【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及玉米品种鉴定，具体涉及用于鉴定杭糯玉21糯玉米品种的indel分子标记及其应用。
技术介绍
1、玉米(zea mays l.)是重要的粮食作物，对我国粮食安全和经济发展有重要的影响。玉米具有调中开胃，益肺宁心，清湿热，利肝胆，延缓衰老等功能，有着很高的营养价值和保健作用。
2、玉米种质是选育优良玉米杂交种以及发展玉米生产的物质载体，玉米在千百年来的进化历程中形成了极其丰富的遗传种质，玉米种质的改良与创新已成为世界玉米育种的发展方向之一。有效鉴定玉米品种对玉米品种选育、试验、质量和市场管理以及产权保护具有重要的现实意义。
3、在常规育种工作以及传统农业生产的实践中，对玉米品种的主要鉴定方法是表型统计鉴定，如株高、株形、穗位高等，这种统计方法在以往的工作中起到了巨大的作用，但是也存在很大的不稳定性。玉米的表型特征易受到外界环境因素影响，如温度、水分、光照等都会造成植株表型不准确；同时植物的表型特征存在通用性，即一个玉米品种的一特征表型可能在另外多个品种上重现。为了提高鉴定准确度，则需要统计多项表型结果，花费大量人力、物力的同时，其准确度也不够高。目前，上述方法已经无法满足玉米品种鉴定的需求。
4、随着分子生物学技术的日益成熟，利用分子生物学技术从基因组水平上对玉米种质资源进行基因型分析，开发可用于特异性分析的分子标记，对提高玉米种质资源的利用效率、发掘优异基因、促进分子标记辅助选择育种技术的应用和发展具有重要意义。
5、插入缺失标记(insertion/deletion，
6、杭糯玉21(浙审玉2019002号)是一种糯玉米品种，品种来源：n-21×tn789，株型半紧凑，上部叶片茂盛，株高211.0厘米，穗位高84.5厘米，双穗率0.4％，空秆率0.2％，倒伏率1％，倒折率0.0％；果穗较大，锥形，籽粒白色。该品种植株适中，品质优，中抗小斑病，抗大斑病和感纹枯病，适宜在浙江区域种植。
7、目前尚未开展杭糯玉21品种特异性研究。因此，需要开发新的分子标记，从而加强对杭糯玉21品种的保护，同时应用于杭糯玉21种子纯度检测以提高检验效率。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一组用于鉴定杭糯玉21的indel分子标记及其应用，为简单、快速、高效准确鉴定杭糯玉21的真实性奠定技术基础，同时，为杭糯玉21基于分子生物学技术的深入研究提供了序列和indel位点信息。
2、为了实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
3、本专利技术提供了indel位点检测试剂在鉴定杭糯玉21品种中的应用，所述试剂用于检测如下indel01～indel37位点中的至少一个indel位点，
4、所述indel01位点位于b73-v5基因组中第8号染色体的74327965位存在tctccacgcagagaagcgcctacgccgtctcagcggaggcatcca片段的缺失；
5、所述indel02位点位于b73-v5基因组中第5号染色体的205618420位存在tactaagtcgatggaacc片段的缺失；
6、所述indel03位点位于b73-v5基因组中第5号染色体的224380350位存在catgcgggcatagtaaatgtatgaggagatccacctc片段的缺失；
7、所述indel04位点位于b73-v5基因组中第10号染色体的21302050位存在gcttgggtgtcatcatgcgtgaagcaaa片段的缺失；
8、所述indel05位点位于b73-v5基因组中第7号染色体的151363532位存在gagcaagagttggga片段的缺失；
9、所述indel06位点位于b73-v5基因组中第3号染色体的32571190位存在gctgcgatgaaactttactt片段的插入；
10、所述indel07位点位于b73-v5基因组中第2号染色体的59957178位存在ttggtgtgcatatgaaggtctaggagctccttcctacaataacagtatgctaagcaggaa ctgtgcagctatctcaaatgccaaaagattggctcggcat片段的缺失；
11、所述indel08位点位于b73-v5基因组中第2号染色体的237399322位存在tttgcactctaactctttctatagaaaaca片段的插入；
12、所述indel09位点位于b73-v5基因组中第1号染色体的9520388位存在ataaagtaccaaaaagaaaataattattggagagagtgggggtgcaagcggtat片段的缺失；
13、所述indel10位点位于b73-v5基因组中第1号染色体的40513192位存在aaccactctgcaaacagcctcgcaggtcacggccagcagggacagccgc片段的缺失；
14、所述indel11位点位于b73-v5基因组中第9号染色体的152997579位存在taattaaggatgacg片段的缺失；
15、所述indel12位点位于b73-v5基因组中第8号染色体的120261605位存在ccagcggcagcagcagcg或cccagcagcagcagcagcg片段的插入；
16、所述indel13位点位于b73-v5基因组中第3号染色体的139994638位存在agcc片段的缺失；
17、所述indel14位点位于b73-v5基因组中第9号染色体的152997579位存在taattaaggatgacg片段的缺失；
18、所述indel15位点位于b73-v5基因组中第1号染色体的21540354位存在gataaacagacccttagtggttttgttttctcaagcaaagctcatta片段的插入；
19、所述indel16位点位于b73-v5基因组中第10号染色体的63055748位存在gactacacataacaaa片段的缺失；
20、所述indel17位点位于b73-v5基因组中第1号染色体的307473335位存在cacggaacacgaatgaccctggagcttggtggccctcgtgagggtgaacaaaagctaa aggata片段的缺失；
21、所述indel18位点位于b73-v5基因组中第3号染色体的182101444位存在aattt本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.InDel位点检测试剂在鉴定杭糯玉21品种中的应用，其特征在于，所述试剂用于检测如下Indel01～Indel37位点中的至少一个InDel位点，
2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述InDel位点检测试剂包括用于扩增包含所述InDel位点的DNA片段的PCR引物对。
3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述包含所述InDel位点的DNA片段为以所述InDel位点为坐标，选取上下游各100～800bp的片段。
4.一种用于检测权利要求1所述InDel位点的引物组合，其特征在于，包括引物组1～31中的任意一组或多组，
5.如权利要求4所述的引物组合在鉴定杭糯玉21品种中的应用。
6.一种鉴定杭糯玉21品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.根据权利要求6所述的鉴定杭糯玉21品种的方法，其特征在于，步骤3)中，所述PCR扩增的反应体系以10μL计，包括2×快速PCR混合液5μL、DNA模板25ng、正向引物和反向引物各0.5μL、余量为ddH2O。
8.根据权利要求6所述的鉴定杭糯
9.根据权利要求6所述的鉴定杭糯玉21品种的方法，其特征在于，扩增产物在质量百分比浓度为8％的聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳。
...【技术特征摘要】
1.indel位点检测试剂在鉴定杭糯玉21品种中的应用，其特征在于，所述试剂用于检测如下indel01～indel37位点中的至少一个indel位点，
2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述indel位点检测试剂包括用于扩增包含所述indel位点的dna片段的pcr引物对。
3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述包含所述indel位点的dna片段为以所述indel位点为坐标，选取上下游各100～800bp的片段。
4.一种用于检测权利要求1所述indel位点的引物组合，其特征在于，包括引物组1～31中的任意一组或多组，
5.如权利要求4所述的引物组合在鉴定杭糯玉21品种中的应用。
【专利技术属性】
技术研发人员：颜韶兵，包劲松，葛常青，应逸宁，刘霁虹，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：
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