一种基于微流控芯片的空间三维基因组学测序方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种基于微流控芯片的空间三维基因组学测序方法及其应用。本发明专利技术的方法将组织切片的分子标记过程进行分段化，即通过“整体标记—部分裂解—部分标记—整体裂解”流程，先在空间位置水平对组织切片进行微米水平的位置标记，之后再将组织切片通过超声破碎的方式裂解成纳米水平的蛋白质‑核酸复合体并在纳米水平对大分子复合体进行个体标记，最后再将大分子复合体进行裂解并获得同时含有空间位置信息和染色质构象信息的DNA分子后进行建库测序。本发明专利技术的方法可以将分辨率从可视化的微米级别与不可视化的碱基长度级别进行有效的联合分析，可应用于开发或制备疾病检测的产品或观察器官发育的产品。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物，具体涉及一种基于微流控芯片的空间三维基因组学测序的方法及其应用。

技术介绍

1、在生命活动中，三维基因组是除转录组之外非常重要的环节，在器官的发育过程、淋巴瘤的产生、白血病发生等过程中起到关键作用。所以，深度探索染色质三维构象对系统性地认识疾病产生、器官发育等关键生物学问题有着重大生物学意义。目前为止，尽管部分商用测序方法已经可以完成空间转录组的高通量测序，但是这些方法均集中在空间转录组这种一组学，没有其他组学研究的成熟体系。而科研层面的空间组学技术也处于起步阶段，仅在基因组、蛋白质组、表观组等方向取得了一些进展。目前仍然缺少高通量对三维基因组学进行测序的方案。

2、目前，现有的所有空间组学方案流程中，分子标记的添加的基本流程均是先对整个组织切片进行区域化空间条码信息标记，然后将组织进行整体裂解获得带有空间条码信息的蛋白质或者核酸分子。然而，这一流程最高只能在亚微米水平将所有目标分子进行区分，无法进一步提高分辨率。

技术实现思路

1、本专利技术所要解决的技术问题是如何检测组织切本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种检测染色质空间三维基因组构象的方法，其特征在于：所述方法包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：A3)中所述双酶切为使用限制性内切酶MseI和HinP1I进行双酶切；A3)中所述核酸接头包括针对于Mse I酶切粘性末端的接头和针对于HinP1I酶切粘性末端的接头。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：A5)中所述Y标记上带有生物素基团的修饰，A9)所述纯化为通过使用带有链霉亲和素的磁珠与所述生物素基团形成复合物进行吸附纯化获得所述待测序核酸片段。

4.根据权利要求1-3中任一权利要求所述的方法，其特征在于：A6)所述...

【技术特征摘要】

1.一种检测染色质空间三维基因组构象的方法，其特征在于：所述方法包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：a3)中所述双酶切为使用限制性内切酶msei和hinp1i进行双酶切；a3)中所述核酸接头包括针对于mse i酶切粘性末端的接头和针对于hinp1i酶切粘性末端的接头。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：a5)中所述y标记上带有生物素基团的修饰，a9)所述纯化为通过使用带有链霉亲和素的磁珠与所述生物素基团形成复合物进行吸附纯化获得所述待测序核酸片段。

4.根据权利要求1-3中任一权利要求所述的方法，其特征在于：a6)所述超声破碎为非接触式超声破碎，所述非接触式超声破碎的时间大于等于4min小于等于10min。

5.根据权利要求1-4中任一权...

【专利技术属性】
技术研发人员：李响，马宇昂，苟博，
申请(专利权)人：中国科学院遗传与发育生物学研究所，
类型：发明
国别省市：