要求1所述的一种基于erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记，其特征在于，文昌鸡插入结构变异标记序列的个体的体重高于无插入结构变异标记序列个体的体重。
3.根据权利要求1所述的一种基于erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：
4.根据权利要求3所述的一种基于erbb4基因并应用于文昌鸡选育的结构变异标记的检测方法，其特征在于，步骤一，二代测序的sv鉴定：获得354个个体的illumina双端测序数据，获得个体的illumina双端测序数据，再通过多种检测软件并结合多种sv检测算法计算，再使用survivor软件合并每个样本得到的sv，参数如下：50 1 1 1 0 50；然后，使用以下参数对...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵鹏举，彭宸，王争光，余东游，
申请(专利权)人：浙江大学海南研究院，
类型：发明
国别省市：
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